| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | USA300TCH1516_ALE | 2,413,272 | 0 | T | A | 5.1% | 509.8 / 14.3 | 156 | I490F (ATT→TTT) | nphR | Transcriptional activator NphR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (73/75); new base A (4/4); total (77/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.81e-01 | |||||||||||
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
ATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATCACATATAATTTTAGAACGTGCAATAGACACCTGTTCTATTTGTCTTAGCGGTAAGATAAAATAGTCTATTAGATGATCAATTT > USA300TCH1516_ALE/2413132‑2413412 | aTTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAat > 1:55209/1‑141 (MQ=255)aTTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAat > 1:229116/1‑141 (MQ=255) aGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTTGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCTTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCa > 2:777759/1‑141 (MQ=255) aGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCa > 2:777764/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) attaATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATCACATATAATTTTAGAACGTGCAATAGACACCTGTTCTATTTGTCTTAGCGGTAAGATAAAATAGTCTATTAGATGATc < 2:30962/141‑1 (MQ=255) ttaATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATCACATATAATTTTAGAACGTGCAATAGACACCTGTTCTATTTGTCTTAGCGGTAAGATAAAATAGTCTATTAGATGATCa < 3:338225/141‑1 (MQ=255) taATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATCACATATAATTTTAGAACGTGCAATAGACACCTGTTCTATTTGTCTTAGCGGTAAGATAAAATAGTCTATTAGATGATCaa > 3:333679/1‑141 (MQ=255) tatCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATCACATATAATTTTAGAACGTGCAATAGACACCTGTTCTATTTGTCTTAGCGGTAAGATAAAATAGTCTATTAGATGATCAAttt > 3:120440/1‑141 (MQ=255) tatCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATCACATATAATTTTAGAACGTGCAATAGACAACTGTTCTATTTGTCTTAGCGGTAAGATAAAATAGTCTATTAGATGATCAAttt > 1:593382/1‑141 (MQ=255) | ATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATCACATATAATTTTAGAACGTGCAATAGACACCTGTTCTATTTGTCTTAGCGGTAAGATAAAATAGTCTATTAGATGATCAATTT > USA300TCH1516_ALE/2413132‑2413412 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |