| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,427,156 | T→G | 5.2% | R342R (CGA→CGC) | USA300HOU_RS12500 ← | Putative formate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,427,156 | 0 | T | G | 5.2% | 414.3 / 11.0 | 138 | R342R (CGA→CGC) | USA300HOU_RS12500 | Putative formate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (63/67); new base G (4/4); total (67/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
GAAGAAGAAATGAATGATAGTGCATCTGGGCCATGCTTTTCTTTAATAGCTGTAAAATTATCTGCAATGACGTTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGTTGTACTTTTAAAATTTCTCTATCTTTAGTCCAAACTTCAAATGAACAACCCACACC > USA300TCH1516_ALE/2427019‑2427296 | gaagaagaaATGAATGATAGTGCATCTGGGCCATGCTTTTCTTTAATAGCTGTAAAATTATCTGCAATGACGTTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGt < 1:670177/141‑1 (MQ=255)gaagaagaaATGAATGATAGTGCATCTGGGCCATGCTTTTCTTTAATAGCTGTAAAATTATCTGCAATGACGTTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGt < 1:966550/141‑1 (MQ=255) aagaagaaATGAATGATAGTGCATCTGGGCCATGCTTTTCTTTAATAGCTGTAAAATTATCTGCAATGACGTTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGtt > 1:865021/1‑141 (MQ=255) aagaaATGAATGATAGTGCATCTGGGCCATGCTTTTCTTTAATAGCTGTAAAATTATCTGCAATGACGTTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGAt < 1:498531/141‑1 (MQ=255) aagaaATGAATGATAGTGCATCTGGGCCATGCTTTTCTTTAATAGCTGTAAAATTATCTGCAATGACGTTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGAt < 1:447233/141‑1 (MQ=255) agaaATGAATGATAGTGCATCTGGGCCATGCTTTTCTTTAATAGCTGTAAAATTATCTGCAATGACGTTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATc > 1:684832/1‑141 (MQ=255) agaaATGAATGATAGTGCATCTGGGCCATGCTTTTCTTTAATAGCTGTAAAATTATCTGCAATGACGTTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATc < 3:35817/141‑1 (MQ=255) agaaATGAATGATAGTGCATCTGGGCCATGCTTTTCTTTAATAGCTGTAAAATTATCTGCAATGACGTTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATc < 3:44179/141‑1 (MQ=255) agaaATGAATGATAGTGCATCTGGGCCATGCTTTTCTTTAATAGCTGTAAAAGTATCTGCAATGACGTTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATc < 2:181067/141‑1 (MQ=255) aaaTTAATGATATTGCATCTGGGCCTTACTTTTCTTTAGTATATGTAAAGTTATCTGCAATGACATTTAAATCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAAGCGTTGATCTg < 3:19871/141‑1 (MQ=255) aatgaatgATAGTGCATCTGGGCCATGCTTTTCTTTAATAGCTGTAAAATTATCTGCAATGACGTTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGa > 2:1046638/1‑141 (MQ=255) aatgaatgATAGTGCATCTGGGCCATGCTTTTCTTTAATAGCTGTAAAATTATCTGCAATGACGTTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGa > 2:849456/1‑141 (MQ=255) tgaatgaTAGTGCATCTGGGCCCTGCTTTTCTTTAACAGCTGTAAAATTATCCGCAATGACGTTTAAAGCTTCATCCCACTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGCTCAGTTAATCGTTGACCTGAAt > 2:192983/1‑141 (MQ=255) tgaatgaTAGTGCATCTGGGCCATGCTTTTCTTTAATAGCTGTAAAATTATCTGCAATGACCTTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGCTCTGatt > 2:22496/1‑139 (MQ=255) atgaTAGTGCATCTGGGCCATGCGTTTCTTTAATAGCTGTAAAATTATCTGCAATGCCGTTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTaa > 2:514111/1‑141 (MQ=255) aTAGTGCATCTGGGCCATACTTTTCTTTAATAGATGTAAAATTATCTGCAATGACATTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAAGCGTTGATCTGAATTAatat < 2:387331/141‑1 (MQ=255) tAGTGCATCTGGGCCATGCTTTTCTTTAATAGCTGTAAAATTATCTGCAATGACGTTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATg < 1:677307/141‑1 (MQ=255) aGTGCATCTGGGCCATGCTTTTCTTTAATAGCTGTAAAATTATCTGCAATGACGTTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGt > 2:694897/1‑141 (MQ=255) tCTGGGCCATGCTTTTCTTTAATAGCTGTAAAATTATCTGCAATGACGTTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCAt < 1:595206/141‑1 (MQ=255) cTGGGCCATGCTTTTCTTTAATAGCTGTAAAATTATCTGCAATGACGTTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATg < 1:625903/141‑1 (MQ=255) tGCTTTTCTTTAATAGCTGTAAAATTATCTGCAATGACGTTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTa < 1:56114/141‑1 (MQ=255) gCTTTTCTTTAATAGCTGTAAAATTATCTGCAATGACGTTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCCGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTAc < 4:178958/141‑1 (MQ=255) cTTTTCTTTAATAGCTGTAAAATTATCTGCAATGACGTTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTTTTTGTTGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTAcc > 2:459742/1‑141 (MQ=255) ttttCTTTAATAGCTGTAAAATTATCTGCAATGACGTTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCt < 4:192065/141‑1 (MQ=255) ttttCTTTAATAGCTGTAAAATTATCTGCAATGACGTTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCt > 1:972287/1‑141 (MQ=255) ttttCTTTAATAGCTGTAAAATTATCTGCAATGACGTTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCAGTTGTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCt < 2:440253/141‑1 (MQ=255) ttCTTTAATAGCTGGAAAATTATCTGCTATGACGTTTAAAGCTTCATCCCATTCTTCTGCATGGAACTCACCATTTGGCCTTTCTATTGTGTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAGTATATCCCCATTAAAACTTACCttt < 4:318936/141‑1 (MQ=255) cTTTAATAGCTGTAAAATTATCTGCAATGACGTTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTaa > 3:201475/1‑141 (MQ=255) tAGCTGTAAAATTATCTGCAATGACGTTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAAAATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAg < 3:141124/141‑1 (MQ=255) cTGTAAAATTATCTGCAATGACGTTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCg > 1:784959/1‑141 (MQ=255) tGTAAAATTATCTGCAATGACGTTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGc > 1:38967/1‑141 (MQ=255) tGTAAAATTATCTGCAATGACGTTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGc < 2:874595/141‑1 (MQ=255) aTTATCTGCAATGACGTTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAAtttt < 3:334873/141‑1 (MQ=255) ttATCTGCAATGACGTTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTa > 2:619923/1‑141 (MQ=255) ttATCTGCAATGACGTTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTa < 2:1064080/141‑1 (MQ=255) aTCTGCAATGACGTTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTAtt < 2:922300/141‑1 (MQ=255) aTCTGCAATGACGTTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTAtt > 1:577407/1‑141 (MQ=255) aTCTGCAATGACGTTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTAtt > 1:1057365/1‑141 (MQ=255) aTCTGCAATGACGTTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTAATGGAACTCACCATTTTTCCTCACTAAGGGGTTAACCACTGGTGGCTGGGAATTAATAAGTGCCCATGAAAACCTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTAtt > 3:154532/1‑141 (MQ=255) tCTGCAATGACGTTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTAttt > 1:930148/1‑141 (MQ=255) cAATGACGTTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTg > 2:1061470/1‑141 (MQ=255) aaTGACGTTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTGACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTgg < 2:710094/141‑1 (MQ=255) aTGACGTTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGTTAATCGCTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAGACTTACCTTTAACCCAAGTCGCAATTTTATTTGCTGga > 2:144233/1‑141 (MQ=255) aCGTTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGaa < 2:489334/141‑1 (MQ=255) cGTTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAAt < 2:571333/141‑1 (MQ=255) gTTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTTTTTTCTTTTGTTTTAGTTAGTCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCACTTTTATTTGCTGGAGAATc > 2:743177/1‑141 (MQ=255) ttAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCAt < 2:879805/141‑1 (MQ=255) tAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCAtg > 1:899765/1‑141 (MQ=255) tAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGAAATTTTATTTGCTGGAGAATCAtt > 3:227443/1‑140 (MQ=255) aaaGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCAtgt > 3:50275/1‑141 (MQ=255) aaaGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCAtgt > 1:212692/1‑141 (MQ=255) aGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCGCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGGGa < 2:1038179/141‑1 (MQ=255) ttttagcccATTCTACGTGCTGGAACTCAGCGTTTTCCCTTACTTGAGGTTTAGTTAATCGTTGTTCTGAATTAATATGTCCCCTTGAAAACTTACCTTTGGCACCGGTCGCAATTTTATTTGCTGAAGAATCATGTGATg < 4:393288/135‑1 (MQ=255) tCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAAGCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGt > 1:848879/1‑141 (MQ=255) cATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGtt > 2:409754/1‑141 (MQ=255) cATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGtt > 2:409815/1‑141 (MQ=255) aTCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGTTg < 2:752618/141‑1 (MQ=255) tCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGTTGt > 2:194757/1‑141 (MQ=255) ttCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGTTGTACttt < 3:79829/141‑1 (MQ=255) ttCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGTTGTACttt > 3:404746/1‑141 (MQ=255) tCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGTTGTACtttt < 1:597348/141‑1 (MQ=255) cTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGTTGTACTTTTaaaa > 1:35339/1‑141 (MQ=255) ttCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGTTGTACTTTTAAAAt > 1:610204/1‑141 (MQ=255) cATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGTTGTACTTTTAAAAttt < 2:5996/141‑1 (MQ=255) cATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGTTGTACTTTTAAAAttt > 2:35359/1‑141 (MQ=255) ggAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGACTTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGTTGTGCTTTTAAAATTtctc > 2:615942/1‑141 (MQ=255) ggAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGTTGTACTTTTAAAATTtctc < 4:290938/141‑1 (MQ=255) aaCCCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTATAGTCCGGCGTTGACCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGTTGTACTTTAAAAATTTCTCTa > 1:29854/1‑141 (MQ=255) aCTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGTTGTACTTTTAAAATTTCTCTAt > 1:739115/1‑141 (MQ=255) cTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGTTGTACTTTTAAAATTTCTCTATc > 3:402490/1‑141 (MQ=255) cTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGTTGTACTTTTAAAATTTCTCTATc > 3:402488/1‑141 (MQ=255) cTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGTTGTACTTTTAAAATTTCTCTATc > 3:288277/1‑141 (MQ=255) tCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAGTATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTAGCTGGAGAATCATGTGATGGTTGTACTTTTAAACTTTCTCTATCt > 2:587599/1‑141 (MQ=255) tCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAATTCGCACTTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGTTGTACTTTTAAAATTTGTCTATCt > 1:113825/1‑141 (MQ=255) cACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGTTGTACTTTTAAAATTTCTCTATCtt < 2:946885/141‑1 (MQ=255) ccgaTTTTTCCTTGCTAGTTGTTTAGTTGATCGTTGATATCAAGTAATATGTGCGCATGAAATCTTAACATTAACACAAGTCGCTATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGAGGTACTATTAAAACATCTCTATCttg < 4:397770/138‑2 (MQ=255) aTTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGTTGTACTTTTAAAATTTCTCTATCTTTAGt < 4:124110/141‑1 (MQ=255) ttttCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGTTGTACTTTTAAAATTTCTCTATCTTTAGTcc < 1:821847/141‑1 (MQ=255) ttttCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGTTGTACTTTTAAAATTTCTCTATCTTTAGTcc < 1:22989/141‑1 (MQ=255) tttCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGTTGTACTTTTAAAATTTCTCTATCTTTAGTCCa < 1:16298/141‑1 (MQ=255) ttCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGTTGTACTTTTAAAATTTCTCTATCTTTAGTCCaa < 4:346814/141‑1 (MQ=255) ccTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGTTGTACTTTTAAAATTTCTCTATCTTTAGTCCAAAc > 3:121390/1‑141 (MQ=255) ttACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGTTGTACTTTTAAAATTTCTCTATCTTTAGTCCAAACtt > 2:84824/1‑141 (MQ=255) ggTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGTTGTACTTTTAAAATTTCTCTATCTTTAGTCCAAACTTCAAAt < 2:974415/140‑1 (MQ=255) aGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGTTGTACTTTTAAAATTTCTCTATCTTTAGTCCAAACTTCAAAt < 2:325101/141‑1 (MQ=255) ttGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGTTGTACTTTTAAAATTTCTCTATCTTTAGTCCAAACTTCAAATg > 1:1029774/2‑141 (MQ=255) gTGGTTTAGTTAAGCGTTGATCTGCATTAATATGTCCCCATGAAAAGTTACCATTAACATTGGTAGTACTTATATTCGTTTGAGAATCATGTGATGGTTGTACTTTTAAAATTTCTCTATCTTTAGTCCAAACTTCAAATg < 1:918427/141‑1 (MQ=255) gTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGTTGTACTTTTAAAATTTCTCTATCTTTAGTCCAAACTTCAAATGaac < 4:246779/141‑1 (MQ=255) ttAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGTTGTACTTTTAAAATTTCTCTATCTTTAGTCCAAACTTCAAATGaacaa < 2:253497/141‑1 (MQ=255) ttAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGTTGTACGTTTAAAATTTCTCTATCTTTAGTCCAAACTTCAAACGaacaa > 2:1039114/1‑141 (MQ=255) tAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGTTGTACTTTTAAAATTTCTCTATCTTTAGTCCAAACTTCAAATGaacaac < 1:514133/141‑1 (MQ=255) tAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGTTGTACTTTTAAAATTTCTCTATCTTTAGTCCAAACTTCAAATGaacaac < 2:309965/141‑1 (MQ=255) aGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGTTGTACTTTTAAAATTTCTCTATCTTTAGTCCAAACTTCAAATGAACAAcc < 3:440979/141‑1 (MQ=255) aGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGTTGTACTTTTAAAATTTCTCTATCTTTAGTCCAAACTTCAAATGAACAAcc > 3:293924/1‑141 (MQ=255) ttAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGTTGTACTTTTAAAATTTCTCTATCTTTAGTCCAAACTTCAAATGAACAACcca > 1:862126/1‑141 (MQ=255) ttAAGCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGTTGTACTTTTAAAATTTCTCTATCTTTAGTCCAAACTTCAAATGAACAACcca > 3:127550/1‑141 (MQ=255) tAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGACAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGTTGTACTTTTAAAATTTCTCTATCTTTAGTCCAAACTTCAAATGAACAACccac > 1:563380/1‑141 (MQ=255) tCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGTTGTACTTTTAAAATTTCTCTATCTTTAGTCCAAACTTCAAATGAACAACccacacc < 2:832045/141‑1 (MQ=255) tCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGTTGTACTTTTAAAATTTCTCTATCTTTAGTCCAAACTTCAAATGAACAACccacacc < 1:444737/141‑1 (MQ=255) tCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGTTGTACTTTTAAAATTTCTCTATCTTTAGTCCAAACTTCAAATGAACAACccacacc < 1:162497/141‑1 (MQ=255) | GAAGAAGAAATGAATGATAGTGCATCTGGGCCATGCTTTTCTTTAATAGCTGTAAAATTATCTGCAATGACGTTTAAAGCTTCATCCCATTCTACTTCATGGAACTCACCATTTTTCCTTACTAGTGGTTTAGTTAATCGTTGATCTGAATTAATATGTCCCCATGAAAACTTACCTTTAACACAAGTCGCAATTTTATTTGCTGGAGAATCATGTGATGGTTGTACTTTTAAAATTTCTCTATCTTTAGTCCAAACTTCAAATGAACAACCCACACC > USA300TCH1516_ALE/2427019‑2427296 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |