| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | USA300TCH1516_ALE | 1733016 = | 123 (0.740) | intergenic (+202/+35) | limB_2/USA300HOU_RS08645 | Limonene 1,2‑monooxygenase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
ATAAATAAACTAAGTGAAAGTATGTATCCATAATATTAATAAAAATATACAGTAACAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTCTCTTCGTTATTCGATCC > USA300TCH1516_ALE/1732819‑1733098 | aaaaatagcgataatgaacaagttaaaaatgtaaaagataagataaatgaatatacaggatcgaataacgaagagaaaaaagaaaatgaagataaagagaaataaatttctttaaattttggatatgcttttcaatatttt > 2:1198573‑M1/141‑141 (MQ=255) aaaatagcgataatgaacaagttaaaaatgtaaaagataagataaatgaatatacaggatcgaataacgaagagaaaaaagaaaatgaagataaagagtaataaatttctttaaattttggatatgcttttcaacattttt < 2:1584058‑M1/2‑2 (MQ=255) aaatagcgataatgaacaagttaaaaatgtaaaagataagataaatgaatatacaggatcgaataacgaagagaaaaaagaaaatgaagataaagagaaataaatttctttaaattttggatatgcttttcaatatttTGa < 1:933894‑M1/3‑1 (MQ=255) aaatagcgataatgaacaagttaaaaatgtaaaagataagataaatgaatatacaggatcgaataacgaagagaaaaaagaaaatgaagataaagagaaataaatttctttaaattttggatatgcttttcaatatttTGa > 2:540082‑M1/139‑141 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1:1629899/141‑1 (MQ=255) aTTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTctct < 3:517138/141‑1 (MQ=255) aTTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTctct < 3:326541/141‑1 (MQ=255) cTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTCTCTTCg < 2:14128/141‑1 (MQ=255) cTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTCTCTTCg < 2:38575/141‑1 (MQ=255) tGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTCTCTTCGTTAt < 4:380819/141‑1 (MQ=255) tGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTCTCTTCGTTAt < 1:134961/141‑1 (MQ=255) tGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTCTCTTCGTTAt > 4:10805/1‑141 (MQ=255) tGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTCTCTTCGTTAt < 4:578170/141‑1 (MQ=255) atGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTCTCTTCGTTATTCGATcc < 4:625896/141‑1 (MQ=255) | ATAAATAAACTAAGTGAAAGTATGTATCCATAATATTAATAAAAATATACAGTAACAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTCTCTTCGTTATTCGATCC > USA300TCH1516_ALE/1732819‑1733098 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |