| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 512620 = | 45 (1.430) | 27 (1.240) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA |
23/180 | NT | 46.5% | intergenic (+688/‑6075) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1998278 = | NA (NA) | intergenic (‑6/+3329) | USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883 | tRNA‑Val/tRNA‑Ala | |||||
CTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCAT‑CGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATA > USA300TCH1516_ALE/1998139‑1998417 | cTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGCTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTac > 1:20700/1‑140 (MQ=25) gATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTaaaa > 1:259599/1‑141 (MQ=39) aCAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATCTAAAACTGc > 1:44482/1‑141 (MQ=255) gCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGtt > 1:250724/1‑141 (MQ=255) cAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTActct > 2:16671/1‑141 (MQ=255) aaTTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTa < 1:390204/141‑1 (MQ=255) aGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGa > 1:235701/1‑141 (MQ=255) aGCGAGGCCGGCAATATGTAAGAACAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGa < 2:318432/141‑1 (MQ=255) aaTATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGCTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTCGCGGAACGTAAGTTCGa > 1:376003/1‑141 (MQ=255) aaaTGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCGGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTACCGGCACGTAAGTTCCACTACCAT‑CGACGc > 2:101038/1‑141 (MQ=255) aaaTGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTCGCGGAACGTAATTTCTACTACCAT‑CGACGc > 2:117472/1‑141 (MQ=255) aaaTGGTCGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTATTTTACGCAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCAT‑CGACGc < 1:56467/141‑1 (MQ=14) aaTGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCAT‑CGACGCt > 1:179842/1‑141 (MQ=255) tggtggAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCAT‑CGACGCTaa > 1:192905/1‑141 (MQ=255) tggAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCAT‑CGACGCTAAGGa > 1:3665/1‑141 (MQ=255) gaATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCAT‑CGACGCTAAGGAGCtt > 1:259504/1‑141 (MQ=255) gACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCAT‑CGACGCTAAGGAGCTTAACt < 2:192905/141‑1 (MQ=255) gAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCCT‑CGCCGCTAAGCAGCTTAACTTCTGTGTTc > 1:41793/1‑141 (MQ=255) aCCTCCTACCCTCTGCTTGTAAGGAAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCAT‑CGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCgg < 2:20700/141‑1 (MQ=255) ccgccgACCCTATGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCACCGTTCTACTCTAGCGGCTCACAAACTCAACTCACAT‑CGATGCAAAGGAGATTACCTTCTGTGTTCCGc > 2:178894/1‑141 (MQ=14) ccgACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCAT‑CGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATg < 2:151477/141‑1 (MQ=255) cgACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCAT‑CGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATgg < 2:376003/141‑1 (MQ=255) gACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCAT‑CGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATggg < 1:7211/141‑1 (MQ=255) aCCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTCAAAACGCCAGTCAGCGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCAT‑CGACGCGAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGa > 1:151747/1‑141 (MQ=14) ctctGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCAT‑CGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACa < 1:125069/141‑1 (MQ=255) tGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCAT‑CGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGa > 1:177069/1‑141 (MQ=255) cgTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCCGAGTCGCCGTTTCAACGCTGCCTGGCACCGTTCTACTCTTGCGGAACGTAAGTTCGACTACCAT‑CGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGa < 1:168161/140‑1 (MQ=14) aaGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCAT‑CGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcct < 2:199432/141‑1 (MQ=255) gCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTCAGACCCCAAT‑CGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcctcct < 1:252142/141‑1 (MQ=14) ctctCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCAT‑CGACGCTAAGGAGCTTAGCTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTCGCtata > 2:338524/1‑141 (MQ=255) cAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCAT‑CGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCAcc < 1:219393/141‑1 (MQ=255) cAGCTGAGCTAATTCTCAGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCAT‑CGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACCGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCAcc > 2:152343/1‑141 (MQ=255) aGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCCACGTTCTACTCGAGCGGAACGTAAGTTCGACTAACTTGAGAGGCTGA‑AAAATTTCTAAATGTGTTGTGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCa < 1:394949/141‑1 (MQ=12) cTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCAT‑CGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGa < 1:282754/141‑1 (MQ=255) gAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCAT‑CGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACa < 2:374338/141‑1 (MQ=255) ggtAATGCGCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCAT‑CGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACata < 2:41793/139‑1 (MQ=255) gtcCGATTTAAGACGGCCTGGGAGCGTTCGACTCGGGCGGAACGTAAGTTCGACTACCAT‑CGACGCTAAGGAGCTTAACTGCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGt < 2:117067/140‑1 (MQ=11) agATTTAAAACTGCGTGGCAACGTTCTGTTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCAG‑CGAAGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGTGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAt < 2:371594/140‑1 (MQ=11) gATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCAT‑CGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAtt > 1:179333/1‑141 (MQ=38) tAACACTGCCTGGCACCGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCAT‑CGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTtata < 1:261498/141‑1 (MQ=17) tAAACCTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCTGACTGGAGGTTCGACTACCAT‑CGACGCTAAGTAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTataaatta < 2:64825/141‑8 (MQ=11) | CTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCAT‑CGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATA > USA300TCH1516_ALE/1998139‑1998417 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |