Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP000731 | 81 | N→G | 100% | intergenic (–/‑151) | – / → repA | –/replication protein A |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000731 | 81 | 0 | N | G | 100.0% | 1292.4 / ‑6.5 | 357 | intergenic (–/‑151) | –/repA | –/replication protein A |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base N (0/0); major base G (192/162); minor base T (0/2); total (193/164) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 357 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTANAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATGGAAAGA > CP000731/1‑220 | gctttatcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGaaa < 4:423593‑M1/84‑1 (MQ=255) atttatcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAAc > 1:906950‑M1/57‑141 (MQ=255) ttatcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTg > 2:1406414‑M1/55‑141 (MQ=255) aggttttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGtttatt > 4:311532‑M1/49‑141 (MQ=255) agggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGtttatt < 3:461348‑M1/93‑1 (MQ=255) gggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGtttattt < 1:1229383‑M1/94‑1 (MQ=255) gtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTttatttat > 1:37095‑M1/46‑141 (MQ=255) ttataaacctttgataatgctatatttacccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCACCTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTACAAACTGTTTATTtatat > 4:498483‑M1/44‑141 (MQ=255) ttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTtatat > 2:1059884‑M1/44‑141 (MQ=255) ttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTtatat < 1:1441545‑M1/98‑1 (MQ=255) tataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTtatata < 4:518106‑M1/99‑1 (MQ=255) tataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTtatata < 3:80838‑M1/99‑1 (MQ=255) tataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTtatata < 1:292645‑M1/99‑1 (MQ=255) aaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAAtt > 4:633792‑M1/40‑141 (MQ=255) aaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAAtt < 2:2319‑M1/102‑1 (MQ=255) aacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAAttt < 2:47988‑M1/103‑1 (MQ=255) ccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCg > 1:1103175‑M1/36‑141 (MQ=255) cttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGa > 1:1003406‑M1/35‑141 (MQ=255) ttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGAt < 4:702054‑M1/108‑1 (MQ=255) gataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATAc < 2:1630639‑M1/110‑1 (MQ=255) gataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATAc < 1:865419‑M1/110‑1 (MQ=255) aaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTg > 3:19346‑M1/29‑141 (MQ=255) aaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTg > 1:1595203‑M1/29‑141 (MQ=255) aagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGt > 3:249153‑M1/28‑141 (MQ=255) aagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGt > 1:792924‑M1/28‑141 (MQ=255) agctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGta > 1:193376‑M1/27‑141 (MQ=255) tatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGtatta > 1:999925‑M1/24‑141 (MQ=255) tatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGtatta > 1:818312‑M1/24‑141 (MQ=255) tttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATaa < 3:653000‑M1/123‑1 (MQ=255) cttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGaat > 1:610053‑M1/14‑141 (MQ=255) cttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGaat > 1:129748‑M1/14‑141 (MQ=255) cttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGaat < 1:737190‑M1/128‑1 (MQ=255) cttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGaat > 2:411188‑M1/14‑141 (MQ=255) ttttataagtatATTTAAAGTGCTATAATAAACATAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGaata > 2:1326884‑M1/13‑141 (MQ=255) ttttataagcttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTTCTGGTACTAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGaata > 4:282548‑M1/13‑141 (MQ=255) tttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATATTCGATACTTGTATTATATAATGaataa < 4:34907‑M1/130‑1 (MQ=255) ataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGaataataa < 2:1380330‑M1/133‑2 (MQ=255) gtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTa < 3:60321‑M1/137‑1 (MQ=255) gtttATTTAAAGAGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACTCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTa < 2:1474116‑M1/137‑1 (MQ=255) tttAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGACTAATATCTTCGTgaa > 3:287746/1‑139 (MQ=255) tAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAg < 2:8760/141‑1 (MQ=255) tAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAg < 1:1052238/141‑1 (MQ=255) tAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAg > 4:676978/1‑141 (MQ=255) aaaGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGc > 1:1359279/1‑141 (MQ=255) aaGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCa > 2:1285020/1‑141 (MQ=255) aGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCAc > 2:726683/1‑141 (MQ=255) aGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCAc > 1:1494754/1‑141 (MQ=255) gTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCAcc < 2:1084013/141‑1 (MQ=255) tGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCt < 1:542893/141‑1 (MQ=255) gCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTa > 2:971347/1‑141 (MQ=255) gCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTAAGTAATAAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCt < 2:751707/141‑1 (MQ=255) cTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCATGCACCTaa > 4:569801/1‑141 (MQ=255) aataaACTTAATATAACAACAACCCATACCACGCGTAATAGTCTTTGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCa < 3:134254/141‑1 (MQ=255) tAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGtttattta > 2:157174/1‑73 (MQ=255) aaTATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATtaaataaa < 3:513297/141‑1 (MQ=255) atatAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTaaataaat > 1:1388618/1‑141 (MQ=255) ataACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCAt > 2:1146773/1‑130 (MQ=255) aCAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTaaa > 2:572922/1‑141 (MQ=255) cAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAg > 1:1340655/1‑141 (MQ=255) aaaaaCCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGc < 2:70335/141‑1 (MQ=255) aaaCCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCta > 1:1069563/1‑141 (MQ=255) aaaCCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCta < 2:1275016/141‑1 (MQ=255) aaCCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCtaa > 1:1219291/1‑141 (MQ=255) aaCCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCtaa > 2:330166/1‑141 (MQ=255) ccccAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGCAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAATGTtaaat > 2:908709/1‑141 (MQ=255) ccccAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCtaaat > 2:1205571/1‑141 (MQ=255) cccAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCtaaata > 1:580616/1‑141 (MQ=255) cAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCtaaataaa < 3:120904/141‑1 (MQ=255) aaCTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATaaaa > 1:277499/1‑141 (MQ=255) tgcgggTAATAGTCGGGGGTTGGTAAT‑AAAACTTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACg < 2:1649622/137‑1 (MQ=255) tactGGTAATATTTGGGGTTTGTTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACg < 4:384548/141‑1 (MQ=255) tactGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACg < 4:60321/141‑1 (MQ=255) tGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGttt > 1:1508348/1‑141 (MQ=255) gTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACct > 2:852800/1‑141 (MQ=255) gTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACct > 3:382082/1‑141 (MQ=255) ggTTTGGTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTAc < 1:358727/141‑1 (MQ=255) gTTTGGTAAT‑AAAACTTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTAcc < 1:1154576/141‑1 (MQ=255) tGGTAAT‑AAAACGTTTATAAACTGTTGATTGAAATAAATTTCTATACTTTTATGATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCaaa < 3:676261/141‑1 (MQ=255) ggTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTg < 2:263860/49‑1 (MQ=255) ggTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAAc > 1:1078365/1‑141 (MQ=255) ggTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAAc > 2:676950/1‑141 (MQ=255) ggTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAAc < 3:586481/141‑1 (MQ=255) gTAAT‑AAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACt < 2:535562/141‑1 (MQ=255) taat‑taAACGTTTAGAAACAGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAATGCTAAATAAAAACGTATTATTACTTATTACCAAACTa > 2:1536745/1‑141 (MQ=255) taat‑aaAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTa > 1:472776/1‑141 (MQ=255) aat‑aaAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTaa < 2:815613/141‑1 (MQ=255) at‑aaAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTaaa < 2:1355934/141‑1 (MQ=255) aaaCGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAata < 1:231085/141‑1 (MQ=255) aCGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATg > 2:1101610/1‑141 (MQ=255) cGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATgg > 4:247196/1‑141 (MQ=255) cGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATgg > 3:173957/1‑141 (MQ=255) tttAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATGGaa > 1:689907/1‑141 (MQ=255) ttAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATGGaaa < 1:983639/141‑1 (MQ=255) tAGAAACTTTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATGTAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTATATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATGGAAag < 1:1630306/141‑1 (MQ=255) tAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAACTCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATGGAAag < 4:182732/141‑1 (MQ=255) tAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATGGAAag > 2:363551/1‑141 (MQ=255) tAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATGGAAag < 1:318202/141‑1 (MQ=255) tAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATGGAAag > 1:1570036/1‑141 (MQ=255) aGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTACATAAAGACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATGGAAaga > 1:15518/1‑141 (MQ=255) aGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATGGAAaga < 2:1219291/141‑1 (MQ=255) | ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAAT‑AAAACGTTTANAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATGGAAAGA > CP000731/1‑220 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |