| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 740,088 | C→A | 6.0% | intergenic (+315/+273) | pitA_1 → / ← sle1_2 | Low‑affinity inorganic phosphate transporter 1/N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine amidase sle1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 740,088 | 0 | C | A | 6.0% | 463.7 / 4.3 | 144 | intergenic (+315/+273) | pitA_1/sle1_2 | Low‑affinity inorganic phosphate transporter 1/N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine amidase sle1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (68/63); new base A (2/11); total (70/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.75e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
GTCATTAAAATATATGTAAGAGCAAAATAATGATTTAATAGTTTATATTCTTCAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTGATTTTTAATATATTATGCATTTAATTTAATCAAATAGGTAGGTTGTTAATTTTTACCTAACTACCATTCATAC > USA300TCH1516_ALE/739948‑740228 | gTCATTAAAATATATGTAAGAGCAAAATAATGATTTAATAGTTTATATTCTTCAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGAc < 1:724375/141‑1 (MQ=255) tCATTAAAATATATGTAAGAGCAAAATCATGATTTAATAGTTTATATTCTTCAATGAAGGAATCATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTCCTATAACTTTGTATATGTAGACg > 2:267706/1‑141 (MQ=255) tCATTAAAATATATGTAAGAGCAAAATAATGATTTAATAGTTTATATTCTTCAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACg < 4:241202/141‑1 (MQ=255) tCATTAAAATATATGTAAGAGCAAAATAATGATTTAATAGTTTATATTCTTCAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACg < 1:594046/141‑1 (MQ=255) tCATTAAAATATATGTAAGAGCAAAATAATGATTTAATAGTTTATATTCTTCAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACg < 1:594026/141‑1 (MQ=255) cATTAAAATATATGTAAGAGCAAAATAATGATTTAATAGTTTATATTCTTCAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGa < 3:183501/141‑1 (MQ=255) atatatGTAAGAGCAAAATAATGATTTAATAGTTTATATTCTTCAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCg < 1:776250/141‑1 (MQ=255) atatatGTAAGAGCAAAATAATGATTTAATAGTTTATATTCTTCAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCg > 1:306338/1‑141 (MQ=255) aatatGTAAGAGCAAAATAATGATTTAATAGTTTCTATTCTTCAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGt < 3:212608/140‑1 (MQ=255) atatGTAAGAGCAAAATAATGATTTAATAGTTTATATTCTTCAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTa < 3:27872/141‑1 (MQ=255) atGTAAGAGCAAAATAATGATTTAATAGTTTATATTCTTCAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTaaa < 3:173549/141‑1 (MQ=255) tAAGCGTAAAATAATGATTTGATAGTTTATATTCTTCAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGAAGAAAAAGCGTAAAATa < 4:364329/141‑1 (MQ=255) tAAGAGCAAAATAATGATTTAATAGTTTATATTCTTCAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTaaaaaa > 2:217172/1‑139 (MQ=255) tAAGAGAAAAATAATGATTTAAAAGTTTATATTCTTCAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTAAAAAAAAAAAAAAAAGCGTAAAATa < 2:986692/141‑1 (MQ=255) aaGAGCAAAATAATGATTTAATAGTTTATATTCTTCAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATAc > 1:299264/1‑141 (MQ=255) aaGAGCAAAATAATGATTTAATAGTTTATATTCTTCAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATAc < 3:432087/141‑1 (MQ=255) gCAAAATAATGATTTAATAGTTTATATTCTTCAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGt < 1:468807/141‑1 (MQ=255) aaaTAATGATTTAATAGTTTATATTCTTCAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGtata > 1:742464/1‑141 (MQ=255) aaaTAATGATTTAATAGTTTATATTCTTCAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGtata < 2:151508/141‑1 (MQ=255) aaaTAATGATTTAATAGTTTATATTCTTCAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGtata > 4:12920/1‑141 (MQ=255) aataataatTTACTAGTTTATAGTCTCCGATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATaa < 2:758630/141‑1 (MQ=255) aataatGATTTAATAGTTTATATTCTTCAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATaa > 3:123519/1‑141 (MQ=255) aataatGATTTAATAGTTTATATTCTTCAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATaa > 3:248860/1‑141 (MQ=255) aataatGATTTAATAGTTTATATTCTTCAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATaa < 1:1034705/141‑1 (MQ=255) aataatGATTTAATAGTTTATATTCTTCAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATaa > 2:42213/1‑141 (MQ=255) aataatGATTTAATAGTTTATATTCTTCAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATaa < 2:678617/141‑1 (MQ=255) atGATTTAATAGTTTATATTCTTCAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACG‑AAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAAt < 2:130429/141‑1 (MQ=255) tGATTTAATAGTTTATATTCTTCAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGTAAAAGCGTAGAATACTGGTATAACAAAt > 4:224150/1‑141 (MQ=255) tGATTTAATAGTTTATATTCTTCAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAAt > 3:210942/1‑141 (MQ=255) gATTTAATAGTTTATATTCTTCAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATNACAAAtt > 2:816350/1‑141 (MQ=255) aTTTAATAGTTTATATTCTTCAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTa < 1:247015/141‑1 (MQ=255) tttAATAGTTTATATTCTTCAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTaa > 2:852879/1‑141 (MQ=255) ttAATAGTTTATATTCTTCAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTaaa > 4:295657/1‑141 (MQ=255) aTAGTTTATATTCTTCAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGAAGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCa < 3:241267/141‑1 (MQ=255) tAGTTTATATTCTTCAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGt > 2:773484/1‑113 (MQ=255) tAGTTTATATTCTTCAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGt < 1:773484/113‑1 (MQ=255) aGTTTATATTCTTCAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCAtt > 3:238529/1‑141 (MQ=255) gTTTATATTCTTCAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATta < 2:517878/141‑1 (MQ=255) gTTTATATTCTTCAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATAAGAAAAAGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATta < 2:342539/141‑1 (MQ=255) tttATATTCTTCAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATtat > 1:662454/1‑141 (MQ=255) ttATATTCTTCAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATtata > 1:505996/1‑141 (MQ=255) tatTCTTCAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTa < 2:126275/128‑1 (MQ=255) tatTCTTCAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTa > 1:126275/1‑128 (MQ=255) tcttcAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCa > 2:611590/1‑141 (MQ=255) tcAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACt < 3:283617/141‑1 (MQ=255) tGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGt > 2:1000776/1‑141 (MQ=255) tGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGt > 2:664015/1‑141 (MQ=255) ggAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCa > 4:246868/1‑141 (MQ=255) ggAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAAACTAAATTGTATTGCGCTTTCTTTATTATCTACTTGTTCTTGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCa < 1:376612/141‑1 (MQ=255) gAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCat > 1:901408/1‑141 (MQ=255) ataatTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCatta > 3:137330/1‑141 (MQ=255) ataatTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGAATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCatta > 2:618070/1‑141 (MQ=255) aatTAAATAGTTATCAACTTTTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCattatt < 2:697793/141‑1 (MQ=255) aatTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCattatt < 4:171900/141‑1 (MQ=255) aatTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCattatt < 2:847368/141‑1 (MQ=255) tAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAACTTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTg < 1:842923/141‑1 (MQ=255) aaaTAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTGa > 1:495626/1‑141 (MQ=255) aTAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTGAtt < 1:825957/141‑1 (MQ=255) aTAGTTATCAACGTGGTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTGAtt > 2:222819/1‑141 (MQ=255) tATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTGATTTTTaa > 2:1009011/1‑141 (MQ=255) aTCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTGATTTTTAat < 2:783726/141‑1 (MQ=255) aaCTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTGATTTTTAatata > 1:687393/1‑141 (MQ=255) aCTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTGATTTTTAatatat < 1:659819/141‑1 (MQ=255) tGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTGATTTTTAATAtattat < 2:480126/141‑1 (MQ=255) tGTTTAATTAACCTAAATTGTATTAGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTGATTTTTAATAtattat > 1:391840/1‑141 (MQ=255) ttaattaaCCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTGATTTTTAATATATTATGCa > 4:105067/1‑141 (MQ=255) attaaCCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATAAGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTGATTTTTAATATATTATGCattt < 2:975547/141‑1 (MQ=255) taaCCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTGATTTTTAATATATTATGCatttaa > 2:268624/1‑141 (MQ=255) aCCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGAAGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTGATTTTTAATATATTATGCatttaatt > 2:157353/1‑141 (MQ=255) cTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTGATTTTTAATATATTATGCatttaattta > 1:131679/1‑141 (MQ=255) aaaTTGTATGGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTGATTTTTAATATATTATGCatttaatttact > 2:315301/1‑139 (MQ=255) aaTTGTATTGCGCTTTATTTAATACAAAATTGTATATATAGAAGAAATAGCGTTAAATACTTGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATAATTTTAATTTTTAATATATTATGCCTTTAATTTAATc < 4:41790/141‑1 (MQ=255) ttGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTGATTTTTAATATATTATGCATTTAATTTAATCaa < 2:853073/141‑1 (MQ=255) tGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTGATTTTTAGTATATTATGCATTTAATTTAATCaaa < 4:37567/141‑1 (MQ=255) tGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTGATTTTTAATATATTATGCATTTAATTTAATCaaa > 4:182464/1‑141 (MQ=255) tGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTGATTTTTAATATATTATGCATTTAATTTAATCaaa > 2:952996/1‑141 (MQ=255) gTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTGATTTTTAATATATTATGCATTTAATTTAATCAAAt > 2:950808/1‑141 (MQ=255) tGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTGATTTTTAATATATTATGCATTTAATTTAATCAAAtaggt > 4:339185/1‑141 (MQ=255) ggCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTGATTTTTAATATATTATGCATTTAATTTAATCAAAtaggtag > 1:171093/1‑141 (MQ=255) cTTTATTTAATTTAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTGATTTTTAATATATTATGCATTTAATTTAATCAAATaggtaggt < 1:739855/141‑1 (MQ=255) cTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTGATTTTTAATATATTATGCATTTAATTTAATCAAATaggtaggt < 1:243229/141‑1 (MQ=255) ttatttaATATAAATTTGTATATGTAGAAGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTGATTTTTAATATATTATGCATTTAATTTAATCAAATAGGTAGgtta > 3:246933/1‑140 (MQ=255) tatttaATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTGATTTTTAATATATTATGCATTTAATTTAATCAAATAGGTAGgttgt < 1:812741/141‑1 (MQ=255) atttaATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTGATTTTTAATATATTATGCATTTAATTTAATCAAATAGGTAGgttgtt > 3:338121/1‑141 (MQ=255) atttaATATAAATTTGTATATGTAAAAGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTGATTTTTAATATATTATGCATTTAATTTAATCAAATAGGTAGgttgtt < 2:697371/141‑1 (MQ=255) tttaATATAAATTTGTATCTGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTGATTTTTAATATATTATGCATTTAATTTAATCAAATAGGTAGGTTGTTa > 2:53138/1‑141 (MQ=255) tataAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTGATTTTTAATATATAATGCATTTAATTTAATCAAATAGGTAGGTTGTTAAtttt > 3:387823/1‑141 (MQ=255) aaTTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTGATTTTTAATATATTATGCATTTAATTTAATCAAATAGGTAGGTTGTTAATTTTTAcc > 2:848354/1‑141 (MQ=255) tttGTATATATAAAAGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTGATTTTTAATATATTATGCATTTAATTTAATCAAATAGGTAGGTTGTTAATTTTTACCTa < 2:742464/141‑1 (MQ=255) ttGTATATGTAGACGAAAAATCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTGATTTTTAATATATTATGCATTTAATTTAATCAAATAGGTAGGTTGTTAATTTTTACCTaa < 1:276468/141‑1 (MQ=255) ttGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTGATTTTTAATATATTATGCATTTAATTTAATCAAATAGGTAGGTTGTTAATTTTTACCTaa < 1:469084/141‑1 (MQ=255) tGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTGATTTTTAATATATTATGCATTTAATTTAATCAAATAGGTAGGTTGTTAATTTTTACCTAAc < 3:365026/141‑1 (MQ=255) tataTGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTGATTTTTAATATATTATGCATTTAATTTAATCAAATAGGTAGGTTGTTAATTTTTACCTAACTa > 4:433300/1‑141 (MQ=255) atatGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTAGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTGATTTTTAATATATTATGCATTTAATTTAATCAAATAGGTAGGTTGTTAATTTTTACCTAACTAc > 4:347593/1‑141 (MQ=255) tGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTGATTTTTAATATATTATGCATTTAATTTAATCAAATAGGTAGGTTGTTAATTTTTACCTAACTACCAt < 1:203991/141‑1 (MQ=255) aGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTGATTTTTAATATATTATGCATTTAATTTAATCAAATAGGTAGGTTGTTAATTTTTACCTAACTACCATTCa < 1:287798/141‑1 (MQ=255) gACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTGATTTTTAATATATTATGCATTTAATTTAATCAAATAGGTAGGTTGTTAATTTTTACCTAACTACCATTCAt < 4:137330/141‑1 (MQ=255) aCGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTGATTTTTAATATATTATGCATTTAATTTAATCAAATAGGTAGGTTGTTAATTTTTACCTAACTACCATTCATa < 3:339431/141‑1 (MQ=255) cGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTGATTTTTAATATATTATGCATTTAATTTAATCAAATAGGTAGGTTGTTAATTTTTACCTAACTACCATTCATAc < 1:114673/141‑1 (MQ=255) cGAAAAAGCGTAAAATACTGGTAGAACAAATTAAATCATTATATAGTCAAATTAGTAGCATTATTTTGATTTTTAATATATTATGCATTTAATTTAATCAAATAGGTAGGTTGTTAATTTTTACCTAACTACCNTTCATAc > 2:814210/1‑141 (MQ=255) | GTCATTAAAATATATGTAAGAGCAAAATAATGATTTAATAGTTTATATTCTTCAATGAAGGAATAATTAAATAGTTATCAACTTGTTTAATTAACCTAAATTGTATTGGGCTTTATTTAATATAAATTTGTATATGTAGACGAAAAAGCGTAAAATACTGGTATAACAAATTAAATCATTATATAGTCAACTTAGTTGCATTATTTTGATTTTTAATATATTATGCATTTAATTTAATCAAATAGGTAGGTTGTTAATTTTTACCTAACTACCATTCATAC > USA300TCH1516_ALE/739948‑740228 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |