| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC | USA300TCH1516_ALE | 62,818 | +CAATTT | intergenic (‑285/+228) | USA300TCH1516_00053 ← / ← speG | hypothetical protein/Spermidine N(1)‑acetyltransferase |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 62817 | 0 (0.000) | 55 (0.610) +TCAATT |
45/252 | 1.5 | 100% | intergenic (‑284/+229) | USA300TCH1516_00053/speG | hypothetical protein/Spermidine N(1)‑acetyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 62818 = | 0 (0.000) | intergenic (‑285/+228) | USA300TCH1516_00053/speG | hypothetical protein/Spermidine N(1)‑acetyltransferase | |||||
AATAGAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGATTTTATCAAGAATTTA > USA300TCH1516_ALE/62681‑62948 | aaTAGAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaa < 2:80486‑M1/141‑5 (MQ=255) gAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaattta > 2:420462‑M1/1‑133 (MQ=255) gAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaattta > 2:622676‑M1/1‑133 (MQ=255) attaAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttattttt < 2:335176‑M1/141‑14 (MQ=255) acaacGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaa > 2:749294‑M1/1‑122 (MQ=255) aaGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataag > 3:99451‑M1/1‑111 (MQ=255) ggCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagct < 1:258959‑M1/141‑33 (MQ=255) ggCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagct < 1:58493‑M1/141‑33 (MQ=255) ggCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtc > 2:528417‑M1/1‑109 (MQ=255) ggCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtc < 1:528417‑M1/111‑3 (MQ=255) acataccacaaaTAATGTTTGTGTAATTCTGATTACGTCCTATTAAGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCTAAGTGAAGGATGCTCtcaattaatttttcttgaaattaatataagctt < 2:314112‑M1/138‑34 (MQ=255) cTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttc > 1:200261‑M1/1‑107 (MQ=255) ttACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttca > 2:433621‑M1/1‑106 (MQ=255) ttACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttca > 2:433609‑M1/1‑106 (MQ=255) cAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctga < 1:458559‑M1/141‑42 (MQ=255) aaaTGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgataga < 1:392375‑M1/141‑46 (MQ=255) tGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatag > 2:622722‑M1/1‑93 (MQ=255) gTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagt < 3:77235‑M1/141‑50 (MQ=255) gtgtAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcatt > 1:60232‑M1/1‑88 (MQ=255) gtAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTTAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaa < 1:48299‑M1/141‑56 (MQ=255) ttCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaa < 2:199823‑M1/137‑56 (MQ=255) ttCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaa > 1:199823‑M1/1‑82 (MQ=255) cGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCttaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattcttatagatagtcattaataattgtttgcaa < 2:752311‑M1/141‑69 (MQ=255) ccTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatc > 2:388781‑M1/1‑70 (MQ=255) cTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcg > 1:14834‑M1/1‑69 (MQ=255) ttatGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgtta > 1:241080‑M1/1‑66 (MQ=255) ttAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaag < 1:696659‑M1/141‑81 (MQ=255) ttAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgagagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaag < 1:420462‑M1/141‑81 (MQ=255) aaTTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagta < 1:433621‑M1/141‑83 (MQ=255) aaTTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagta < 1:433609‑M1/141‑83 (MQ=255) aTTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtac > 2:330508‑M1/1‑58 (MQ=255) ttGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCATTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtacc > 4:119179‑M1/1‑57 (MQ=255) aaTAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgt > 2:719410‑M1/1‑52 (MQ=255) gACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgttaca < 2:669438‑M1/141‑94 (MQ=255) cAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgttacagc > 2:359711‑M1/1‑46 (MQ=255) aaaaaTAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtgaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgttacagcg > 3:286965‑M1/1‑45 (MQ=255) aaaaTAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgattgatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgttacagcgt < 4:99451‑M1/141‑98 (MQ=255) aaataaatTGAGAGCATCCTTCACTTTGCGGTAAGAGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgttacagcgtc > 2:333123‑M1/1‑43 (MQ=255) ataaatTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgttacagcgtcat > 3:21318‑M1/1‑41 (MQ=255) taaatTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgttacagcgtcatc < 2:60232‑M1/141‑102 (MQ=255) ttGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgttacagcgtcatcattc > 2:99454‑M1/1‑36 (MQ=255) ttGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgttacagcgtcatcattc > 1:152970‑M1/1‑36 (MQ=255) ttGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgttacagcgtcatcattc > 4:191658‑M1/1‑36 (MQ=255) ttGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataa < 3:30261‑M1/65‑30 (MQ=255) ttGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataa > 4:30261‑M1/1‑36 (MQ=255) gagaGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgttacagcgtcatcattcat > 3:11000‑M1/1‑34 (MQ=255) gagaGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgttacagcgtcatcattcat < 2:200261‑M1/141‑108 (MQ=255) cATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgttacagcgtcatcattcataaaat < 2:152970‑M1/141‑113 (MQ=255) cTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgttacagcgtcatcattcataaaatcctcg > 2:747507‑M1/1‑24 (MQ=255) cTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgttacagcgtcatcattcataaaatcctcg < 4:115494‑M1/141‑118 (MQ=255) ccGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgttacagcgtcatcattcataaaatcctcgtaga > 1:243131‑M1/1‑20 (MQ=255) gCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagta > 3:304959‑M1/1‑18 (MQ=255) gCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagta < 4:304959‑M1/100‑83 (MQ=255) tGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgttacagcgtcatcattcataaaatcctcgtagattttatca > 3:77463‑M1/1‑12 (MQ=255) gAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcacatcgttattaagtaccgttgttacagcgtcatcattcataaaatcctcgtagattttatcaa > 2:422759‑M1/1‑11 (MQ=255) aaGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgttacagcgtcatcattcataaaatcctcgtagattttatcaag > 1:784378‑M1/1‑10 (MQ=255) ggATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttca < 2:727653‑M1/43‑36 (MQ=255) ggATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttca > 1:727653‑M1/1‑8 (MQ=255) | AATAGAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGATTTTATCAAGAATTTA > USA300TCH1516_ALE/62681‑62948 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |