| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,525,787 | A→T | 10.0% | I136I (ATT→ATA) | ytmI ← | putative N‑acetyltransferase YtmI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,525,787 | 0 | A | T | 10.0% | 355.6 / 4.1 | 126 | I136I (ATT→ATA) | ytmI | putative N‑acetyltransferase YtmI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (51/58); new base T (13/2); total (64/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
ATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCGTCAAAGCGCTCGGGTATCAATACTTTGCGCATGATCACACCTAAATCGCCATCATCATTTTCATGTTCGCTGTATATTTCATAACCTCTTTTTTCATAAATTTTAAGTAACCACGGATGCAATCTTGCAGATGTACCTAAAGTAACTGCCGCTGACTTTAACGTATCTCGCAAAAATGCTTCTTCAACATAAGTAAGTAATTGGCTACCATAGCCTTTCCCTTCATACTCAGGATTTGT > USA300TCH1516_ALE/2525647‑2525927 | atatTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCGTCAAAGCGCTCGGGTATCAATACTTTGCGCATGATCACACCTAAATCGCCATCATCATTTTCATGTTCGCTGTATATTTCATAACCTCTTTTTTCATaa > 3:51990/1‑141 (MQ=255) ttatCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCGTCAAAGCGCTCGGGTATCAATACTTTGCGCATGATCACACCTAAATCGCCATCATCATTTTCATGTTCGCTGTATATTTCATAACCTCTTTTTTCATAAATTTTa > 2:892510/1‑141 (MQ=255) atCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCGTCAAAGCGCTCGGGTATCAATACTTTGCGCATGATCACACCTAAATCGCCATCATCATTTTCATGTTCGCTGTATATTTCATAACCTCTTTTTTCATAAATTTTaat > 2:837976/1‑140 (MQ=255) atCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCGTCAAAGCGCTCGGGTATCAATACTTTGCGCATGATCACACCTAAATCGCCATCATCATTTTCATGTTCGCTGTATATTTCATAACCTCTTTTTTCATAAATTTTaat > 2:628103/1‑140 (MQ=255) 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tAACCTCTTTTTTCATAAATTTTAAGTAACCACGGATGCAATCTTGCAGATGTACCTAAAGTAACTGCCGCTGACTTTAACGTATCTCGCAAAAATGCTTCTTCAACATAAGTAAGTAATTGGCTACCATAGCCTTTCCCt < 3:394512/141‑1 (MQ=255) tAACCTCTTTTTTCATAAATTTTAAGTAACCACGGATGCAATCTTGCAGATGTACCTAAAGTAACTGCCGCTGACTTTAAAAAAAAAAAAAAAAATACTTCTTCAACATAAGTAAGTAATTGGCTACCATAGCCTTTCCCt < 4:282946/141‑1 (MQ=255) aaCCTCTTTTTTCATAAATTTTAAGTAACCACGGATGCAATCTTGCAGATGTACCTAAAGTAACTGCCGCTGACTTTAACGTATCTCGCAAAAATGCTTCTTCAACATAAGTAAGTAATTGGCTACCATAGCCTTTCCCtt < 1:108108/141‑1 (MQ=255) ctctTTTTTCATAAATTTTAAGTAACCACGGATGCAATCTTGCAGATGTACCTAAAGTAACTGCCGCTGACTTTAACGTATCTCGCAAAAATGCTTCTTCAACATAAGTAAGTAATTGGCTACCATAGCCTTTCCCTTCAt > 1:136442/1‑141 (MQ=255) tttttCATAAATTTTAAGTAACCACGGATGCAATCTTGCAGATGTACCTAAAGTATCTGCCGCTGACTTTAACGTATCTCGCAAAAATGCTTCTTCAACATAAGTAAGTAATTGGCTACCATAGCCTTTCCCTTCATACTc < 3:160616/141‑1 (MQ=255) cATAAATTTTAAGTAACCACGGATGCAATCTTGCAGATGTACCTAAAGTAACTGCCGCTGACTTTAACGTATCTCGCAAAAATGCTTCTTCAACATAAGTAAGTAATTGGCTACCATAGCCTTTCCCTTCATACTCAGGAt > 3:328655/1‑141 (MQ=255) aTAAATTTTAAGTAACCACGGATGCAATCTTGCAGATGTACCTAAAGTAACTGCCGCTGACTTTAACGTATCTCGCAAAAATGCTTCTTCAACATAAGTAAGTAATTGGCTACCATAGCCTTTCCCTTCATACTCAGGAtt > 3:456769/1‑141 (MQ=255) tAAATTTTAAGTAACCACGGATGCAATCTTGCAGATGTACCTAAAGTAACTGCCGCTGACTTTAACGTATCTCGCAAAAATGCTTCTTCAACATAAGTAAGTAATTGGCTACCATAGCCTTTCCCTTCATACTCAGGAttt < 3:257849/141‑1 (MQ=255) aaaTTTTAAGTAACCACCGATGCAATCTTGCAGATGCACCTAAAGTAACTGCCGCTGACTTTAACGTATCTCGCAAAAATGCTTCTTCAACATAAGTAAGTAATTGGCTACCATAGCCTTTCCCTTCATACTCAGGATTTg < 1:105652/141‑1 (MQ=255) aaTTTTAAGTAACCACGGATGCAATCTTGCAGATGTACCTAAAGTAACTGCCGCTGACTTTAACGTATCTCGCAAAAATGCTTCTTCAACATAAGTAAGTAATTGGCTACCATAGCCTTTCCCTTCATACTCAGGATTTGt < 2:660377/141‑1 (MQ=255) aaTTTTAAGTAACCACGGATGCAATCTTGCAGATGTACCTAAAGTAACTGCCGCTGACTTTAACGTATCTCGCAAAAATGCTTCTTCAACATAAGTAAGTAATTGGCTACCATAGCCTTTCCCTTCATACTCAGGATTTGt > 2:352176/1‑141 (MQ=255) | ATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCGTCAAAGCGCTCGGGTATCAATACTTTGCGCATGATCACACCTAAATCGCCATCATCATTTTCATGTTCGCTGTATATTTCATAACCTCTTTTTTCATAAATTTTAAGTAACCACGGATGCAATCTTGCAGATGTACCTAAAGTAACTGCCGCTGACTTTAACGTATCTCGCAAAAATGCTTCTTCAACATAAGTAAGTAATTGGCTACCATAGCCTTTCCCTTCATACTCAGGATTTGT > USA300TCH1516_ALE/2525647‑2525927 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |