| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | USA300TCH1516_ALE | 2,608,829 | 0 | C | T | 7.5% | 577.1 / 22.4 | 186 | intergenic (+110/+150) | USA300TCH1516_02485/USA300HOU_RS13450 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (77/94); new base T (11/3); total (89/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.35e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 | |||||||||||
Only 100 of 186 total aligned reads displayed.
AACAAGTTGAAAATGAAGGATTCTAATATCATTTCGTTTATATATAGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCTGCCCTCAATTGCTCACCAACGAGGGCAAGTTACATCAATCACACTTCAATTGCCGCCGACTAGGGGTAGTAATCATTG > USA300TCH1516_ALE/2608694‑2608968 | aaCAAGTTGAAAATGAAGGATTCTAATATCATTTCGTTTATATATAGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGc > 2:236031/1‑141 (MQ=255) aaaGTTGAAAATGAAGGATTCTAATATCATTTCGTTTATATATAGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACGTCCTGTATTGGATGTGGCtt < 4:284407/140‑1 (MQ=255) aGTTGAAAATGAAGGATTCTAATATCATTTCGTTTATATATAGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCtttt > 1:936893/1‑141 (MQ=255) aGTTGAAAATGAAGGATTCTAATATCATTTCGTTTATATATAGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCtttt < 3:380386/141‑1 (MQ=255) 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1:291119/1‑141 (MQ=255) aCGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGAATTGTGGGGAGATAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCTGCCCTCAATTGCTCACCCACGAGGGCAAGTTACATCAATCACACTTCAATTGCCGCCGACTAGGGGTAGTAATCATTg > 2:117990/1‑141 (MQ=255) | AACAAGTTGAAAATGAAGGATTCTAATATCATTTCGTTTATATATAGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCTGCCCTCAATTGCTCACCAACGAGGGCAAGTTACATCAATCACACTTCAATTGCCGCCGACTAGGGGTAGTAATCATTG > USA300TCH1516_ALE/2608694‑2608968 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |