New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | NC_012417 | = 1954 | 633 (0.990) | 6 (0.010) | 5/262 | 46.4 | 1.1% | intergenic (+187/+139) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | NC_012417 | = 2064 | 518 (0.860) | intergenic (+297/+29) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 641 total aligned reads displayed.
TTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATC > NC_012417/1815‑2093 | tttATTCCTATTGGTGTTGTTGATTAAATTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGtt < 2:1185/140‑1 (MQ=255) ttatgtgtATTGGTGTGTGTGATTACTTTTTATTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTg < 2:248373/133‑1 (MQ=255) ttATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTg > 1:220831/1‑140 (MQ=255) tgtttatATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTga < 2:8346/134‑1 (MQ=255) 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tttATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTAGACAAGTTTTGGGACTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGGCAATaa > 2:59099/1‑140 (MQ=12) tttATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTAAAAAGAACCTTTAATTGAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATaa > 1:113893/1‑140 (MQ=11) tATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGACACCATAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAg < 1:71689/140‑1 (MQ=12) gagaAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTTAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTg < 1:125849/140‑1 (MQ=17) gagaAAAGTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTg < 1:26281/140‑1 (MQ=17) agaAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGTCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTgg < 2:48402/140‑1 (MQ=14) agaAAATTTATTGATGATGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGACTGTTAAGCGTACCGAGCCCCAACGTCCATAAAGCAACTgc > 2:7996/1‑139 (MQ=11) agaAAAGTTATTGATGTTGAGAAGAACCGTTAACTAAACTTGCAGAAGAACGCTCAAAAAAGAG‑AATCTATTCAGGTCAGCATTAGATAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTgg < 2:255511/140‑1 (MQ=2) ttATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCACAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATGGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGaataaat > 1:237923/1‑140 (MQ=11) ttATTGATGTTGAGAAGAACACTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑GCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGaataaat < 1:80277/140‑1 (MQ=11) tATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGAGAAGTTTTGGGATTTTTAAGGGTTACGAGAGTGAACGTCAATAAAGCAATTGGaataaata > 1:90622/1‑140 (MQ=11) aTTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAg > 1:172126/1‑140 (MQ=32) tGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTa > 2:20470/1‑140 (MQ=33) gATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTAt < 1:153597/140‑1 (MQ=34) aTGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCCACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATc > 1:111123/1‑140 (MQ=25) | TTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATC > NC_012417/1815‑2093 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |