| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,489,126 | G→T | 10.9% | Q4300K (CAA→AAA) | ebh_1 ← | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,489,126 | 0 | G | T | 10.9% | 79.1 / 2.1 | 37 | Q4300K (CAA→AAA) | ebh_1 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (11/22); new base T (2/2); total (13/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.77e-01 | |||||||||||
ACATCTTGTTTAGACGTATTTGCACCTTGCGTTTTATTCAGAATTGCTTCAGCTCTGCTTACCGCATTTGTATACGCATCACGTTTAGCTTTATCTGCATCAGTAAATTTAACACTTTGTTTAACTGTGTTTTGATCATGGATAGCTTGTTCCAAGTTACCCATTTGCGTATTCAACTCAGTTGCTGCATTTTTAGTAGCAGTTACCTCACTCACATGACCTGCACGATCAATTTGTGATGAGATGGCAGATTTTTGGTTATTTGTTAAG > USA300TCH1516_ALE/1488993‑1489262 | aCATCTTGTTTAGACGTATTTGCACCTTGCGTTTTATTCAGAATTGCTTCAGCTCTGCTTACCGCATTTGTATACGCATCACGTTTAGCTTTATCTGCATCAGTAAATTTAACACTTTGTTTAACTGTGTTTTGATCATgg > 2:139931/1‑141 (MQ=255)aCATCTTGTTTAGACGTATTTGCACCTTGCGTTTCATTCAGAATTGCTTCAGCTCTGCTTACCGCATTTGTATACGCATCACGTCTAGCTTTATATGAATCAGTCAATTTAATCCTTTCTTTAATTCTGTTTTGATCATga > 2:335999/1‑140 (MQ=255) ttGTTTAGACGTATTTGCACCTTGCGTTTTATTCAGAATTGCTTCAGCTCTGCTTACCGCATTTGTATACGCATCACGTTTAGCTTTATCTGCATCAGTAAATTTAACACTTTGTTTAACTGTGTTTTGATCATGGATAGc < 1:2128/141‑1 (MQ=255) aTTTGCACCTTGCGTTTTATTCAGAATTGCTTCAGCTCTGCTTCCCGCATTTGTATACGCAGCACGTCAAGCTCTGCGGGTATCGGGGGCTTTTCCACTCCCTTTAACTGTGTTTTGATCCTAGCTAGCTTGTTCCAACtt > 1:194077/1‑141 (MQ=255) ttGCACCTTGCGTTTTATTCAGAATTGCTTCAGCTCTGCTTACCGCATTTGTATACGCATCACGTTTAGCTTTATCTGCATCAGTAAATTTAACACTTTGTTTAACTGTGTTTTGATCATGTATAGCTTGTTCCAAGTTAc > 1:229827/1‑141 (MQ=255) ttGCGTTTTATTCAGAATTGCTTCAGCTCTGCTTACCGCATTTGTATACGCATCACGTTTAGCTTTATCTGCATCAGTAAATTTAACACTTTGTTTAACTGTGTTTTGATCATGGATAGCTTGTTCCAAGTTACCCATTTg < 1:287115/141‑1 (MQ=255) tGCGTTTTATTCAGAATTGCTTCAGCTCTGCTTACCGCATTTGTATACGCATCACGTTTAGCTTTATCTGCATCAGTAAATTTAACACTTTGTTTAACTGTGTTTTGATCATGGATAGCTTGTTCCAAGTTACCCATTTGc < 2:296588/141‑1 (MQ=255) tttATTCAGAATTGCTTCAGCTCTGCTTACCGCATTTGTATACGCATCACGTTTAGCTTTATCTGCATCAGTAAATTTAACACTTTGTTTAACTGTGTTTTGATCATGGATAGCTTGTTCCAAGTTACCCATTTGCGTAtt < 1:337355/141‑1 (MQ=255) ttattaAGAATTGCTTCAGCTCTGCTTACCGCATTTGTATACGCATCACGTTTAGCTTTATCTGCATCAGTAAATTTAACACTTTGTTTAACTGTGTTTTGATCATGGATAGCTTGTTCCAAGTTACCCATTTGCGTATTc < 1:185332/141‑1 (MQ=255) aTTCAGAATTGCTTCAGCTCTGCTTACCGCATTTGTATACGCATCACGTTTAGCTTTATCTGCATCAGTAAATTTAACACTTTGTTTAACTGTGTTTTGATCATGGATAGCTTGTTCCAAGTTACCCATTTGCGTATTCaa < 1:139931/141‑1 (MQ=255) gCTTCAGCTCTGCTTACCGCATTTGTATACGCATCACGTTTAGCTTTATCTGCATCAGTAAATTTAACACTTTGTTTAACTGTGTTTTGATCATGGATAGCTTGTTCCAAGTTACCCATTTGCGTATTCAACTCAGTtgct > 2:215675/1‑141 (MQ=255) cTTCAGCTCTGCTTACCGCATTTGTATACGCATCACGTTTAGCTTTATCTGCATCAGTAAATTTAACACTTTGTTTAACTGTGTTTTGATCATGGATAGCTTGTTCCAAGTTACCCATTTGCGTATTCAACTCAGTtgctg < 1:335157/141‑1 (MQ=255) tCAGCTCTGCTTACCGCATTTGTATACGCATCACGTTTAGCTTTATCTGCATCAGTAAATTTAACACTTTGTTTAACTGTGTTTTTATCATGGATAGCTTGTTCCAAGTTACCCATTTGCGTATTCAACTCAGTTGCTGCa > 2:282844/1‑141 (MQ=255) tCAGCTCTGCTTACCGCATTTGTATACGCATCACGTTTAGCTTTATCTGCATCAGTAAATTTAACACTTTGTTTAACTGTGTTTTTATCATGGATAGCTTGTTCCAAGTTACCCATTTGCGTATTCAACTCAGTTGCTGCa > 2:279829/1‑141 (MQ=255) ccGCATTTGTATACGCATCATGTTTAGCTTTATCTGCATCAGTAAATTTAACACTTTGTTTAACTGTGTTTTGATCATGGATAGCTTGTTCCAAGTTACCCATTTGCGTATTCAACTCAGTTGCTGCATTTTTAGTAGCAg < 2:330145/141‑1 (MQ=255) agaCGCATCACGTATAGCTTTATCTGCATCAGTAAATTTAACACTTTGTTTTACTGTGTTTTGATGATGGTTAGCTTGTTGGAAGTTACCCATTTGCGTATTCAACTCAGTTGCTGCATTTTTAGTAGCAGTTACctcact < 2:334116/139‑1 (MQ=255) tCACGTTTAGCTTTATCTGCATCAGTAAATTTAACACTTTGTTTAACTGTGTTTTGATCATGGATAGCTTGTTCAAAGTTACCCATTTGCGTATTCAACTCAGTTGCTGCAATTTTAGTAGAAGTTACCTCACTCACATGa > 1:267450/1‑141 (MQ=255) aCGTTTAGCTTTATCTGCATCAGTAAATTTAACACTTTGTTTAACTGTGTTTTGATCATGGATAGCTTGTTCCAAGTTACCCATTTGCGTATTCAACTCAGTTGCTGCATTTTTAGTAGCAGTTACCTCACTCACATGAcc > 1:65931/1‑141 (MQ=255) gTTTAGCTTTATCTGCATCAGTAAATTTAACACTTTGTTTAACTGTGTTTTGATCATGGATAGCTTGTTCCAAGTTACCCATTTGCGTATTCAACTCAGTTGCTGCATTTTTAGTAGCAGTTACCTCACTCACATGACCTg > 1:379788/1‑141 (MQ=255) tAGCTTTATCTGCATCAGTAAATTTAACACTTTGTTTAACTGTGTTTTGATCATGGATAGCTTGTTCCAAGTTACCCATTTGCGTATTCAACTCAGTTGCTGCATTTTTAGTAGCAGTTACCTCACTCACATGACCTGCAc < 1:262859/141‑1 (MQ=255) aTCTGCATCAGTAAATTTAACACTTTGTTTAACTGTGTTTTGATCATGGATAGCTTGTTTCAAGTTACCCATTTGCGTATTCAACTCAGTTGCTGCATTTTTAGTAGCAGTTACCTCACTCACATGACCTGCACGATCAAt < 2:114852/141‑1 (MQ=255) gCATCAGTAAATTTAACACTTTGTTTAACTGTGTTTTGATCATGGATAGCTTGTTCCAAGTTACCCATTTGCGTATTCAACTCAGTTGCTGCATTTTTAGTAGCAGTTACCTCACTCACATGACCTTCACGTTCAATTtgt > 2:196407/1‑141 (MQ=255) aTTTAACACTTTGTTTAACTGTGTTTTGATCATGGATAGCTTGTTCCAAGTTACCCATTTGCGTATTCAACTCAGTTGCTGCATTTTTAGTAGCAGTTACCTCACTCACATGACCTGCACGATCAATTTGTGATGAGATgg < 1:395831/141‑1 (MQ=255) ccacTTTGTTTCACTGTGCTTTGATCATGGATAGCTTGTTCCCAGTTACCCATTTGCGTATTCAACTCAGTTGCTGCATTTTTAGTAGCAGTTACCTCACTCACATGACCTGCACGATCAATTTGTGATGAGATGGCAGAt < 1:81515/140‑1 (MQ=255) tgtGTTTAACGGGGTTTTGTGCATGGATAGCTTGTTCCAAGTTGCCCATTTGCGTATTCATCTCAGTTGCTGCATTTTTAGTAGCAGTTACCTCACTCGCATGTCCTGCACGATCAATTTGTGATGAGATGGCAGAttttt < 2:321444/139‑1 (MQ=255) ttGTTTAACTGTTTTTTGATTATAGATAGCTTGTTCCAAGTTACCCATTTGCGTATTCAGCTCAGTTGCTGCATTTTTACTAGCAGTTAGCTCACTCACATGTCCTGCACGATCAATTTGTGATGAGATGGCAGATTTTTg < 2:358290/141‑1 (MQ=255) tggTTTAACTGTGTTGTGATCATGGATAGCTGGTTCCGAGTTACCCATTTGCGTATTCAACTCAGTTGCTGCATTTTTAGTAGCAGTTACCTCGCGCACATGACCTGCACGATCAAGTTGTGATGAGATGGCAGATTTTTg < 2:41104/139‑1 (MQ=255) gTTTAACTGTGTTTTGATCATGGATAGCTTGTTCCAAGTTACCCATTTGCGTATTCAACTCAGTTGCTGCATTTTTAGTAGCAGTTACCTCACTCACATGACCTGCACGATCAATTTGTGATGAGATGGCAGATTTTTGGt < 1:266784/141‑1 (MQ=255) tttAACTGTGTTTTGATCATGGATAGCTTGTTCCAAGTTACCCATTTGCGTATTCAACTCAGTTGCTGCATTTTTAGTAGCAGTTACCTCACTCACATGACCTGCACGATCAATTTGTGATGAGATGGCAGATTTTTGGtt > 2:300268/1‑141 (MQ=255) tAACTGTGTTTTGATCATGGATAGCTTGTTCCAAGTTACCCATTTGCGTATTCAACTCAGTTGCTGCATTTTTAGTAGCAGTTACCTCACTCACATGTCCTGCACGATCAATTTGTGATGAGATGGCAGATTTTTGGTTAt < 2:374573/141‑1 (MQ=255) aaCTGTGTTTTGATCATGGATAGCTTGTTCCAAGTTACCCATTTGCGTATTCAACTCAGTTGCTGCATTTTTAGTAGCAGTTACCTCACTCACATGACCTGCACGATCAATTTGTGATGAGATGCCAGATTTTTGGTTAtt > 2:322976/1‑141 (MQ=255) cTGTGTTTTGATCATGGATAGCTTGTTCCAAGTTACCCATTTGCGTATTCAACTCAGTTGCTGCATTTTTAGTAGCAGTTACCTCACTCACATGACCTGCACGATCAATTTGTGATGAGATGGCAGATTTTTGGTTATTTg < 1:30940/141‑1 (MQ=255) gtgtTTTGATCATGGATAGCTTGTTCCAAGTTACCCATTTGCGTATTCAACTCAGGTGCTGCATTTTTAGTAGCAGTTACCTCACTCACATGACCTGCACGATCAATTTGTGATGAGATGGCAGATTTTTGGTTATTTGtt < 1:402667/141‑1 (MQ=255) gtgtTTTGATCATGGATAGCTTGTTCCAAGTTACCCATTTGCGTATTAAGCTCAATTGCTGCATTTTTAGTAGCAGTCACCTCACTCACATGACCTGCACGATCAATTTGTGATGAGATGGCAGATTTTTGGTTATTTGtt < 1:15457/141‑1 (MQ=255) gtTTTTATCATGGATAGCTTGTTCCAAGTTACCCATTTGCGTATTCAACTCAGTTGCTGCATTTTTAGTAGCAGTTACGTCACTCCCATAACCTACTCGATCAATTTGTGATGAGATGGCAGATTTTTGGTTATTTGTTaa < 1:282844/141‑1 (MQ=255) gtTTTTATCATGGATAGCTTGTTCCAAGTTACCCATTTGCGTATTCAACTCAGTTGCTGCATTTTTAGTAGCAGTTACCTCACTCACATGACCTGCACGATCAATTTGTGATGAGATGGCAGATTTTTGGTTATTTGTTaa < 1:279829/141‑1 (MQ=255) ttttGATCATGGATAGCTTGTTCCAAGTTACCCATTTGCGTATTCAACTCAGTTGCTGCATTTTTAGTAGCAGTTACCTCACTCACATGACCTGCACGATCAATTTGTGATGAGATGGCAGATTTTTGGTTATTTGTTAAg < 1:232584/141‑1 (MQ=255) | ACATCTTGTTTAGACGTATTTGCACCTTGCGTTTTATTCAGAATTGCTTCAGCTCTGCTTACCGCATTTGTATACGCATCACGTTTAGCTTTATCTGCATCAGTAAATTTAACACTTTGTTTAACTGTGTTTTGATCATGGATAGCTTGTTCCAAGTTACCCATTTGCGTATTCAACTCAGTTGCTGCATTTTTAGTAGCAGTTACCTCACTCACATGACCTGCACGATCAATTTGTGATGAGATGGCAGATTTTTGGTTATTTGTTAAG > USA300TCH1516_ALE/1488993‑1489262 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |