| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,867,125 | A→G | 5.7% | L257L (TTA→CTA) | noc_2 ← | Nucleoid occlusion protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,867,125 | 0 | A | G | 5.7% | 395.5 / 9.1 | 134 | L257L (TTA→CTA) | noc_2 | Nucleoid occlusion protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (62/64); new base G (2/6); total (64/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
GACAAAGCTGTTATGATCTTAGCTTTGTCTTTTATGTGTTAGTCATCATGTATACGACATCCTACTACTAACGTTTATATATTCGAATTTTTATTTCATAATAATCTTCATGATCTTTGTCTTTATGCTCAACATGTAATCCTGTTTGTTGAATCGCTTGGATACTTTTGCCTACCTCATCTCGTGCTTGAGTGACATCTTGTGCAAAGCGAAGGTTTTGTGCTTTGACTTTTTCGGGCCCCGTTTTTTGGCGTACTCTATCTTCAGTCTGTTTCACAT > USA300TCH1516_ALE/2866987‑2867265 | gACAAAGCTGTTATGATCTTAGCTTTGTCTTTTATGTGTTAGTCATCATGTATACGACATCCTACTACTAACGTTTATATATTCGAATTTTTATTTCATAATAATCTTCATGATCTTTGTCTTTATGCTCAACATGTAATc < 2:181629/141‑1 (MQ=255)gACAAAGCTATTATGATCTTAGCTTTGTCTTTTATGTGTTAGTCATCATGTATACGACATCCTACTACTAACGTTTATATATTCGAATTTTTATTTCATAATAATCTTCATGATCTTTGTCTTTATGCTCAACATGTAATc > 1:746708/1‑141 (MQ=255) aCAACGCTGTTATGATCTTAGCTTTGTCTTTTATGTGTTAGTCATCATGTATACGACATCCTACTACTAACGTTTATATATTCGAATTTTTATTTCATAATAATCTTCATGATCTTTGTCTTTATGCTCAACATGTAATcc > 1:304206/1‑141 (MQ=255) cTGTTATGATCTTAGCTTTGTCTTTTATGTGTTAGTCATCATGTATACGACATCCTACTACTAACGTTTATATATTCGAATTTTTATTTCATAATAATCTTCATGATCTTTGTCTTTATGCTCAACATGTAATCCtgtttg < 1:384651/141‑1 (MQ=255) 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aaCATATAATCCTGTTTGTTGAATCGCTTGGATACTTTTGCCTACCTCATCTCGTGCTTGAGTGACATCTTGTGCAAAGCGAAGGTTTTGTGCTTTGACTTTTTCGGGCCCCGTTTTTTGGCGTACTCTATCTTCAGTCTg < 1:908361/141‑1 (MQ=255) aCATGTAATCCTGTTTGTTGAATCGCTTGGATACTTTTGCCTACCTCATCTCGTGCTTGAGTGACATCTTGTGCAAAGCGAAGGTTTTGTGCTTTGACTTTTTCGGGCCCCGTTTTTTGGCGTACTCTATCTTCAGTCTGt < 3:876/141‑1 (MQ=255) aCATGTAATCCTGTTTGTTGAATCGCTTGGATACTTTTGCCTACCTCATCTCGTGCTTGAGTGACATCTTGTGCAAAGCGAAGGTTTTGTGCTTTGACTTTTTCGGGCCCCGTTTTTTGGCGTACTCTATCTTCAGTCTGt < 3:254048/141‑1 (MQ=255) cATGTAATCCTGTTTGTTGAATCGCTTGGATACTTTTGCCTACCTCATCTCGTGCTTGAGTGACATCTTGTGCAAAGCGAAGGTTTTGTGCTTTGACTTTTTCGGGCCCCGTTTTTTGGCGTACTCTATCTTCAGTCTGtt < 2:123063/141‑1 (MQ=255) tAATCCTGTTTGTTGAATCGCTTGGATACTTTTGCCTACCTCATCTCGTGCTTGAGTGACATCTTGTGCAAAGCGAAGGTTTTGTGCTTTGACTTTTTCGGGCCCCGTTTTTTGGCGTACTCTATCTTCAGTCTGTTTcac < 2:685889/141‑1 (MQ=255) aaTCCTGTTTGTTGAATCGCTTGGATACTTTTGCCTACCTCATCTCGTGCTTGAGTGACATCTTGTGCAAAGCGAAGGTTTTGTGCTTTGACTTTTTCGGGCCCCGTTTTTTGGCGTACTCTATCTTCAGTCTGTTTcaca > 4:158534/1‑141 (MQ=255) aaTCCTGTTTGTTGAATCGCTTGGATACTTTTGCCTACCTCATCTCGTGCTTGAGTGACATCTTGTGCAAAGCGAAGGTTTTGTGCTTTGACTTTTTCGGGCCCCGTTTTTTGGCGTACTCTATCTTCAGTCTGTTTcaca > 4:265603/1‑141 (MQ=255) aaTCCTGTTTGTTGAATCGCTTGGATACTTTTGCCTACCTCATCTCGTGCTTGAGTGACATCTTGTGCAAAGCGAAGGTTTTGTGCTTTGACTTTTTCGGGCCCCGTTTTTTGGCGTACTCTATCTTCAGTCTGTTTcaca > 1:941901/1‑141 (MQ=255) aTCCTGTTTGTTGAATCGCTTGGATACTTTTGCCTACCTCATCTCGTGCTTGAGTGACATCTTGTGCAAAGCGAAGGTTTTGTGCTTTGACTTTTTCGGGCCCCGTTTTTTGGCGTACTCTATCTTCAg < 2:797287/129‑1 (MQ=255) aTCCTGTTTGTTGAATCGCTTGGATACTTTTGCCTACCTCATCTCGTGCTTGAGTGACATCTTGTGCAAAGCGAAGGTTTTGTGCTTTGACTTTTTCGGGCCCCGTTTTTTGGCGTACTCTATCTTCAg > 1:797287/1‑129 (MQ=255) aTCCTGTTTGTTGAATCGCTTGGATACTTTTGCCTACCCAACCGGGTGCTTGAGTGACATCTTGTGCAAAGCGAAGGTTTTGTGCTTTGACTTTTTCGGGCCCCGTTTTTTGGCGTACTCTATCTTCAGTCTGTTTCACAt < 1:9943/141‑1 (MQ=255) | GACAAAGCTGTTATGATCTTAGCTTTGTCTTTTATGTGTTAGTCATCATGTATACGACATCCTACTACTAACGTTTATATATTCGAATTTTTATTTCATAATAATCTTCATGATCTTTGTCTTTATGCTCAACATGTAATCCTGTTTGTTGAATCGCTTGGATACTTTTGCCTACCTCATCTCGTGCTTGAGTGACATCTTGTGCAAAGCGAAGGTTTTGTGCTTTGACTTTTTCGGGCCCCGTTTTTTGGCGTACTCTATCTTCAGTCTGTTTCACAT > USA300TCH1516_ALE/2866987‑2867265 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |