Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 110,660 | 0 | T | A | 30.4% | 24.7 / 13.6 | 23 | I173I (ATT→ATA) | USA300HOU_RS00515 | putative lipoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (5/11); new base A (3/4); total (8/15) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.57e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.10e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
GGTTAAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAAAGGTTCAGGGA > USA300TCH1516_ALE/110522‑110796 | ggTTAAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATAttt > 2:282444/1‑140 (MQ=255) aaaTAGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCatat < 2:236767/140‑1 (MQ=255) tGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAGGAAGGCGACGTTAAAAATTTGAAAACTTATAAAGACGGAGATATTTCATATAAt > 1:12096/1‑140 (MQ=17) aaaTCATTCCAACAAAAGAAATTAAAAATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCg < 1:275249/140‑1 (MQ=255) aaaaGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAACCTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTa < 1:314688/140‑1 (MQ=255) aaaaGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTa < 1:88716/140‑1 (MQ=255) gAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAata < 1:282444/140‑1 (MQ=255) aTTAAAGATGAAAAAATAAAAAAATTAATCGAAAATTTTAAGTTCTTTGTTTAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCa < 1:205229/140‑1 (MQ=255) aaaGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGACATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAAtt > 1:227305/1‑140 (MQ=255) aaaaaaTAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATAAATTAACTAat > 1:1004/1‑140 (MQ=255) aaaaaaaaACAGAAAACATTAAGTTCATAGTTCAATATTGGTACTTTAAAAATTTTAAAAATTATAAAGTCGGAGATATTACATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATtat < 2:162911/140‑1 (MQ=14) cTTTAAGTTTTTTGTTCAAGATGGCGTCTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTAc < 2:38595/140‑1 (MQ=255) cgttGTTCAATAAGGCCACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAgat < 2:255846/138‑1 (MQ=255) tttAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTaa < 1:284347/140‑1 (MQ=11) tAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAg < 2:227305/140‑1 (MQ=255) taaTTATAAATATGGAGAGATATGATATAATCGAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATTTACCTACGAGTAAAGCTCCAAAGTTAt < 2:102750/139‑1 (MQ=17) ttATAAAGATGGATATATATTATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGt < 2:240040/140‑1 (MQ=255) taAAGAGTGAGAAATATCATATAAGTCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGGTAAATATAAATTAACTAATGATGATTATAGTGTAAAACAATTACTCAAAAGATATGATATCCCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTaa < 2:118739/140‑1 (MQ=18) aaaGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAATTATTGTTaaa > 2:292660/1‑140 (MQ=255) gatggAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATAACGACGAATAAAGCTCCAAATTTATTGTTAAAAga > 1:190994/4‑139 (MQ=17) aCGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACACAAAAGATATAATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGATATTGTTAAAAGGt > 2:175223/1‑140 (MQ=255) cGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAAAGGtt < 2:12096/140‑1 (MQ=255) gagaTATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACAGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTTTTAAAATGTTCa > 1:43355/1‑140 (MQ=255) tatTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTCCGACAAAGATATGATATACTGCTGAGCAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAAACGTTCAGGGa > 2:301446/1‑140 (MQ=18) | GGTTAAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAAAGGTTCAGGGA > USA300TCH1516_ALE/110522‑110796 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |