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Only 100 of 203 total aligned reads displayed.
TTTTACAATTTATAACATTTTTGTAATATAAATTTAAAAGAATTATCAAACATTTTAGGAATCTTAAAAATGTGATGTTCAACAAGACGAAGAGAGCATTAAAATACCCACAATGTA‑ATTTTAATAGACATTGTGGGTAGGTAGATTAACGTATTTATTGTGATAGTAATTGTTTAGCAACATCAAGTTGTTGTTTGACCGATGATTGACCTGTTGAACCGTAACTTTGACGTCGTTTTAAACAATTTTCAGGCTGCAAATAATCGTAAATATCGGCA > USA300TCH1516_ALE/955866‑956143 | ttttACAATTTATAACATTTTTGTAATATAAATTTAAAAGAATTATCAAACATTTTAGGAATCTTAAAAATGTGATGTTCAACAAGACGAAGAGAGCATTAAAATACCCACAATGTA‑ATTTTAATAGACATTGTGggtagg < 3:174884/141‑1 (MQ=255) ttttACAATTTATAACATTTTTGTAATATAAATTTAAAAGAATTATCAAACATTTTAGGAATCTTAAAAATGTGATGTTCAACAAGACGAAGAGAGCATTAAAATACCCACAATGTA‑ATTTTAATAGACATTGTGggtagg < 1:1425951/141‑1 (MQ=255) ttttACAATTTATAACATTTTTGTAATATAAATTTAAAAGAATTATCAAACATTTTAGGAATCTTAAAAATGTGATGTTCAACAAGACGAAGAGAGCATTAAAATACCCACAATGTA‑ATTTTAATAGACATTGTGggtagg > 1:1447948/1‑141 (MQ=255) ttACAATTTATAACATTTTTGTAATATAAATTTAAAAGAATTATCAAACATTTTAGGAATCTTAAAAATGTGATGTTCAACAAGACGAAGAGAGCATTAAAATACCCACAATGTA‑ATTTTAATAGACATTGTGggtaggta > 4:333586/1‑141 (MQ=255) 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2:1522912/141‑1 (MQ=255) aGACATTGTGGGTAGGTAGATTAACGTATTTATTGTGATAGTAATTGTTTAGCAACATCAAGTTGTTGTTTGACCGATGATTGACCTGTTGAACCGTAACTTTGACGTCGTTTTAAACAATTTTCAGGCTGCAAATAATCg < 4:197762/141‑1 (MQ=255) aGACATTGTGGGTAGGTAGATTAACGTATTTATTGTGATAGTAATTGTTTAGCAACATCAAGTTGTTGTTTGACCGATGATTGACCTGTTGAACCGTAACTTTGACGTCGTTTTAAACAATTTTCAGGCTGCAAATAATCg < 4:616826/141‑1 (MQ=255) gACATTGTGGGTAGGTAGATTAACGTATTTATTGTGATAGTAATTGTTTAGCAACATCAAGTTGTTGTTTGACCGATGATTGACCTGTTGAACCGTAACTGTGACGTCGTTTTAAACAATTTTCAGGCTGCAAATAATCGt < 2:1429626/141‑1 (MQ=255) acattgtgggtaGGTAGATTAACGTATTTATTGTGATAGTAATTGTTTAGCAACATCAAGTTGTTGTTTGACCGATGATTGACCTGTTGAACCGTAACTTTGACGTCGTTTTAAACAATTTTCAGGCTGCAAATAATCGTa < 2:1579336‑M2/129‑1 (MQ=255) acattgtgggtaGGTAGATTAACGTATTTATTGTGATAGTAATTGTTTAGCAACATCAAGTTGTTGTTTGACCGATGATTGACCTCTTGAACCGTAACTTTGACGTCGTTTTAAACAATTTTCAGGCTGCAAATAATCGTa < 1:100108‑M2/129‑1 (MQ=255) 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2:1140896‑M2/5‑141 (MQ=255) taGGTAGATTAACGTATTTATTGTGATAGTAATTGTTTAGCAACATCAAGTTGTTGTTTGACCGATGATTGACCTGTTGAACCGTAACTTTGACGTCGTTTTAAACAATTTTCAGGCTGCAAATAATCGTAAATATCGGCa < 2:692360‑M2/139‑1 (MQ=255) | TTTTACAATTTATAACATTTTTGTAATATAAATTTAAAAGAATTATCAAACATTTTAGGAATCTTAAAAATGTGATGTTCAACAAGACGAAGAGAGCATTAAAATACCCACAATGTA‑ATTTTAATAGACATTGTGGGTAGGTAGATTAACGTATTTATTGTGATAGTAATTGTTTAGCAACATCAAGTTGTTGTTTGACCGATGATTGACCTGTTGAACCGTAACTTTGACGTCGTTTTAAACAATTTTCAGGCTGCAAATAATCGTAAATATCGGCA > USA300TCH1516_ALE/955866‑956143 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |