| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| JC | USA300TCH1516_ALE | 62,817 | +TCAATT | 100% | intergenic (‑284/+229) | USA300TCH1516_00053 ← / ← speG | hypothetical protein/Spermidine N(1)‑acetyltransferase |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 62817 | 0 (0.000) | 29 (0.900) +TCAATT |
25/246 | NT | 100% | intergenic (‑284/+229) | USA300TCH1516_00053/speG | hypothetical protein/Spermidine N(1)‑acetyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 62818 = | 0 (0.000) | intergenic (‑285/+228) | USA300TCH1516_00053/speG | hypothetical protein/Spermidine N(1)‑acetyltransferase | |||||
AAAATAGAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGATTTTATCAAGAATTTATTCCTCTTA > USA300TCH1516_ALE/62679‑62957 | aaattattaaaacaacgcaaacaaggcttactacaaaaaatgtttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattta < 2:346923‑M2/2‑1 (MQ=255) tattaaaacaacgcaaacaaggcttactacaaaaaatgtttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattTAtttt < 1:151238‑M2/6‑1 (MQ=255) attaaaacaacgcaaacaaggcttactacaaaaaatgtttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattTAttttt < 1:128345‑M2/7‑1 (MQ=255) aacaacgcaaacaaggcttactacaaaaaatgtttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattTATTTTTGTTGa < 1:265241‑M2/12‑1 (MQ=255) acgcaaacaaggcttactacaaaaaatgtttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattTATTTCTGCTCAAAtt > 2:109049‑M2/126‑141 (MQ=255) caaacaaggcttactacaaaaaatgtttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattTATTTTTGTTGAAATTAat > 1:297254‑M2/123‑141 (MQ=255) caaggcttactacaaaaaatgtttgtgtaattctgataacgtgctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattTATTTTTGTTGAAATTAATATaa < 1:168659‑M2/23‑1 (MQ=255) cttactacaaaaaatgtttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTc < 1:1683‑M2/28‑1 (MQ=255) actacaaaaaatgtttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCAtt < 1:79322‑M2/31‑1 (MQ=255) ttacaaaaaatgtttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTc < 2:46822‑M2/32‑1 (MQ=255) ctacaaaaaatgtttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTc < 1:237573‑M2/32‑1 (MQ=255) aaaaatgtttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattTATTTTTGTTGAAATTACTATAAGCTTCATTCTgata > 2:301300‑M2/105‑141 (MQ=255) aaaatgtttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagaaaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTgatag < 1:15310‑M2/38‑1 (MQ=255) ttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCa > 1:24572‑M2/97‑141 (MQ=255) ttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCa > 1:226978‑M2/97‑141 (MQ=255) ttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaagcatgcgctcaattTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCa > 2:146747‑M2/97‑141 (MQ=255) taattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATtaat < 1:112648‑M2/50‑1 (MQ=255) tgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgtgagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGt < 1:294665‑M2/56‑1 (MQ=255) ataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGttt > 2:333680‑M2/84‑141 (MQ=255) taacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTg < 1:199822‑M2/59‑1 (MQ=255) taacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaagatgctctcaattTATTTTTGTTCAAATTAATATAACCTTCATTCTGATATATAGTCATTAATAgtttttta > 2:113557‑M2/83‑140 (MQ=255) tattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGt < 1:325989‑M2/67‑1 (MQ=255) ttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcagcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAg < 2:280676‑M2/74‑1 (MQ=255) aaatagacaaaaataaattgagagcatcccttgccgcaaagtgaaggatgctctcaattTATTTTTGTTGAAAGTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCgttg > 2:362825‑M2/60‑141 (MQ=255) attgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattTATTTTTGTTGAAGTTAATATAAGATTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCAtcatt < 1:15312‑M2/98‑1 (MQ=255) attgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCAtcatt < 1:384238‑M2/98‑1 (MQ=255) tgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCAtcattca < 2:297254‑M2/100‑1 (MQ=255) gagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCAtcattcat < 1:65487‑M2/101‑1 (MQ=255) tcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATcc > 1:268466‑M2/34‑141 (MQ=255) cttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATGAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCg < 2:226978‑M2/111‑1 (MQ=255) tgctctcaattTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGATTTTATCAAGAAttt > 1:146225‑M2/12‑141 (MQ=255) aattTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCTTTGTTAACACTCCGTCATACATAAAAACTTCCTAGTTTTTATCACGAATTTattcttt > 2:185194‑M2/5‑138 (MQ=255) tTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGATTTTATCAAGAATTTATTCCTCTTa < 1:47059‑M2/140‑1 (MQ=255) | AAAATAGAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGATTTTATCAAGAATTTATTCCTCTTA > USA300TCH1516_ALE/62679‑62957 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |