| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | USA300TCH1516_ALE | 2,530,786 | 0 | A | G | 5.2% | 362.8 / 6.9 | 120 | intergenic (‑37/+236) | yefM/bdbD | Antitoxin YefM/Disulfide bond formation protein D |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (69/41); new base G (3/3); total (74/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.72e-01 | |||||||||||
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Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
TTATCATCAGTAGATGTTACAGTTACCATAACACTATCATCATTTACTTTTGTCATAAGTGCCTTTAAATTCTGTCGAGCGTATGAATAATTTTTAATAATCATATTTATCGCCTCCTTTTAACACACCTCAATTGTACAAATATCTGTACAATAAAACAAGCGACACAGAAAAAAACTACTAATCAAGATTTCGCACGGGGAAGAATCAATACCTATCCTGTACTGATTCCCTACTAAACAATGTTTACATGATAATTTCCACCTATTTAGACTTCATAC > USA300TCH1516_ALE/2530646‑2530926 | tATCATCAGTAGATGTTACAGTTACCATAACACTATCATCATTTACTTTTGTCATAAGTGCCTTTAAATTCTGTCGAGCGTATGAATAATTTTTAATAATCATATTTATCGCCTCCTTTTAACACACCTCAATTGTACaaa < 3:81208/141‑1 (MQ=255) atcatcAGTAGATGTTACAGTTACCATCACACTATCATCATTTACTTTTGTCATAAGTGCCTTTAAATTCTGTCGAGCGTATGAATAATTTTTAATAATCATATTTATCGCCTCCTTTTAACACACCTCAATTGTACAAat > 1:68408/1‑141 (MQ=255) atcatcAGTAGATGTTACAGTTACCATAACACTATCATCATTTACTTTTGTCATAAGTGCCTTTAAATTCTGTCGAGCGTATGAATAATTTTTAATAATCATATTTATCGCCTCCTTTTAACACACCTCAATTGTACAAat > 1:793148/1‑141 (MQ=255) atcatcAGTAGATGTTACAGTTACCATAACACTATCATCATTTACTTTTGTCATAAGTGCCTTTAAATTCTGTCGAGCGTATGAATAATTTTTAATAATCATATTTATCGCCTCCTTTTAACACACCTCAATTGTACAAat > 3:295511/1‑141 (MQ=255) 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1:295245/1‑141 (MQ=255) gTACAAATATCTGTACAATAAAACAAGCGACACAGAAAAAAACTACTAATCAAGATTTCGCACGGGGAAGAATCAATACCTATCCTGTACTGATTCCCTACTAAACAATGTTTACATGATAATTTCCACCTATTTAGACtt > 2:907850/1‑141 (MQ=255) gTACAAATATCTGTACAATAAAACAAGCGACACAGAAAAAAACTACTAATCAAGATTTCGCACGGGGAAGAATCAATACCTATCCTGTACTGATTCCCTACTAAACAATGTTTACATGATAATTTCCACCTATTTAGACtt > 3:180682/1‑141 (MQ=255) tACAGATATTTGTACAATAAAACAAGCGACACAGAAAAAAACTACTAATCAAGATTTCGCACGGGGAAGAATCAATACCTATCCTGTACTGATTCCCTACTAAACAATGTTTACATGATAATTTCTACCTATTTAGACTTc > 2:580916/1‑141 (MQ=255) aCAAATATCTGTACAATAAAACAAGCGACACAGAAAAAAACTACTAATCAAGATTTCGCACGGGGAAGAATCAATACCTATCCTGTACTGATTCCCTACTAAACAATGTTTACATGATAATTTCCACCTATTTAGACTTCa > 2:586203/1‑141 (MQ=255) aCAAATATCTGTACAATAAAACAAGCGACACAGAAAAAAACTACTAATCAAGATTTCGCACGGGGAAGAATCAATACCTATCCTGTACTGATTCCCTACTAAACAATGTTTACATGATAATTTCCACCTATTTAGACTTCa > 3:439015/1‑141 (MQ=255) cAAATATCTGTACAATAAAACAAGCGACACAGAAAAAAACTACTAATCAAGATTTCGCACGGGGAAGAATCAATACCTATCCTGTACTGATTCCCTACTAAACAATGTTTACATGATAATTTCCACCTATTTAGACTTCAt < 1:995048/141‑1 (MQ=255) aaaTATCTGTACAATAAAACAAAAAAAAAAAAAAAAAACTACTAATCAAGATTTCGCACGGGGAAGAATCAATACCTATCCTGTACTGATTCCCTACTAAACAATGTTTACATGATAATTTCCACCTATTTAGACTTCATa < 4:402325/141‑1 (MQ=255) aaTATCTGTACAATAAAACAAGCGACACAGAAAAAAGCTACTAATCAAGATTTCGCACGGGGAAGAATCAATACCTATCCTGTACTGATTCCCTACTAAACAATGTTTACATGATAATTTCCACCTATTTAGACTTCATAc < 3:142376/141‑1 (MQ=255) aaTATCTGTACAATAAAACAAGCGACACAGAAAAAAACTACTAATCAAGATTTCGCACGGGGAAGAATCAATACCTATCCTGTACTGATTCCCTACTAAACAATGTTTACATGATAATTTcc < 2:1012588/122‑1 (MQ=255) aaTATCTGTACAATAAAACAAGCGACACAGAAAAAAACTACTAATCAAGATTTCGCACGGGGAAGAATCAATACCTATCCTGTACTGATTCCCTACTAAACAATGTTTACATGATAATTTcc > 1:1012588/1‑122 (MQ=255) | TTATCATCAGTAGATGTTACAGTTACCATAACACTATCATCATTTACTTTTGTCATAAGTGCCTTTAAATTCTGTCGAGCGTATGAATAATTTTTAATAATCATATTTATCGCCTCCTTTTAACACACCTCAATTGTACAAATATCTGTACAATAAAACAAGCGACACAGAAAAAAACTACTAATCAAGATTTCGCACGGGGAAGAATCAATACCTATCCTGTACTGATTCCCTACTAAACAATGTTTACATGATAATTTCCACCTATTTAGACTTCATAC > USA300TCH1516_ALE/2530646‑2530926 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |