| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,559,065 | C→T | 5.3% | A157A (GCC→GCT) | bcr_2 → | Bicyclomycin resistance protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,559,065 | 0 | C | T | 5.3% | 435.3 / 8.4 | 140 | A157A (GCC→GCT) | bcr_2 | Bicyclomycin resistance protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (54/78); new base T (4/4); total (58/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.17e-01 | |||||||||||
Only 100 of 148 total aligned reads displayed.
ATTCAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTTCTCAATTACCTAAAACATCTAAAGATGAATTAAAGCAGGTGAATTTTAGTAG > USA300TCH1516_ALE/2558925‑2559205 | aTTCAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGcc < 2:703933/141‑1 (MQ=255)aTTCAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGcc < 1:144993/141‑1 (MQ=255)aTTCAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGcc < 2:703924/141‑1 (MQ=255)aTTCAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGcc > 1:235870/1‑141 (MQ=255) cAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGt < 1:610199/141‑1 (MQ=255) aGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAACTTTAGTGGCAACGCCCTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTgg < 1:917775/141‑1 (MQ=255) aGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTGGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTgg < 1:315425/141‑1 (MQ=255) ttttAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAATCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTACTGGTAGTTATCGGCATCATCACTAGTCTTGCACCATTAGCCGGTGGAt < 2:864490/140‑1 (MQ=255) tAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAg > 2:1010740/1‑141 (MQ=255) aCTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCt > 1:733044/1‑141 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(MQ=255) aaTGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTTCTCAATTACCTAAAACATCt < 2:29534/141‑1 (MQ=255) aaTGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATACGTAGCCACTTGGCGTTCTTCTCCCACAACTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTTCTCAATTACCTAAAACATCt < 3:317187/141‑1 (MQ=255) aaTGGCATCATCACTATGCGGGCAGCAGTATCCTTGGGATTAGCGTGAGCCGGAGCTACAGGGCGTTCTATTTTCACAATCTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTTCTCAATTACCTAAAACATCt < 3:384861/141‑1 (MQ=255) aTGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTTCTCAATTACCTAAAACATCTa > 1:340654/1‑141 (MQ=255) tGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTTCTCAATTACCTAAAACATCTaa > 2:210758/1‑141 (MQ=255) gCATCATCACTATTCTTGCACTATTAGCCGGTTGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTTCTCAATTACCTAAAACATCTAAAg < 2:383607/141‑1 (MQ=255) gCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTTCTCAATTACCTAAAACATCTAAAg < 1:42673/141‑1 (MQ=255) catcatCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCCCAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTTCTCAATTACCTAAAACATCTAAAGa < 1:452484/141‑1 (MQ=255) catcatCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTTCTCAATTACCTAAAACATCTAAAGa < 1:1038109/141‑1 (MQ=255) catcatCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTTCTCAATTACCTAAAACATCTAAAGa > 2:210829/1‑141 (MQ=255) atcaCTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTTCTCAATTACCTAAAACATCTAAAGATGaa > 2:1076762/1‑141 (MQ=255) atcaCTACTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTTCTCAATTACCTAAAACATCTAAAGATGaa > 1:860093/1‑141 (MQ=255) caCTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTTCTCAATTACCTAAAACATCTAAAGATGAAtt > 4:48862/1‑141 (MQ=255) cTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTACTTGGCGTCGCTTCTCAATTACCTAAAACATCTAAAGATGAATTaa > 1:827186/1‑141 (MQ=255) aTTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTTCTCAATTACCTAAAACATCTAAAGATGAATTAAAg < 2:144078/141‑1 (MQ=255) tCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTTCTCAATTACCTAAAACATCTAAAGATGAATTAAAGCa < 1:501584/141‑1 (MQ=255) tCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTTCTCAATTACCTAAAACATCTAAAGATGAATTAAAGCa > 4:381989/1‑141 (MQ=255) gCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTTCTCAATTACCTAAAACATCTAAAGATGAATTAAAGCAGGTg < 1:117152/141‑1 (MQ=255) ccATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTTCTCAATTACCTAAAACATCTAAAGATGAATTAAAGCAGGTGAAt < 2:776928/141‑1 (MQ=255) tAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTTCTCAATTACCTAAAACATCTAAAGATGAATTAAAGCAGGTGAATTTta < 2:166965/141‑1 (MQ=255) ccGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTCTTGTGGAACTCATCATTTTTATTGGCGTGGCTTGTCCATACCTTAGAAAATCTAAAGATGAATTAAAGCAGGGGAATTTtagta > 1:973306/1‑141 (MQ=255) cGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTTCTCAATTACCTAAAACATCTAAAGATGAATTAAAGCAGGTGAATTTtagtag > 2:801863/1‑141 (MQ=255) | ATTCAAGGTTTAACTGGTGGTGGCGTCATCGTGATTGCAAAAGCCTCTGCTGGTGATAAATTTAGTGGCAACGCACTCGCTAAATTTTTAGCATCTTTAATGGTAGTTAATGGCATCATCACTATTCTTGCACCATTAGCCGGTGGATTAGCTTTATCCGTAGCAACATGGCGTTCTATTTTCACAATTTTAACTATTGTGGCACTCATCATTTTAATTGGCGTCGCTTCTCAATTACCTAAAACATCTAAAGATGAATTAAAGCAGGTGAATTTTAGTAG > USA300TCH1516_ALE/2558925‑2559205 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |