| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 512620 = | 19 (0.840) | 12 (0.790) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAAC |
12/188 | 0.3 | 46.5% | intergenic (+688/‑6075) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2176447 = | 22 (0.980) | intergenic (+209/+5086) | ilvA/USA300TCH1516_02069 | L‑threonine dehydratase biosynthetic IlvA/tRNA‑Gly | |||||
ATTTCTCGTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAATTATACATT > USA300TCH1516_ALE/2176314‑2176585 | aTTTCTCGTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCCACCACTTTTTCCCTgg > 2:202211/1‑140 (MQ=255) tttCTCGTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGc < 2:4330/140‑1 (MQ=40) gTTACGTCAGATTCAAACGATTACACTTCGCCAAGCCATCTTTCGTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGtt < 2:145738/140‑1 (MQ=255) tcagttttcaatgtgcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaatagctttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaattcgatttaaaaacTTCCTGTCTACGTTCTAc > 2:190899‑M2/123‑140 (MQ=255) agttttcaatgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTActc < 1:119542‑M2/20‑1 (MQ=255) tcaatgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCg < 2:78024‑M2/25‑1 (MQ=255) taaaCGTTTTAACTTCGCAAAGTCATCTTTATTTGTGTTTTCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTTTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGa < 2:70099/139‑1 (MQ=14) aatgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaatacTGCCTGGCAACTTTCTACTCTATcggc > 2:72877‑M2/114‑139 (MQ=255) aCTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCg < 2:133488/140‑1 (MQ=40) cttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGAc > 1:173285‑M2/101‑140 (MQ=255) ttatcgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACt < 1:223763‑M2/41‑1 (MQ=255) gCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACGTAATAAAAGAGATCTTGCGGTCTCAATTCTGCTCATCGCATCAACTTTTTGCCTTGCAACGTTCTGCTCTATCGTACCTTAAGTTCGTCttc > 2:187975/1‑138 (MQ=14) gCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTAc < 1:29006/140‑1 (MQ=40) aaGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGTCCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCAt > 1:10080/1‑140 (MQ=255) aaGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCAt < 1:210899/140‑1 (MQ=40) aaGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCAt < 1:187044/140‑1 (MQ=40) acaaatattatttattcattttatcatcatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATc < 2:176978‑M2/47‑1 (MQ=255) ccATCTTTCTCTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGa < 1:167252/140‑1 (MQ=255) aTCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACg < 1:238821/140‑1 (MQ=40) aattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGc > 1:27863‑M2/89‑140 (MQ=255) ctttATGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGATATCAATACGGCTCATCACATCCACTTTTTGCCTAGCAACGTTCTACTCTAGCAGAACGTAAGTTCGACTACCATAGACACTaaca > 2:46271/1‑138 (MQ=11) tacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgatgaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCt > 1:140481‑M2/80‑140 (MQ=255) tttttGCTTTTATTTTGACTTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCCGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACGCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCtt < 1:88123/138‑1 (MQ=255) ttttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAAc < 1:170910‑M2/65‑1 (MQ=255) ttgtATTTTGCCGTTTTAGATATTAAAAAAGAGTCCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTCGCCTGGCAACGCTCTACTCTAGCGGAACGGAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCt < 2:43957/137‑1 (MQ=11) acatttaagtcaataactttttttatcttgttcattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTgtgt < 1:105548‑M2/73‑1 (MQ=255) aTTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTgtgt < 1:202211/140‑1 (MQ=32) gACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTACCTGGAAACGTTCTACTCTAGCGAAACGTAAGTTCGACTACCATCTACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGc > 1:209225/1‑140 (MQ=255) tttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGgt < 1:254294‑M2/90‑1 (MQ=255) ttatcttgtccattttattttttaaccaacatttgattcaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTATCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTCTGTTCGGCATCGGAACAgatgtgcc > 2:214499‑M2/46‑138 (MQ=255) tatcttgtccatgttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcc < 1:24795‑M2/96‑1 (MQ=255) agagACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcctc < 1:239284/140‑1 (MQ=33) cttgtccattctatcttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCCACCCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcctcc < 1:72877‑M2/99‑1 (MQ=255) tattttattgtttaataaaaattttattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTGCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCta < 1:195051‑M2/105‑1 (MQ=255) tGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGGGTGACCTCCTTGCtat > 1:22408/1‑140 (MQ=18) ttattgtttaaccagaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGt < 1:246677‑M2/109‑1 (MQ=255) gggcgcAATGCGGCTCATCGCATCCACGTTTTGCCTGTCAACGTTAAACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGt < 2:92421/135‑1 (MQ=11) aaTGAGGCTCAGTGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAg < 2:59737/140‑1 (MQ=12) ttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGa < 1:218255‑M2/116‑1 (MQ=255) ttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCAACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGa > 1:218724‑M2/25‑140 (MQ=255) attaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGtaat > 1:78512‑M2/11‑139 (MQ=255) ttGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAATTATACAtt < 1:33726/140‑1 (MQ=33) | ATTTCTCGTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAATTATACATT > USA300TCH1516_ALE/2176314‑2176585 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |