| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | = 2372 | 65 (0.950) | 5 (0.010) | 4/262 | 9.5 | 1.5% | intergenic (+152/+16) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0003/USA300HOU_pUSA300HOUMR0004 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | NC_012417 | = 1946 | 614 (1.020) | intergenic (+179/+147) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGG‑GATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACACCGCCGGCTATTGGATTTACGATTGCCCATACTCCACAGTAGTGAGCACATGCATAAAGTCCAGCCATA > CP000731/2244‑2511 | aaaTTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCTTTCTAGTCGCCAAGTTTTGG‑GATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAAt < 1:61999/140‑1 (MQ=11)aaaTTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGG‑GATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAAt < 2:61796/140‑1 (MQ=33)aaaTTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTAGACAAGTTTTGG‑GATTGTTAAGGATTTCGAGGATCAACCTCAACAAAAAAATAGGAAt > 2:103096/1‑140 (MQ=11) ttttGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGAGGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGG‑GATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAAt < 2:138000/138‑1 (MQ=18) tATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGTGATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGG‑GATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAAt < 1:149870/140‑1 (MQ=21) tATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGG‑GATTGTTAAGGGTTCCAAGGCTCAAAGTCAATAAAACAATTGAAATAAAAt > 1:47138/1‑140 (MQ=255) tGTTGAGAAGAACCCTTAAATAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGG‑GATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCt < 1:196918/140‑1 (MQ=255) tGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGG‑GATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACa < 1:201355/140‑1 (MQ=255) aagaaCCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGG‑GATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGc > 1:203011/1‑140 (MQ=255) agaaCCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGG‑GATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCa > 1:223751/1‑140 (MQ=255) aaCCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGG‑GATTGTTACGAGCTCTGATTCTTAACGTAAATATAACAATTAGACTAAAATCAACCTACAGAGCATc > 2:106056/1‑140 (MQ=14) aaCCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGG‑GATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATc > 2:131061/1‑140 (MQ=255) aCCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACGCTGCGACAAGTTTTGG‑GATTGTTCAGGGATCACACATACTACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTCAAGAGCAccc > 2:226494/1‑140 (MQ=14) aaaaCTAAACTTACAGACGAATGTCGGCAGAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGG‑GATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCt < 1:21583/138‑1 (MQ=255) tAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGG‑GATTGTTAAGGGTTCCGAGTCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACATACAGAGCATCCAGCTg > 2:14473/1‑140 (MQ=255) tAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGG‑GATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTg > 1:159135/1‑140 (MQ=255) tacaCTTGCAGACGAATGACAGCATAGCGGGAGCTATGAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGG‑GATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCaaa < 1:121213/137‑1 (MQ=18) aaaCGAATGTAGTCATAGCGTGAGCTATTAAGACTACCATTATACAAGTTTTGG‑GATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTcc < 2:136033/138‑1 (MQ=18) aCGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGGCGACCATTCGACAAGTTTTGG‑GATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTAAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGc < 2:245121/140‑1 (MQ=255) aCGAATGGCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGGCCATTCGACAAGTTTTGG‑AATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGc < 2:158127/140‑1 (MQ=255) aaTGTCGGCATAGCGTGGGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGG‑GATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCaaa > 1:146371/1‑140 (MQ=255) aaTGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGG‑GATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCaca > 1:257903/1‑138 (MQ=255) aTGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGG‑GATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAAc < 2:207312/140‑1 (MQ=255) aTGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGG‑GATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAAc < 1:72870/140‑1 (MQ=255) cGGAATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTAG‑GCTTATCAAAGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCt < 2:157853/140‑1 (MQ=21) aGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGG‑GATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCACACTGCTTCACAt > 1:88977/1‑140 (MQ=255) cGTGATCTATTAAGTTGACTATTCAACAAGTTTTGG‑GATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAAATGGATTAAATTCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGTAGTTCTGCAAACTGCTTCACATac < 2:224898/140‑1 (MQ=21) gAGCTATTAAGTCTACCATTCATCAAGTTTTGG‑GATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCATCCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACAttctcc < 2:34928/140‑6 (MQ=25) gAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGG‑GCTTGTAAAGGGTTCCGAGGCTCAACGACCATAAAACAATTCGACTAAAATAAACCTAAAGAGAATCCCGCTCCAAATGACATTACGCAAACCCCCTCACATACAcc > 2:3975/1‑140 (MQ=12) agttATTAAGCCGATCATTCGACAAGTTTTGG‑GATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACAccg < 2:21366/137‑1 (MQ=255) agatATTAAGCCGAACATTCGACAAGTTTTGG‑GATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACAccg < 1:115589/137‑1 (MQ=255) aGCTATTAAGCCGACTATTCGACAAGTTTTTG‑GATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACAccg < 2:105673/140‑1 (MQ=255) tATTAAGCCGACCATTCTACAAGTTTTGG‑GATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTGCATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACAccgccg < 1:86279/140‑1 (MQ=255) tATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGG‑GATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACAccgccg < 1:249039/140‑1 (MQ=255) ttAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGG‑GATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCTACCTCCAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAATTACGCAAACTGCTTCACATACACCGCCGGc > 1:4141/1‑140 (MQ=255) aaGCCGACCATTCGACAAGTTTTGG‑GATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATCTAGTCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACACCGCCGGCTa < 1:261458/140‑1 (MQ=255) aaGCCGACCATTCGACAAGTTTTGG‑GATTGTTAAGGGTTCCGAGGCACAAAGTAAATAATACAATTGGAACACGATCAACCTACAGAGCATACAGCTGCAAATGCAGTACCGCAAACTGCATCACATACACCCCCGGCTa > 2:173950/1‑140 (MQ=21) aGCCTACCATTTGATAAGTTTTGG‑GATTGTTAATGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACACCGCCGGCTAt < 1:187562/140‑1 (MQ=255) ccATTCGACAAGTTTTGG‑GATTGTACCAGGTTCCAAGTGTCAACGCACATGAGACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACACCGCCGGCTATTGGAtt < 1:233824/140‑1 (MQ=255) cATTGGAAAAGTTTTGG‑GATTGTAAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTGAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACACCGCCGGCTATTGGAttt < 2:41555/140‑1 (MQ=255) attgtgcAAGTTTTGG‑GATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACACCGCCGGCTATTGGATTTa < 2:259267/134‑1 (MQ=255) aTTCGACAAGTTTTGG‑GATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACACCGCCGGCTATTGGATTTa < 2:203011/140‑1 (MQ=255) atttgacaGTTTTGGTGATGGGTAATGGTTCTGATGCTATACATCAATAAAAGAATGGGATTATAATCCGCGTACGGCGCATCAAGCTGCAAATGACGTTCTTCAAACTGCTTCACATACACGGACGGCTATTCGATTTa < 2:197863/133‑1 (MQ=255) cGACAAGTTTTGG‑GATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACACCGCCGGCTATTGGATTTACGa < 1:98697/140‑1 (MQ=255) cGACAAGTTTTGG‑GATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACACCGCCGGCGATTGGATTTACGa > 1:106053/1‑140 (MQ=255) cAAGTTTTGG‑GATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACACCGCCGGCTATTGGATTTACGATTg > 1:91731/1‑140 (MQ=255) aGTTTTGG‑GATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACACCGCCGGCTATTGGATTTACTATTGcc > 1:144783/1‑140 (MQ=255) gTTTTGG‑GATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACACCGCCGGCTATTTGAATTACCATTAccc > 2:153863/1‑140 (MQ=255) ttttGG‑GATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACACCGCCGGCTATTGGATTTACGATTGCCCa < 2:184931/140‑1 (MQ=255) tGG‑GATTGTTAACGGTTCCGAGGCTCAGCGTGAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCATCTGCAAATTCAGTTCCTCAAACTGCTTCACATCCACCGCCGGCTATTGGATTTACGATTGCCCATAc < 2:102111/140‑1 (MQ=255) aTTGTTAAGGGTTCCGAGGTTCAACGTCAATAAAACAATTCGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACACCGCTGGCTCTTGGAGTTACGATTGCCCATACTCca < 2:200276/140‑1 (MQ=255) ttAAGGGTTCCGAGTCTCATCGTGAATAAAACCATAGGAATAAAATCAACGTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACACCCCCGGCCATTGGCTTTACGATTGCCCATACTCCACagt < 2:18508/140‑1 (MQ=255) ttAAGGGTTCCGAGGATAAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACACCGCCGGCTATTGGATTTACGATTGCCCATACTCCACagt < 2:42825/140‑1 (MQ=255) aGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAAGAATTGGAATAAAATGAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTTCGAAAACTGCTTCACATACACCCCCGGCTATTGGATTTCAGATTGCCAATACTCCAAagtaat > 2:12450/1‑138 (MQ=38) gggTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACTTTTGGTATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACACCGCCGGCTATTGGATTTACGATTGCCCATACTCCACAGTAGTg < 1:8345/140‑1 (MQ=255) gggTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCAGCAAACTGCTTCACATACACCGCCAGCTATTGGCTTTACGATTGCCCAGACTCCACagtagtc > 2:74372/1‑139 (MQ=255) ggTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCCCAGGCAGCTCCGTTAATGCCTTGACACACACCACCGACTATTGGATTTACAATTGCCCATACACAACagtaataa > 1:50163/1‑136 (MQ=25) ggCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACACCGCCGGCTATTGGATTTACGATTACCCATACTCCACACTACTGAGCACAtcc > 2:115514/1‑138 (MQ=255) gcgcAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACATACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACACCGCCGGCTATTGGATTTACGATTGCCCATACTGCACAGTCGTGAGCACATgaa > 1:77436/4‑138 (MQ=255) aaCGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACACCGCCGGCTATTGGATTTACGATTGCCCATACTCCACAGTAGTGAGCACATGCATaaa < 1:162031/140‑1 (MQ=255) aaCGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCGACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACACCGCCGGCTATTGGATTTACGATTGCCCATACTCCACAGTAGTGAGCACATGCATaaa < 2:128088/140‑1 (MQ=255) cGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACACCGCCGGCTATTGGATTTACGATTGCCCATACTCCACAGTAGTGAGCACATGCATAAAGt < 2:245108/140‑1 (MQ=255) gacAATAAAACAATTGGACTATAATCAACCTACAGATCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACACCGCCGGCTATTGGATTTACGATTGCCCATACTCCACAGTAGTGAGCACATGCATAAAGTc < 2:223372/138‑1 (MQ=255) aaaCAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACACCGCCGGCTATTGGATTTACGATTGCCCATACTCCACAGTAGTGAGCACATGCATAAAGTCCAGCCAt < 1:131061/140‑1 (MQ=255) aaCAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACACCGCCGGCTATTGGATTTACGATTGCCCATACTCCACAGTAGTGAGCACATGCATAAAGTCCAGCCAta > 1:45091/1‑140 (MQ=255) | AAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGG‑GATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACACCGCCGGCTATTGGATTTACGATTGCCCATACTCCACAGTAGTGAGCACATGCATAAAGTCCAGCCATA > CP000731/2244‑2511 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |