| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 220,088 | A→T | 5.2% | G289G (GGT→GGA) | ipdC ← | Indole‑3‑pyruvate decarboxylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 220,088 | 0 | A | T | 5.2% | 445.6 / 10.0 | 143 | G289G (GGT→GGA) | ipdC | Indole‑3‑pyruvate decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (74/61); new base T (5/3); total (79/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.45e-01 | |||||||||||
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
GTTGCGTTATTCGTATATGAAATATTGGATAACTGTTTTAACAATGATGGTAGAGATATTTCATCATTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTATTTTATCTTCGGCAATTTTCCCATCGTAAATACCCATATAATATGGATTTTCCTCATTAAAAGCACC > USA300TCH1516_ALE/219948‑220228 | gTTGCGTTATTCGTATATGGAATATTGGATAACTGTTTTAACAATGATGGTAGAGATATTTCATCATTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGGTTTAACCTAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGaaaaa < 1:933203/141‑1 (MQ=255) ttGCGTTATTCGTATATGAAATATTGGATAACTGTTTTAACAATGATGGTAGAGATATTTCATCATTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAAc < 2:716319/141‑1 (MQ=255) gCGTTATTCGTATATGAAATATTGGATAACTGTTTTAACAATGATGGTAGAGATATTTCATCATTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACct > 3:275873/1‑141 (MQ=255) gCGTTATTCGTATATGAAATATTGGATAACTGTTTTAACAATGATGGTAGAGATATTTCATCATTTGTAACATCGTCAATTTTGAAAGTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACct < 1:837185/141‑1 (MQ=255) ttATTCGTATATGAAATATTGGATAACTGTTTTAACAATGATGGTAGAGATATTTCATCATTTGTCACATCGTCGGCTTTGAGATGGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGGTATTGAATTGGTATGAAAAACctgct > 1:269819/1‑141 (MQ=255) tgttCGTATATGAAATATTGGATAACTGTTTTAACAACGATGGTAGAGATATTTCATCATTTGTAACATCATCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAATCctgctg < 1:732533/139‑1 (MQ=255) ttCGTATATGAAATATTGGATAACTGTTTTAACAATGATGGTAGAGATATTTCATCATTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGtt < 2:582285/141‑1 (MQ=255) ttCGTATATGAAATATTGGATAACTGTTTTAACAATGATGGTAGAGATATTTCATCATTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTAGTATGAAAAACCTGCTGtt < 4:380161/141‑1 (MQ=255) tCGTATATGAAATATTGGATAACTGTTTTAACAATGATGGTAGAGATATTTCATCATTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTg < 1:800028/141‑1 (MQ=255) tCGTATATGAAATATTGGATAACTGTTTTAACAATGATGGTAGAGATATTTCATCATTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTg < 1:504174/141‑1 (MQ=255) tataTGAAATATTGGATAACTGTTTTAACAATGATGGTAGAGATATTTCATAATTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTg < 4:253220/141‑1 (MQ=255) atatGAAATATTGGATAACTGTTTTAACAATGATGGTAGAGATATTTCATCATTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGa < 2:235885/141‑1 (MQ=255) gAAATATTGGATAACTGTTTTAACAATGATGGTAGAGATATTTCATCATTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCt < 4:362339/141‑1 (MQ=255) aaTATTGGATAACTGTTTTAACAATGATGGTAGAGATATTTCATCATTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTACTGAATCTGt > 2:941039/1‑141 (MQ=255) atatTGGATAACTGTTTTAACAATGATGGTAGAGATATTTCATCATTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGtt > 1:278384/1‑141 (MQ=255) tatTGGATAACTGTTTTAACAATGATGGTAGAGATATTTCATCATTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTa > 1:429891/1‑141 (MQ=255) tatTGGATAACTGTTTTAACAATGATGGTAGAGATATTTCATCATTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTa < 1:600653/141‑1 (MQ=255) atTGGATAACTGTTTTAACAATGATGGTAGAGATATTTCATCATTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTaa > 1:698948/1‑141 (MQ=255) ttGGATAACTGTTTTAACAATGATGGTAGAGATATTTTATCATTTGTATCAACGTCATTCTTGATATAGAGATGATTTAAGATAACGACATCATAGCTATTGAATTGGTATGAACATCCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAAt > 4:52128/1‑141 (MQ=255) ggATAACTGTTTTAACAATGATGGTAGAGATATTTCATCATTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAAttt > 2:559910/1‑141 (MQ=255) ggATAACTGTTTTAACAATGATGGTAGAGATATTTCATCATTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAAttt > 2:621429/1‑141 (MQ=255) ggATAACTGTTTTAACAACGATGGTAGAGATATTTCATCATTTGTAACATCATCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAATCCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAAttt > 4:59455/1‑141 (MQ=255) aTAACTGTTTTAACAATGATGGTATAGATATTTCATCATTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTgg < 4:429201/141‑1 (MQ=255) aTAACTGTTTTAACAATGATGGTAGAGATATTTCATCATTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTgg > 2:549658/1‑141 (MQ=255) aTAACTGTTTTAACAATGATGGTAGAGATATCTCATCATTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTgg < 2:924600/141‑1 (MQ=255) tAACTGTTTTAACAATGATGGTAGAGATATTTCATCATTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGc > 4:385154/1‑141 (MQ=255) cTGTTTTAACAATGATGGTAGAGATATTTCATCATTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTcc < 2:374002/141‑1 (MQ=255) ttttAACAACGATGGTAGAGATATTTCATCATTTGTAACATCATCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAATCCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAat > 2:724505/1‑141 (MQ=255) ttAACAATGATGGTAGAGATATTTCATCATTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAatat > 1:996189/1‑141 (MQ=255) ttAACAATGATGGTAGAGATATTTCATCATTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAatat < 2:317060/141‑1 (MQ=255) tAACAATGATGGTAGAGATATTTCATCATTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATAtt < 3:241954/141‑1 (MQ=255) tAACAATGATGGTAGAGATATTTCATCATTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATAtt < 1:176520/141‑1 (MQ=255) aaCAATGATGGTAGAGATATTTCATCATTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATAttt < 1:1060840/141‑1 (MQ=255) cAATGATGGTAGAGATATTTCATCATTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTaa > 2:281755/1‑141 (MQ=255) cAATGATGGTAGAGATATTTCATCATTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTaa > 1:1082739/1‑141 (MQ=255) atgatgGTAGAGATATTTCATCATTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTaaaa > 2:1079215/1‑141 (MQ=255) tgatgGTAGAGATATTTCATCATTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAAt < 1:111076/141‑1 (MQ=255) atgGTAGAGATATTTCATCATTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTa > 3:41648/1‑141 (MQ=255) tgGTAGAGATATTTCATCATTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTaa > 1:1043861/1‑141 (MQ=255) tgGTACAGATATTTCATCATTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAGACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTaa < 1:811633/141‑1 (MQ=255) ggTAGAGATATTTCATCATTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTaaa > 3:17128/1‑141 (MQ=255) gagaTATTTCATCATTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGc < 2:545753/141‑1 (MQ=255) agaTATTTCATCATTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAACTTAAATCGCt > 2:157468/1‑141 (MQ=255) agaTATTTCATCATTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCt > 1:60031/1‑141 (MQ=255) tttCATCATTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGAGGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCtgttgt > 4:207407/1‑141 (MQ=255) catcatTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCca < 1:1011109/141‑1 (MQ=255) catcatTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCca < 4:247276/141‑1 (MQ=255) atcatTTGTAACATCATCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAATCCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCcac > 1:398019/1‑141 (MQ=255) catTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCtgt > 3:218335/1‑132 (MQ=255) catTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACAt > 1:324716/1‑141 (MQ=255) catTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACAt < 2:901282/141‑1 (MQ=255) ttGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAAt > 2:211432/1‑141 (MQ=255) ttGTAACATCGTCAATTCTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAAt > 4:152166/1‑141 (MQ=255) gTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAAtct < 3:72493/141‑1 (MQ=255) gTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAAtct > 1:55037/1‑141 (MQ=255) aaCATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCg > 2:187442/1‑141 (MQ=255) cATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTa < 1:255917/141‑1 (MQ=255) cATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTa < 1:630108/141‑1 (MQ=255) aTCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTAt > 2:853329/1‑141 (MQ=255) tCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTAtt < 4:339619/141‑1 (MQ=255) tCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTCTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTAtt < 2:1001603/141‑1 (MQ=255) tCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTATTTTa < 1:615603/141‑1 (MQ=255) cAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTATTTTAt < 2:94607/141‑1 (MQ=255) tttGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTATTTTATCTTc < 1:502787/141‑1 (MQ=255) tttGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTATTTTATCTTc < 3:391216/141‑1 (MQ=255) tttGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTATTTTATCTTc > 2:445856/1‑141 (MQ=255) ttGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTATTTTATCTTCg < 1:207308/141‑1 (MQ=255) gATATTGGGATGATTTAACATAACGACATCATCGTTATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTATTTTATCTTCGGc < 2:517141/141‑1 (MQ=255) atatTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTATTTTATCTTCGGCa > 1:577320/1‑141 (MQ=255) tatTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTATTTTATCTTCGGCaa < 1:427530/141‑1 (MQ=255) gatgatTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTATTTTATCTTCGGCAATTTTcc < 2:800554/141‑1 (MQ=255) gatgatTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTATTTTATCTTCGGCAATTTTcc < 1:691579/141‑1 (MQ=255) gatgatTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTATTTTATCTTCGGCAATTTTcc > 3:265333/1‑141 (MQ=255) atTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTATTTTATCTTCGGCAATTTTCTCATc > 1:772347/1‑141 (MQ=255) atTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTATTTTATCTTCGGCAATTTTCCCATc < 2:836770/141‑1 (MQ=255) atTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTATTTTATCTTCGGCAATTTTCCCATc > 3:142948/1‑141 (MQ=255) aaCATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTATTTTATCTTCGGCAATTTTCCCATCGTaa > 4:192210/1‑141 (MQ=255) aaCATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTATTTTATCTTCGGCAATTTTCCCATCGTaa > 4:274255/1‑141 (MQ=255) aaCATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTATTTTATCTTCGGCAATTTTCCCATCGTaa > 1:529624/1‑141 (MQ=255) aaCATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTATTTTATCTTCGGCAATTTTCCCATCGTaa > 2:505505/1‑141 (MQ=255) aCATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTATTTTATCTTCGGCAATTTTCCCATCGTaaa > 2:837103/1‑141 (MQ=255) aTAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTATTTTATCTTCGGCAATTTTCCCATCGTAAATa > 4:284630/1‑141 (MQ=255) aCGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTATTTTATCTTCGGCAATTTTCCCATCGTAAATAccc > 1:678268/1‑141 (MQ=255) cGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTATTTTATCTTCGGCAATTTTCCCATCGTAAATACCCa < 1:146098/141‑1 (MQ=255) cGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTATTTTATCTTCGGCAATTTTCCCATCGTAAATACCCa > 1:75408/1‑141 (MQ=255) aCATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTATTTTATCTTCGGCAAGTTTCCCATCGTAAATACCCatt > 2:801808/1‑140 (MQ=255) catcatCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTATTTTATCTTCGACAATTTTCCCATCGTAAATACCCatat > 1:1042197/1‑141 (MQ=255) atcGATATTGAATTGGTATGAAAATCCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTATTTTATCTTCGGCAATTTTCCCGTCGTAAATACCCATataata < 3:59455/141‑1 (MQ=255) gATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTATTTTATCTTCGGCAATTTTCCCATCGTAAATACCCATATAATATgg > 1:1061825/1‑141 (MQ=255) tatTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTATTTTATCTTCGGCAATTTTCCCATCGTAAATACCCATATAATATGGAt < 1:156707/141‑1 (MQ=255) gAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTATTTTATCTTCGGCAATTGTCCCATCGTAAATACCCATATAATATGGATTTTc > 1:1007349/1‑141 (MQ=255) gAATTGGCATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTATTTTATCTTCGGCAATTTTCCCATCGTAAATACCCATATAATATGGATTTTc > 2:1085687/1‑141 (MQ=255) aaTTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTATTTTATCTTCGGCAATTTTCCCATCGTAAATACCCATATAATATGGATTTTcc < 4:9770/141‑1 (MQ=255) aTTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTATTTTATCTTCGGCAATTTTCCCATCGTAAATACCCATATAATATGGATTTTCCt < 2:608442/141‑1 (MQ=255) aTTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTATTTTATCTTCGGCAATTTTCCCATCGTAAATACCCATATAATATGGATTTTCCt < 4:412507/141‑1 (MQ=255) ggTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTATTTTATCTTCGGCAATTTTCCCATCGTAAATACCCATATAATATGGATTTTCCTCAt < 4:143561/141‑1 (MQ=255) aaaaCCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTATTTTATCTTCGGCAATTTTCCCATCGTAAATACCCATATAATATGGATTTTCCTCATTAAAAGc > 4:137420/1‑141 (MQ=255) aCCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTATTTTATCTTCGGCAATTTTCCCATCGTAAATACCCATATAATATGGATTTTCCTCATTAAAAGCAcc > 1:653923/1‑141 (MQ=255) aCCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTATTTTATCTTCGGCAATTTTCCCATCGTAAATACCCATATAATATGGATTTTCCTCATTAAAAGCAcc > 2:421910/1‑141 (MQ=255) aCCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTATTTTATCTTCGGCAATTTTCCCATCGTAAATACCCATATAATATGGAGTTTCCTCATTAAAAGCAcc > 1:526295/1‑141 (MQ=255) | GTTGCGTTATTCGTATATGAAATATTGGATAACTGTTTTAACAATGATGGTAGAGATATTTCATCATTTGTAACATCGTCAATTTTGATATTGTGATGATTTAACATAACGACATCATCGATATTGAATTGGTATGAAAAACCTGCTGTTGCTGAATCTGTTAATTTGGCTCCAATATTTAAAATTAAATCGCTGTTGTCCACATAATCTCGTATTTTATCTTCGGCAATTTTCCCATCGTAAATACCCATATAATATGGATTTTCCTCATTAAAAGCACC > USA300TCH1516_ALE/219948‑220228 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |