| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 632,409 | T→A | 5.1% | A178A (GCT→GCA) | proP → | Proline/betaine transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 632,409 | 0 | T | A | 5.1% | 445.2 / 9.9 | 138 | A178A (GCT→GCA) | proP | Proline/betaine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (69/62); new base A (3/4); total (72/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 | |||||||||||
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
GTTTTCAACAGGTGGAGAGTATGCGGGGGCAATGACATATGTTGCCGAATCATCTCCAGATAAGCGTCGTAACTCATTAGGTAGTGGACTAGAAATTGGGACATTATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTATTAACATTCTTTTTAACAGATGAACAAATGGCATCATTTGGTTGGAGAATCCCATTCTTACTCGGTTTATTCCTAGGATTATTCGGCTTATATTTACGTCGTAAGCTGGAAGAATCACCAGTTTTCGAAAATGATG > USA300TCH1516_ALE/632271‑632548 | ttCAACAGGTGGAGAGTATGCGGGGGCAATGACATATGTTGCCGAATCATCTCCAGATAAGCGTCGTAACTCATTAGGTAGTGGACTAGAAATTGGGACATTATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTAtt > 1:369642/1‑141 (MQ=255) tCAACAGGTGGAGAGTATGCGGGGGCAATGACATATGTTGCCGAATCATCTCCAGATAAGCGTCGTAACTCATTAGGTAGTGGACTAGAAATTGGGACATTATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTATTa < 2:809771/141‑1 (MQ=255) aCAGGTGGAGAGTATGCGGGGGCAATGACATATGTTGCCGAATCATCTCCAGATAAGCGTCGTAACTCATTAGGTAGTGGACTAGAAATTGGGACATTATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTATTAACa > 2:1021573/1‑141 (MQ=255) agagTATGCGGGGGCTATGACATATGTTGCCGAATCATCTCCAGATAAGCGTCGTAACTCATTAGGTAGTGGACTAGAAATTGGGACATTATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTATTAACATTCttttt < 1:900603/141‑1 (MQ=255) gagTATGCGGGGGCAATGACATATGTTGCCGAATCATCTCCAGATAAGCGTCGTAACTCATTAGGTAGTGGACTAGAAATTGGGACATTATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTATTAACATTCTTTTTa > 1:1085321/1‑141 (MQ=255) gagTATGCGGGGGCAATGACATATGTTGCCGAATCATCTCCAGATAAGCGTCGTAACTCATTAGGTAGTGGACTAGAAATTGGGACATTATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTATTAACATTCCTTTTa > 2:132009/1‑141 (MQ=255) gTATGCGGGGGCAATGACATATGTTGCCGAATCATCTCCAGATAAGCGTCGTAACTCATTAGGTAGTGGACTAGAAATTGGGACATTATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTATTAACATTCTTTTTAAc > 1:208820/1‑141 (MQ=255) gTATGCGGGGGCAATGACATATGTTGCCGAATCATCTCCAGATAAGCGTCGTAACTCATTAGGTAGTGGACTAGAAATTGGGACATTATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTATTAACATTCTTTTTAAc > 2:1068211/1‑141 (MQ=255) aTGCGGGGGCAATGACATATGTTGCCGAATCATCTCCAGATAAGCGTCGTAACTCATTAGGTAGTGGACTAGAAATTGGGACATTATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTATTAACATTCTTTTTAACAg > 1:922140/1‑141 (MQ=255) tGCGGGGGCAATGACATATGTTGCGGAGTCATCTCCAGATAAGCGTCGTAACTCATTAGGTAGTGGACTAGAAATTGGGACATTATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCAGTATTAACATTCTTTTTAACAGa < 3:261344/141‑1 (MQ=255) gCGGGGGCAATGACATATGTTGCGGAGTCATCTCCAGATAAGCGTCGTAACTCATTAGGTAGTGGACTAGAAATTGGGACATTATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCAGTATTAACATTCTTTTTAACAGAt > 2:662643/1‑141 (MQ=255) gCGGGGGCAATGACATATGTTGCCGAATCATCTCCAGATAAGCGTCGTAACTCATTAGGTAGTGGACTAGAAATTGGGACATTATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTATTAACATTCTTTTTAACAGAt < 4:71929/141‑1 (MQ=255) cGGGGGCAATGACATATGTTGCCGAATCATCTCCAGATAAGCGTCGTAACTCATTAGGTAGTGGACTAGAAATTGGGACATTATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTATTAACATTCTTTTTAACAGATg > 2:511393/1‑141 (MQ=255) gCAATGACATATGTTGCCGAATCATCTCCAGATAAGCGTCGTAACTCATTAGGTAGTGGACTAGAAATTGGGACATTATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTATTAACATTCTTTTTAACAGATGAACaa > 2:297604/1‑141 (MQ=255) gCAATGACATATGTTGCCGAATCATCTCCAGATAAGCGTCGTAACTCATTAGGTAGTGGACTAGAAATTGGGACATTATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTATTAACATTCTTTTTAACAGATGAACaa > 3:104553/1‑141 (MQ=255) gCAATGACATATGTTGCCGAATCATCTACAGATAAGCGTCGTAACTCATTAGGTAGTGGACTAGAAATTGGGACATTATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTATTAACATTCTTTTTAACAGATGAACaa < 1:719169/141‑1 (MQ=255) aaTGACATATGTTGCCGAATCATCTCCAGATAAGCGTCGTAACTCATTAGGTAGTGGACTAGAAATTGGGACATTATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTATTAACATTCTTTTTAACAGATGAACAAAt > 1:117246/1‑141 (MQ=255) cATATGTTGCCGAATCATCTCCAGATAAGCGTCGTAACTCATTAGGTAGTGGACTAGAAATTGGGACATTATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTATTAACATTCTTTTTAACAGATGAACAAATGGcat < 2:167023/141‑1 (MQ=255) cATATGTTGCCGAATCATCTCCAGATAAGCGTCGTAACTCATTAGGTAGTGGACTAGAAATTGGGACATTATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTATTAACATTCTTTTTAACAGATGAACAAATGGcat < 2:55699/141‑1 (MQ=255) cATATGTTGCCGAATCATCTCCAGATAAGCGTCGTAACTCATTAGGTAGTGGACTAGAAATTGGGACATTATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTATTAACATTCTTTTTAACAGATGAACAAATGGcat < 2:765364/141‑1 (MQ=255) atatGTTGCCGAATCATCTCCAGATAAGCGTCGTAACTCATTAGGTAGTGGACTAGAAATTGGGACATTATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTATTAACATTCTTTTTAACAGATGAACAAATGGcatc < 4:260747/141‑1 (MQ=255) atatGTTGCCGAATCATCTCCAGATAAGCGTCGTAACTCATTAGGTAGTGGACTAGAAATTGGGACATTATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTATTAACATTCTTTTTAACAGATGAACAAATGGcatc < 1:198742/141‑1 (MQ=255) atGTTGCCGAATCATCTCCAGATAAGCGTCGTAACTCATTAGGTAGTGGACTAGAAATTGGGACATTATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTATTAACATTCTTTTTAACAGATGAACAAATGGcatcat < 3:95244/141‑1 (MQ=255) gCCGAATCATCTCCAGATAAGCGTCGTAACTCATTAGGTAGTGGACTAGAAATTGGGACATTATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTATTAACATTCTTTTTAACAGATGAACAAATGGCATCATttggt > 3:49622/1‑141 (MQ=255) cGAATCATCTCCAGATAAGCGTCGTAACTCATTAGGTAGTGGACTAGAAATTGGGACATTATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTATTAACATTCTTTTTAACAGATGAACAAATGGCATCATttggttg < 2:502457/141‑1 (MQ=255) gAATCATCTCCAGATAAGCGTCGTAACTCATTAGGTAGTGGACTAGAAATTGGGACATTATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTATTAACATTCTTTTTAACAGATGAACAAATGGCATCATttggttgg < 1:239422/141‑1 (MQ=255) gAATCATCTCCAGATAAGCGTCGTAACTCATTAGGTAGTGGACTAGAAATTGGGACATTATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTATTAACATTCTTTTTAACAGATGAACAAAAGGCATCATttggttgg > 1:227267/1‑141 (MQ=255) atcatcTCCAGATAAGCGTCGTAACTCATTAGGTAGTGGACTAGAAATTGGGACATTATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTATTAACATTCTTTTTAACAGATGAACAAATGGCATCATTTGGTTGgag > 2:399392/1‑141 (MQ=255) atcatcTCCAGATAAGCGTCGTAACTCATTAGGTAGTGGACTAGAAATTGGGACATTATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTATTAACATTCTTTTTAACAGATGAACAAATGGCATCATTTGGTTGgag < 1:930480/141‑1 (MQ=255) tcatcTCCAGATAAGCGTTGTAACTCATTAGGTAGTGGACTAGAAATTGGGACATTATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTATTAACATTCTTTTTAACAGATGAACAAATGGCATCATTTGGTTGgaga < 3:131461/141‑1 (MQ=255) tcatcTCCAGATAAGCGTCGTAACTCATTAGGTAGTGGACTAGAAATTGGGACATTATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTATTAACATTCTTTTTAACAGATGAACAAATGGCATCATTTGGTTGgaga > 4:216913/1‑141 (MQ=255) tctcCAGATAAGCGTCGTAACTCATTAGGTAGTGGACTAGAAATTGGGACATTATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTATTAACATTCTTTTTAACAGATGAACAAATGGCATCATTTGGTTGGAGAATc < 2:841085/141‑1 (MQ=255) ccAGATAAGCGTCGTAACTCATTAGGTAGTGGACTAGAAATTGGGACATTATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTATTAACATTCTTTTTAACAGATGAACAAATGGCATCATTTGGTTGGAGAATCCCa > 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gCGTCGTAACTCATTAGGTAGTGGACTAGAAATTGGGACATTATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTATTAACATTCTTTTTAACAGATGAACAAATGGCATCATTTGGTTGGAGAATCCCATTCTTACt > 2:239304/1‑141 (MQ=255) gCGTCGTAACTCATTAGGTAGTGGACTAGAAATTGGGACATTATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTATTAACATTCTTTTTAACAGATGAACAAATGGCATCATTTGGTTGGAGAATCCCATTCTTACt > 1:888134/1‑141 (MQ=255) gCGTCGTAACTCATTAGGTAGTGGACTAGAAATTGGGACATTATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTATTAACATTCTTTTTAACAGATGAACAAATGGCATCATTTGGTTGGAGAATCCCATTCTTACt > 1:634658/1‑141 (MQ=255) gCGTCGTAACTCATTAGGTAGTGGACTAGAAATTGGGACATTATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTATTAACATTCTTTTTAACAGATGAACAAATGGCATCATTTGGTTGGAGAATCCAATTCTTACt > 1:540921/1‑141 (MQ=255) cgtcgtAACTCATTAGGTAGTGGACTAGAAATTGGGACATTATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTATTAACATTCTTTTTAACAGATGAACAAATGGCATCATTTGGTTGGAGAATCCCATTCTTACTc < 2:300476/141‑1 (MQ=255) gtcgtAACTCATTAGGTAGTGGACTAGAAATTGGGACATTATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTATTAACATTCTTTTTAACAGATGAACAAATGGCATCATTTGGTTGGAGAATCCCATTCTTACTCg > 1:73399/1‑141 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aTTATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTATTAACATTCTTTTTAACAGATGAACAAATGGCATCATTTGGTTGGAGAATCCCATTCTTACTCGGTTTATTCCTAGGATTATTCGGCTTATATTTAcgtcg < 2:705897/141‑1 (MQ=255) ttATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTATTAACATTCTTTTTAACAGATGAACAAATGGCATCATTTGGTTGGAGAATCCCATTCTTACTCGGTTTATTCCTAGGATTATTCGGCTTATATTTAcgtcgt < 1:399392/141‑1 (MQ=255) ttATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTATTAACATTCTTTTTAACAGATGAACAAATGGCATCATTTGGTTGGAGAATCCCATTCTTACTCGGTTTATTCCTAGGATTATTCGGCTTATATTTAcgtcgt < 1:59512/141‑1 (MQ=255) ttATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTATTAACATTCTTTTTAACAGATGAACAAATGGCATCATTTGGTTGGAGAATCCCATTCTTACTCGGTTTATTCCTAGGATTATTCGGCTTATATTTAcgtcgt > 2:1014663/1‑141 (MQ=255) tCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTATTAACATTCTTTTTAACAGATGAACAAATGGCATCATTTGGTTGGAGAATCCCATTCTTACTCGGTTTATTCCTAGGATTATTCGGCTTATATTTACGTCGTAAg < 2:883969/141‑1 (MQ=255) cAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTATTAACATTCTTTTTAACAGATGAACAAATGGCATCATTTGGTTGGAGAATCCCATTCTTACTCGGTTTATTCCTAGGATTATTCGGCTTATATTTACGTCGTAAGc > 1:532704/1‑141 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GTTTTCAACAGGTGGAGAGTATGCGGGGGCAATGACATATGTTGCCGAATCATCTCCAGATAAGCGTCGTAACTCATTAGGTAGTGGACTAGAAATTGGGACATTATCAGGTTACATAGCTGCTTCAATTATGATTGCTGTATTAACATTCTTTTTAACAGATGAACAAATGGCATCATTTGGTTGGAGAATCCCATTCTTACTCGGTTTATTCCTAGGATTATTCGGCTTATATTTACGTCGTAAGCTGGAAGAATCACCAGTTTTCGAAAATGATG > USA300TCH1516_ALE/632271‑632548 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |