| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 779,970 | 0 | G | A | 5.0% | 626.4 / 12.8 | 190 | intergenic (+26/+46) | csbB/saeS | Putative glycosyltransferase CsbB/Histidine protein kinase SaeS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (100/80); new base A (6/4); total (106/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
TATTGGCAGGATATATTATGAAGTTAAGGCACGTCCTAAATATATTATTCAAGCTACAAATCTTTCAAGTCTTGAAAATGATGAGAAGGATACCCATAAAGTTTATTCTAAATAAAC‑AAAAAAAGAAGCCCTCATTAATGGGAGCTTCTTTTTAGTCTTTGCATTTTATTTTATAAATAAATCGGATTATGACGTAATGTCTAATTTGTGTAATGTTACAGTCATCGTAGTTCCTACATCTATATCACTGCTTACACTGATTTTTGCGTTATTTTGTTGCG > USA300TCH1516_ALE/779830‑780110 | atTGGAAGGATATATTATGAAGTTAAGGCACGTCCTAAATATATTATTCAAGCTACAAATCTTTCAAGTCTTGAAAATGATGAGAAGGATACCCATAAAGTTTATTCTAAATAAAC‑AAAAAAAGAAGCCCTCATTAATggg < 4:549834/141‑1 (MQ=255) ttGGCAGGATATATTATGAAGTTAAGGCACGTCCTAAATATATTATTCAAGCTACAAATCTTTCAAGTCTTGAAAATGATGAGAAGGATACCCATAAAGTTTATTCTAAATAAAC‑AAAAAAAGAAGCCCTCATTAATgggt < 1:1574383/141‑2 (MQ=255) ttGGCAGGATATATTATGAAGTTAAGGCACGTCCTAAATATATTATTCAAGCTACAAATCTTTCAAGTCTTGAAAATGATGAGAAGGATACCCATAAAGTTTATTCTAAATAAAC‑AAAAAAAGAAGCCCTCATTAATGGGa > 2:349034/1‑141 (MQ=255) ttGGCAGGATATATTATGAAGTTAAGGCACGTCCTAAATATATTATTCAAGCTACAAATCTTTCAAGTCTTGAAAATGATGAGAAGGATACCCATAAAGTTTATTCTAAATAAAC‑AAAAAAAGAAGCCCTCATTAATGGGa > 1:1449813/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) gctcccATTAATGAGGGCTTCTTTTTAGTCTTTGCATTTTATTTTATAAATAAATCGGATTATGACGTAATGTCTAATTTGTGTAATGTTACAGTCATCGTAGTTCCTACATCTATATCACTGCTTACACt < 2:1349528/126‑1 (MQ=255) gctcccATTAATGAGGGCTTCTTTTTAGTCTTTGCATTTTATTTTATAAATAAATCGGATTATGACGTAATGTCTAATTTGTGTAATGTTACAGTCATCGTAGTTCCTACATCTATATCACTGCTTACACTGATTTTTGCg > 3:260296/6‑141 (MQ=255) cccTCATTAATGGGAGCTTCTTTTTAGTCTTTGCATTTTATTTTATAAATAAATCGGATTATGACGTAATGTCTAATTTGTGTAATGTTACAGTCATCGTAGTTCCTACATCTATATCACTGCTTACACTGATTTTTGCGt > 3:6717/1‑141 (MQ=255) cccTCATTAATGGGAGCTTCTTTTTAGTCTTTGCATTTTATTTTATAAATAAATCGGATTATGACGTAATGTCTAATTTGTGTAATGTTACAGTCATCGTAGTTCCTACATCTATATCACTGCTTACACTGATTTTTGCGt < 1:1515789/141‑1 (MQ=255) tcccATTAATGAGGGCTTCTTTTTAGTCTTTGCATTTTATTTTATAAATAAATCGGATTATGACGTAATGTCTAATTTGTGTAATGTTACAGTCATCGTAGTTCCTACATCTATATCACTGCTTACACTGATTTTTGCGtt > 3:332742/4‑141 (MQ=255) ttAATGGGAGCTTCTTTTTAGTCTTTGCATTTTATTTTATAAATAAATCGGATTATGACGTAATGTCTAATTTGTGTAATGTTACAGTCATCGTAGTTCCTACATCTATATCACTGCTTACACTGATTTTTGCGTTAtttt < 1:325541/141‑1 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1:39456/141‑1 (MQ=255) | TATTGGCAGGATATATTATGAAGTTAAGGCACGTCCTAAATATATTATTCAAGCTACAAATCTTTCAAGTCTTGAAAATGATGAGAAGGATACCCATAAAGTTTATTCTAAATAAAC‑AAAAAAAGAAGCCCTCATTAATGGGAGCTTCTTTTTAGTCTTTGCATTTTATTTTATAAATAAATCGGATTATGACGTAATGTCTAATTTGTGTAATGTTACAGTCATCGTAGTTCCTACATCTATATCACTGCTTACACTGATTTTTGCGTTATTTTGTTGCG > USA300TCH1516_ALE/779830‑780110 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |