Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	USA300TCH1516_ALE	2176703–2181102	2181102	1–4400	9 [6]	[7] 8	ilvA/USA300TCH1516_02069	L‑threonine dehydratase biosynthetic IlvA/tRNA‑Gly

ACATATGAATGTAAATTATACATTCAAAACTAGATAGTAAGTAAAAGTGATTTTGCTTCGCAAAACATTTATTTTGATTAAGTCTTCGATCGATTAGTATTCGTCAGCTCCACATGTCACCATGCTTCCACCTCGAACCTATTAACCTCATCAT  >  USA300TCH1516_ALE/2176562‑2176715                                                                                                                                             |              aCATATGAATGTAAATTATACATTCAAAACTAGATAGTAAGTAAAAGTGATTTTGCTTCGCAAAACATTTATTTTGATTAAGTCTTCGATCGATTAGTATTCGTCAGCTCCACATGTCACCATGCTTCCACCTCGAACCTa               <  1:217793/141‑1 (MQ=32) aCATATGAATGTAAATTATACATTCAAAACTAGATAGTAAGTAAAAGTGATTTTGCTTCGCAAAACATTTATTTTGATTAAGTCTTCGATCGATTAGTATTCGTCAGCTCCACATGTCACCATGCTTCCACCTCGAACCTa               <  1:234790/141‑1 (MQ=32) aCATATGAATGTAAATTATACATTCAAAACTAGATAGTAAGTAAAAGTGATTTTGCTTCGCAAAACATTTATTTTGATTAAGTCTTCGATCGATTAGTATTCGTCAGCTCCACATGTCACCATGCTTCCACCTCGAACCTa               <  1:89870/141‑1 (MQ=32)  cATATGAATGTAAATTATACATTCAAAACTAGATAGTAAGTAAAAGTGATTTTGCTTCGCAAAACATTTATTTTGATTAAGTCTTCGATCGATTAGTATTCGTCAGCTCCACATGTCACCATGCTTCCACCTCGAACCTAt              >  2:162564/1‑141 (MQ=32)  cATATGAATGTAAATTATACATTCAAAACTAGATAGTAAGTAAAAGTGATTTTGCTTCGCAAAACATTTATTTTGATTAAGTCTTCGATCGATTAGTATTCGTCAGCTCCACATGTCACCATGCTTCCACCTCGAACCTAt              <  2:72479/141‑1 (MQ=32)           gTAAATTATACATTCAAAACTAGATAGTAAGTAAAAGTGATTTTGCTTCGCAAAACATTTATTTTGATTAAGTCTTCGATCGATTAGTATTCGTCAGCTCCACATGTCACCATGCTTCCACCTCGAACCTATTAACCtcat     <  1:174318/141‑1 (MQ=32)           gTAAATTATACATTCAAAACTAGATAGTAAGTAAAAGTGATTTTGCTTCGCAAAACATTTATTTTGATTAAGTCTTCGATCGATTAGTATTCGTCAGCTCCACATGTCACCATGCTTCCACCTCGAACCTATTAACCtcat     <  1:334664/141‑1 (MQ=32)           gTAAATTATACATTCAAAACTAGATAGTAAGTAAAAGTGATTTTGCTTCGCAAAACATTTATTTTGATTAAGTCTTCGATCGATTAGTATTCGTCAGCTCCACATGTCACCATGCTTCCACCTCGAACCTATTAACCtcat     <  1:399721/141‑1 (MQ=32)              aaTTATACATTAAAAACTAGATAGTAAGTAAAAGTGATTTTGCTTCGCAAAACATTTATTTTGATTAAGTCTTCGATCGATTAGTCTTCGTCAGCTCCACATGTCACCATGCTTCCACCTCGAACCTATTAACCTcatcat  >  1:164369/1‑141 (MQ=14)                                                                                                                                             |              ACATATGAATGTAAATTATACATTCAAAACTAGATAGTAAGTAAAAGTGATTTTGCTTCGCAAAACATTTATTTTGATTAAGTCTTCGATCGATTAGTATTCGTCAGCTCCACATGTCACCATGCTTCCACCTCGAACCTATTAACCTCATCAT  >  USA300TCH1516_ALE/2176562‑2176715

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑