| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,482,922 | T→C | 11.8% | T6368A (ACT→GCT) | ebh_1 ← | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,482,922 | 0 | T | C | 11.8% | 81.6 / 4.1 | 34 | T6368A (ACT→GCT) | ebh_1 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (11/19); new base C (2/2); total (13/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.30e-01 | |||||||||||
CTTCGATTTGTGATGTTAAATCTTGTTTTTGTGCATTATTTAAGTGTGTTAATGTACCTAAGTTTGCTTTCGCATCTGATTTTGCTTGTCTTACATTTGCGTCACCGTTTAAAGCATTCTTAGCAGTCGTTACTTGATTTAATGCAGCTTCAACTTGTGCTTTCGTCATATTTTGACCGTGTGCTTTATCTAAAATACCTTGAGCATTCGTAACAGCATTTGTGTAAGCATCTTTCTTACCTTGGTCAGCATCTGTAAAGTTCACTT > USA300TCH1516_ALE/1482796‑1483062 | ttttgtttttTGATGTTATATCTTGTTTTTGTGCATTATTTAAGTGTGTTAATGTACCTAAGTTTGCTTTCGCATCTGATTTTGCTTGTCTTACATTTGCGTCACCGTTTAAAGCATTCTTAGCAGTCGTTACTTGATTTa < 2:337095/135‑1 (MQ=255)tttCGATTTGTGATGTTAAATCTTGTTTTTGTGCATTATTTAAGTGTGTTAATGTACCTAAGTTTGCTTTCGCATCTGATTTTGCTTGTCTTACATTTGCGTCACCGTTTAAAGCATGCTTAGCAGTCGTTACTTGATTTa < 1:344986/140‑1 (MQ=255) ttCGTTTTGTGATGTTAAATCTTGTTTTTGTGCATTATTTAAGTGTGTTAATGTACCTAAGTTTGCTTTCGCATCTGATTTTGCTTGTCTTACATTTGCGTCACCGTTTAAAGCATTCTTAGCAGTCGTTACTTGATTTaa < 2:109016/141‑1 (MQ=255) cGATTTGTGATGTTAAATCTTGTTTTTGTGCCTTCTTTAAGTGTGTTAATGTACCTAAGTTTGCTTTCGCATCTGATTTTGCTTGTCTTACATTTGCGTCACCGTTTAAAGCATTCTTAGCAGTCGTTACTTGCTTTAAtt > 2:252251/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) tGTTTTTGTGCATTATTTAAGTGTGTTAATGTACCTAAGTTTGCTTTCGCATCTGATTTTGCTTGTCTTACATTTGCGTCACCGTTTAAAGCATTCTTAGCAGCCGTTACTTGATTTAATGCAGCTTCAACTTGTGCTTTc < 1:118372/141‑1 (MQ=255) tGTTTTTGTGCATTATTTAAGTGTGTTAATGTACCTAAGTTTGCTTTCGCATCTGATTTTGCTTGTCTTACATTTGCGTCACCGTTTAAAGCATTCTTAGCAGCCGTTACTTGATTTAATGCAGCTTCAACTTGTGCTTTc < 1:324848/141‑1 (MQ=255) tttGTGCATTATTTAAGTGTGTTAATGTACCTAAGTTTGCTTTCGCATCTGATTTTGCTTGTCTTACATTTGCGTCACCGTTTAAAGCATTCTTAGCAGTCGTTACTTGATTTAATGCAGCTTCAACTTGTGCTTTCGTCa < 1:295980/141‑1 (MQ=255) tgtgCATTATTTAAGTGTGTTAATGTACCTAAGTTTGCTTTCGCATCTGATTTTGCTTGTCTTACATTTGCGTCACCGTTTAAAGCATTCTTAGCAGTCGTTACTTGATTTAATGCAGCTTCAACTTGTGCTTTCGTCata > 1:222744/1‑141 (MQ=255) gCATTATTTAAGTGTGTTAATGTACCTAAGTTTGCTTTCGCATCTGATTTTGCTTGTCTTACAGTTGCGTCACCGTTTAAAGCAGTCTTAGCAGTCGTTACTTGATTTAATGCAGCTTCAACTTGTGCGTTCGTCATAttt < 1:187488/141‑1 (MQ=255) tAAGTGTGTTAATGTACCTAAGTTTGCTTTCGCATCTGATTTTGCTTGTCTTACATTTGCGTCACCGTTTAAAGCATTCTTAGCAGTCGTTACTTGATTTAATGCAGCTTCAACTTGTGCTTTCGTCATATTTTGACCgtg < 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(MQ=255) aGCATTCTTAGCAGTCGTTACTTGATTTAATGCAGCTTCAACTTGTGCTTTCGTCATATTTTGACCGTGTGCTTTATCTAAAATACCTTGAGCATTCGTAACAGCATTTGTGTAAGCATCTTTCTTACCTTGGTCAGCATc > 1:311881/1‑141 (MQ=255) aGCATTATTAGCAGTCGTTACTTGATTTAATGGAGCTTCAACTTGTGCTTTCGTCATATTTTGACCGTGTGCTTTATCTAAAATACCTTGAGCATTCGTAACAGCATTTGTGTAAGCATCTTTCTTACCTTGGTCAGCATc < 2:77160/141‑1 (MQ=255) ccccattAGCTGTCTTTTCTTGATTTAATGCAGCTTCAACTTGTGCTTTCGTCATATTTTGACCGTGTGCTTTATCTAAAATACCTTGAGCATTCGTAACAGCATTTGTGTAAGCATCTTTCTTACCTTGGTCAGCATCTg < 2:143077/136‑1 (MQ=255) aTTCTTAGCAGTCGTTACTTGATTTAATGCAGCTTCAACTTGTGCTTTCGTCATATTTTGACCGTGTGCTTTATCTAAAATACCTTGAGCATTCGTAACAGCATTTGTGTAAGCATCTTTATTACCTTGGTCAGCATCTGt < 1:289482/141‑1 (MQ=255) ttCTTAGCAGTCGTTACTTGATTTAATGCAGCTTCAACTTGTGCTTGCGTCATATTTTGACCGTGTGCTTTATCTAAAATACCTTGAGCATTCGTAACAGCATTTGTGTAAGCATCTTTCTTACCTTGGTCAGCATCTGTa < 1:150157/141‑1 (MQ=255) tAGCAGTCGGTACTTGATTTAATGCAGCTTCAACTTGTGCTTTCGTCATATTTTGACCGTGTGCTTTATCTAAAATACCTTGAGCATTCGTAACAGCATTTGTGTAAGCATCTTTCTTACCTTGGTCAGCATCTGTAAAGt < 2:114509/141‑1 (MQ=255) cAGTCGTTACTTGATTTAATGCAGCTTCAACTTGTGCTTTCGTCATATTTTGACCGTGTGCTTTATCTAAAATACCTTGAGCATTCGTAACAGCATTTGTGTAAGCATCTTTCTTACCTTGGTCAGCATCTGTACAGTTCa > 2:304616/1‑141 (MQ=255) tCGTTACTTGATTTAATGCAGCTTCAACTTGTGCTTTCGTCATATTTTGACCGTGTGCTTTATCTAAAATACCTTGAGCATTCGTAACAGCATTTGTGTAAGCATCTTTCTTACCTTGGTCAGCATCTGTAAAGTTCACtt < 1:400924/141‑1 (MQ=255) | CTTCGATTTGTGATGTTAAATCTTGTTTTTGTGCATTATTTAAGTGTGTTAATGTACCTAAGTTTGCTTTCGCATCTGATTTTGCTTGTCTTACATTTGCGTCACCGTTTAAAGCATTCTTAGCAGTCGTTACTTGATTTAATGCAGCTTCAACTTGTGCTTTCGTCATATTTTGACCGTGTGCTTTATCTAAAATACCTTGAGCATTCGTAACAGCATTTGTGTAAGCATCTTTCTTACCTTGGTCAGCATCTGTAAAGTTCACTT > USA300TCH1516_ALE/1482796‑1483062 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |