| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 985,069 | A→T | 5.6% | intergenic (‑134/‑161) | USA300HOU_RS04870 ← / → fabH | hypothetical protein/3‑oxoacyl‑[acyl‑carrier‑protein] synthase 3 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 985,069 | 0 | A | T | 5.6% | 393.3 / 11.3 | 124 | intergenic (‑134/‑161) | USA300HOU_RS04870/fabH | hypothetical protein/3‑oxoacyl‑[acyl‑carrier‑protein] synthase 3 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (60/57); new base T (4/3); total (64/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.57e-01 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
GTTTCATGTCATTCTACCTCCACTTTAATTATATATATTTTATTTTAAGTGAAAGTTAGAAATTTGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACCTCTGACTTGAGTTTAAAAAGTAATCTATGTTAAATTAATACCTGGTATTAAAAATTT > USA300TCH1516_ALE/984929‑985209 | gtTTCATGTCATTCTACCTCCACTTTAATTATATATATTTTATTTTAAGTGAAAGTTAGAAATTTGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTaaa > 2:1074593/1‑141 (MQ=255) tttCATGTCATTCTACCTCCACTTTAATTATATATATTTTATTTTAAGTGAAAGTTAGAAATTTGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAAt > 4:308563/1‑141 (MQ=255) ttCATGTCATTCTACCTCCACTTTAATTATATATATTTTATTTTAAGTGAAAGTTAGAAATTTGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAAtt < 4:244774/141‑1 (MQ=255) cATGTCATTCTACCTCCACTTTAATTATATATATTTTATTTTAAGTGAAAGTTAGAAATTTGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTaa > 1:69784/1‑141 (MQ=255) gTCATTCTACCTCCACTTTAATTATATATATTTTATTTTAAGTGAAAGTTAGAAATTTGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAgcg < 4:122770/141‑1 (MQ=255) cATTCTACCTCCACTTTAATTATATATATTTTATTTTAAGTGAAAGTTAGAAATTTGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCa > 2:684279/1‑141 (MQ=255) cATTCTACCTCCACTTTAATTATATATATTTTATTTTAAGTGAAAGTTAGAAATTTGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCa < 1:185184/141‑1 (MQ=255) aTTCTACCTCCACTTTAATTATATATATTTTATTTTAAGTGAAAGTTAGAAATTTGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCAt < 1:570883/141‑1 (MQ=255) tCTACCTCCACTTTAATTATATATATTTTATTTTAAGTGAAAGTTAGAAATTTGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTa > 1:399057/1‑141 (MQ=255) ccTCCACTTTAATTATATATATTTTATTTTAAGTGAAAGTTAGAAATTTGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTaaagc > 1:391161/1‑139 (MQ=255) ccTCCACTTTAATTATATATATTTTATTTTAAGTGAAAGTTAGAAATTTGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAAc > 1:388776/1‑141 (MQ=255) ccTCCACTTTAATTATATATATTTTATTTTAAGTGAAAGTTAGAAATTTGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAAc > 1:337538/1‑141 (MQ=255) cTCCACTTTAATTATATATATTTTATTTTAAGTGAAAGTTAGAAATTTGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAAcc < 2:719926/141‑1 (MQ=255) cTTTAATTATATATATTTTATTTTAAGTGAAAGTTAGAAATTTGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAAttt > 1:966606/1‑141 (MQ=255) ttATATATATTTTATTTTAAGTGAAAGTTAGAAATTTGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACt < 1:522745/141‑1 (MQ=255) tatatataTTTTATTTTAAGTGAAAGTTAGAAATTTGTATAGTAACATCTCATATATTGTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTg < 3:375187/141‑1 (MQ=255) tttatatTTTATTTGAAGTGAAAGTTTGAAATTTGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCTTATTATTCAGTTTTAATAAATGATTTTATCTTAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGat < 2:724159/139‑2 (MQ=255) tatatatTTTATTTTAAGTGAAAGTTAGAAATTTGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGaa < 1:1012059/141‑1 (MQ=255) tattttatttTAAGTGAAAGTTAGAAATTTGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAGATTAAGCGCATTAAAGCCAATTTCATACTGAAAttt < 2:291195/141‑1 (MQ=255) tttattttaAGTGAAAGTTAGAAATTTGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGAc < 1:36176/141‑1 (MQ=255) ttattttaAGTGAAAGTTAGAAATTTGTATAGTAACATCTAATATATTTTGACCATATTATAGAGTTTAACTAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTATAAATTGCGCGCATTAAAACCACTTTCATACTGAAATTTGACg < 2:500345/141‑1 (MQ=255) ttattttaAGTGAAAGTTAGAAAATTGTATAGCAACATCTTATATATTTAGATGATACTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACg < 1:1024935/141‑1 (MQ=255) attttaAGTGAAAGTTAGAAATTTGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGat < 3:411070/141‑1 (MQ=255) aGTGAAAGTTAGAAATTTGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATaaa > 2:734452/1‑141 (MQ=255) aGTGAAAGTTAGAAATTTGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATaaa > 1:888025/1‑141 (MQ=255) aGTGAAAGTTAGAAATTTGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCAAATTTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATaaa > 2:236051/1‑141 (MQ=255) aaGTTAGAAATTTGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCAtt > 1:99610/1‑141 (MQ=255) aaGTTAGAAATTTGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCAAATTTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCAtt < 3:323270/141‑1 (MQ=255) aGTTAGAAATTTGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTa > 4:134979/1‑141 (MQ=255) gTTAGAAATTTGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTaa > 4:261413/1‑141 (MQ=255) gTTAGAAATTTGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTaa > 1:174001/1‑141 (MQ=255) gTTAGAAATTTGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTaa < 2:829989/141‑1 (MQ=255) ttAGAAATTTGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTaaa > 1:609298/1‑141 (MQ=255) tAGAAATTTGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTaaaa < 4:362996/141‑1 (MQ=255) tAGAAATTTGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTaaaa < 4:184494/141‑1 (MQ=255) aGAAATTTGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAAt > 2:317137/1‑141 (MQ=255) aGAAATTTGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAAt > 1:538361/1‑141 (MQ=255) gAAATTTGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAAtt < 1:127921/141‑1 (MQ=255) gAAATTTGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAAtt > 2:10429/1‑141 (MQ=255) gAAATTTGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAAtt > 4:283926/1‑141 (MQ=255) aTTTGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTtta > 1:1045392/1‑141 (MQ=255) aTTTGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTtta > 2:115767/1‑141 (MQ=255) tttGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTttat < 1:1074593/141‑1 (MQ=255) ttGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTttatt > 1:162250/1‑141 (MQ=255) tGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTttatta < 2:696868/141‑1 (MQ=255) tGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTttatta > 2:172757/1‑141 (MQ=255) tGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTttatta > 4:257077/1‑141 (MQ=255) gTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCAAATTTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTaa > 2:907418/1‑141 (MQ=255) tataGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAAc < 1:375670/141‑1 (MQ=255) aGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGTATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAg < 2:286802/141‑1 (MQ=255) gTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAACTAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGt < 1:799932/141‑1 (MQ=255) gTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGt > 2:621054/1‑141 (MQ=255) aCATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCaa < 1:172757/141‑1 (MQ=255) atTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACct < 2:396365/141‑1 (MQ=255) ttttGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACctt < 1:1030670/141‑2 (MQ=255) ttttGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACctc > 2:1018622/1‑141 (MQ=255) ttttGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCGATTCTAAATTAAGCGCACTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATATTAACGCATTAAATTTTTATTAACTAGTTAATATTcctccctc < 4:400825/141‑1 (MQ=255) ttGATCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACCTCTg < 2:866851/141‑1 (MQ=255) atatTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACCTCTGACTTGa < 2:607920/141‑1 (MQ=255) atatTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACCTCTGACTTGa < 1:995026/141‑1 (MQ=255) tattttACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCATTTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACCTCTGACTTGAg > 2:287354/1‑141 (MQ=255) ttatACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACCTCTGACTTGAGtt > 1:286453/1‑141 (MQ=255) ttatACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACCTCTGACTTGAGtt < 4:105144/141‑1 (MQ=255) tataCAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACCTCTGACTTGAGttt > 1:976615/1‑141 (MQ=255) tataCAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCAAATTTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACCTCTGACTTGAGttt < 1:960779/141‑1 (MQ=255) ataCAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACCTCTGACTTGAGTTTa > 3:416731/1‑141 (MQ=255) aCAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACCTCTGACTTGAGTTTaaa > 4:122649/1‑141 (MQ=255) tttAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACCTCTGACTTGAGTTTAAAAAGt < 4:351131/141‑1 (MQ=255) ttAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACCTCTGACTTGAGTTTAAAAAGTa < 4:165497/141‑1 (MQ=255) aataaatGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACCTCTGACTTGAGTTTAAAAAGTAATc < 1:940474/141‑1 (MQ=255) aataaatGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACCTCTGACTTGAGTTTAAAAAGTAATc > 3:92615/1‑141 (MQ=255) ataaatGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACCTCTGACTTGAGTTTAAAAAGTAATCt > 1:490071/1‑141 (MQ=255) aatGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACCTCTGACTTGAGTTTAAAAAGTAATCTATg < 3:226512/141‑1 (MQ=255) gATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACCTCTGACTTTAGTTTAAAAAGTAATCTATGTTa > 2:477076/1‑141 (MQ=255) aTTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACCTCTGACTTGAGTTTAAAAAGTAATCTATGTTaa < 2:920297/141‑1 (MQ=255) tttATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACCTCTGACTTGAGTTTAAAAAGTAATCTCTGTTAAAt > 1:126092/1‑141 (MQ=255) tttATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACCTCTGACTTGAGTTTAAAAAGTAATCTATGTTAAAt > 1:456779/1‑141 (MQ=255) tttATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACCTCTGACTTGAGTTTAAAAAGTAATCTATGTTAAAt > 4:33134/1‑141 (MQ=255) tttATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACCTCTGACTTGAGTTTAAAAAGTAATCTATGTTAAAt < 2:213236/141‑1 (MQ=255) tttATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACCTCTGACTTGAGATTAAAAAGTAATCTATGTTAAAt < 2:451394/141‑1 (MQ=255) ttATCTGAATGGCTATTCAAATTTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACCTCTGACTTGAGTTTAAAAAGTAATCTATGTTAAAtt < 1:907418/141‑1 (MQ=255) tCTGAATGGCTATTCAAATTTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACCTCTGACTTGAGTTTAAAAAGTAATCTATGTTAAATTAAt > 1:576105/1‑141 (MQ=255) cTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACCTCTGACTTGAGTTTAAAAAGTAATCTATGTTAAATTAATa > 3:304565/1‑141 (MQ=255) tGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACCTCTGACTTGAGTTTAAAAAGTAATCTATGTTAAATTAATAc > 1:719684/1‑141 (MQ=255) gAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACCTCTGACTTGAGTTTAAAAAGTAATCTATGTTAAATTAATAcc > 4:349793/1‑141 (MQ=255) gAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACCTCTGACTTGAGTTTAAAAAGTAATCTATGTTAAATTAATAcc < 1:794212/141‑1 (MQ=255) aaTGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACCTCTGACTTGAGTTTAAAAAGTAATCTATGTTAAATTAATACCt > 1:286410/1‑141 (MQ=255) gCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACCTCTGACTTGAGTTTAAAAAGTAATCTATGTTAAATTAATACCTGGTa < 3:431910/141‑1 (MQ=255) gCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACCTCTGACTTGAGTTTAAAAAGTAATCTATGTTAAATTAATACCTGGTa < 4:151543/141‑1 (MQ=255) gCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACCTCTGACTTGAGTTTAAAAAGTAATCTATGTTAAATTAATACCTGGTa < 3:369280/141‑1 (MQ=255) tATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACCTCTGACTTGAGTTTAAAAAGTAATCTATGTTAAATTAATACCTGGTAtt > 4:444431/1‑141 (MQ=255) tATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACCTCTGACTTGAGTTTAAAAAGTAATCTATGTTAAATTAATACCTGGTAtt < 4:418810/141‑1 (MQ=255) ttCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACCTCTGACTTGAGTTTAAAAAGTAATCTATGTTAAATTAATACCTGGTATTaa > 1:377990/1‑141 (MQ=255) tCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACCTCTGACTTGAGTTTAAAAAGTAATCTATGTTAAATTAATACCTGGTATTaaa < 3:185630/141‑1 (MQ=255) tCTAAATTAAACGCATTAAAACCAACATCGTACTGAAATTTGACTATAATAATGCATTAGAATTTTATTAACTAGTCAATATTCGTATCTCTGACTTGAGATGAAAAAGTAAACTATGTTAAGTTGACCCCTGGTCTTacg < 2:381992/141‑3 (MQ=255) cTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACCTCTGACTTGAGTTTAAAAAGTAATCTATGTTAAATTAATACCTGGTATTaaaa < 1:743552/141‑1 (MQ=255) aaaTTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACCTCTGACTTGAGTTTAAAAAGTAATCTATGTTAAATTAATACCTGGTATTAAAAAt > 2:552095/1‑141 (MQ=255) aaaTTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACCTCTGACTTGAGTTTAAAAAGTAATCTATGTTAAATTAATACCTGGTATTAAAAAt < 2:723535/141‑1 (MQ=255) aTTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACCTCTGACTTGAGTTTAAAAAGTAATCTATGTTAAATTAATACCTGGTATTAAAAAttt > 3:388522/1‑141 (MQ=255) aTTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACCTCTGACATGAGTTTAAAAAGTAATCTATGTTAAATTAATACCTGGTATTAAAAAttt < 2:406460/141‑1 (MQ=255) | GTTTCATGTCATTCTACCTCCACTTTAATTATATATATTTTATTTTAAGTGAAAGTTAGAAATTTGTATAGTAACATCTCATATATTTTGACCATATTATACAGTTTAAATAAATGATTTTATCTGAATGGCTATTCTAAATTAAGCGCATTAAAACCAATTTCATACTGAAATTTGACGATAATAAAGCATTAAAATTTTATTAACTAGTCAATATTCCTACCTCTGACTTGAGTTTAAAAAGTAATCTATGTTAAATTAATACCTGGTATTAAAAATTT > USA300TCH1516_ALE/984929‑985209 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |