Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*USA300TCH1516_ALE2,073,1400GA42.3% 7.3 / 23.6 26D171N (GAT→AAT) USA300HOU_RS10455hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (9/6);  new base A (7/4);  total (16/10)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.39e-01
Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff.
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold.

GTCTTTCAAGGCAAAGACTTCATGGTTAGAAATTATGATTACCACCCTGCAACTTATGATGGTCGCTACTTACTTTATCAACCTACAGATAGCGGTTTAGCTCAAATTGGTCCTGTATCAAGGGTAACTGGAAGAATGGATGGTATGAATGAGTCAGGATTAACTATGGGCTATAACTTTATGCACCGGAAGAAACCAGCAAATGGTTTTGTATGTTATATGATTGGTCGTCTAATTCTTGAAAATTGCCGAAATGTAACAGAAGCAATCCAA  >  USA300TCH1516_ALE/2073002‑2073274
                                                                                                                                          |                                                                                                                                      
gTCTTTCAAGGCAAAGACTTCATGGTTAGAAATTATGATTACCACCCTGCAACTTATGATGGTCGCTACTTACTTTATCAACCTACAGATAGCGGTTTAGCTCAAATTGGTCCTGTATCAAGGGTAACTGGAAGAatgga                                                                                                                                       >  1:7303/1‑140 (MQ=255)
   tttCAAGGAAAAGACTTCATGGTTAGAAATTATGATGACCACCCTGCAACTTATGATGGTCGCTACTTACTTTATCAACCTACAGATAGCGGTTTAGCTCAAATTGGTCCTGTATCAAGGGTAACTGGAAGAatgaatgg                                                                                                                                    <  2:49795/140‑1 (MQ=255)
   gttgaaGGCAAAGACTTCATGGTTAGAAATTATGATTACCACCCTGCAACTTATGTTGGTCGCTACTTACTTTATCAACCTACAGATAGCGGTTTAGCTCAAATTGGTCCTGTATCAAGGGTAACTGGAAGAatggatgg                                                                                                                                    <  2:311177/136‑1 (MQ=255)
     tCAAGGCAAAGACTTCATGGTTAGAAATTATGATTACCACCCTGCAACTTATGATGGTCGCTACTTACTTTATCAACCTACAGATAGCGGTTTAGCTCAAATTGGTCCTGTATCAAGGGTAACTGGAAGAATGAATGGTa                                                                                                                                  >  1:140554/1‑140 (MQ=255)
        aGGCAAAGACTTCATGGTTAGAAATTATGATTACCACCCTGCAACTTATGATGGTCGCTACTTACTTTATCAACCTACAGATAGCGGTTTAGCTCAAATTGGTCCTGTATCAAGGGTAACTGGAAGAATGAATGGTatga                                                                                                                               <  2:176005/140‑1 (MQ=255)
          gCAAAGACTTCATGGTTAGAAATTATGATTACCACCCTGCAACTTATGATGGTCGCTACTTACTTTATCAACCTACAGATAGCGGTTTAGCTCAAATTGGTCCTGTATCAAGGGTAACTGGAAGAATGGATGGTatgaat                                                                                                                             >  2:126136/1‑140 (MQ=255)
             aaGACTTCATGGTTAGAAATTATGATTACCACCCTGCAACTTATGATGGTCGCTACTTACTTTATCAACCTACAGATAGCGGTTTAGCTCAAATTGATCCTGTATCAAGGGTACATTGAAGAATGAATGGTATGAATGAg                                                                                                                          >  2:267775/1‑140 (MQ=255)
               gACTGCATGGTTAGAAATTATGATTACCACCCTGCAACTTATGATGGTCGCTACTTACTTTATCAACCTACAGATAGCGGTTTAGCTCAAATTGGTCCTGTATCAAGGGTAACTGGAAGAATGGATGGTATGAATGAGTc                                                                                                                        <  1:252017/140‑1 (MQ=255)
                aCTTCATGGTTAGAAATTATGATTACCACCCTGCAACTTATGATGGTCGCTACTTACTTTATCAACCTACAGATAGCGGTTTAGCTCAAATTGGTCCTGTATCAAGGGTAACTGGAAGAATGAATGGTATGAATGAGTCa                                                                                                                       >  2:290301/1‑140 (MQ=255)
                   tCATGGTTAGAAATTATTATTACCACCCTGCAACTTATGATGGTCGCTACTTACTTTATCAACCTACAGATAGCGGTTTAGCTCAAATTGGTCCTGTATCAAGGGTAACTGGAAGAATGAATGGTATGAATGAGTCAGGa                                                                                                                    <  1:161013/140‑1 (MQ=255)
                                  aTGAGTACCACCCTACAACTTATGATGATCGCTACTTACTATATCAACCTACAGATAGCGGTTTAGCTCAAATTGGTCCTGTATCAAGGGTAACTGGAAGAATGAATGGTATGAATGAGTCAGAATTAACTATGGGCtat                                                                                                     >  2:306024/1‑140 (MQ=255)
                                      ttACCACCCTGCAACATATGATGGTAGCTACTTACTTTATCAACCTACAGATATCGGTATAACTCAAATTAGTCCTGTACCAAGGGTAACTGGAAGAATGAATGGTATGAATGAGTCAGGATTAACTATGGGCTATAACt                                                                                                 >  2:59589/1‑140 (MQ=255)
                                               tgtaaCTTATGATTGTCGCTACTTACTTTATCATCCTACAGATAGCGGTTTAGCTCATATTGGTCCTGTATCAAGGGTAACTGGAAGAATGGATGGTATGAATGAGTCAGGATTAACTATGGGCTATAACTTTATGCAcc                                                                                        <  2:191715/137‑1 (MQ=255)
                                                gCAACTTAAGATGGTCGCTACTTACTTTATCAACCTACAGATAGCGGTATAGCTCAAAATGGTCATGTATCAAGGGTAACTGGAAGAATGGATGGAATGAATGAGACAGGATTAACTATGAGCTATAACTTTATGCACCg                                                                                       >  2:171385/1‑140 (MQ=255)
                                                           tgGTCGCTACTTACTTTATCAACCTACAGATAGCGGTTTAGCTCAAATTGGTCCTGTATCAAGGGTAACTGGAAGAATGGATGGTATGAATGAGTCAGGATTAACTATGGGCTATAACTTTATGCACCGGAAGAAACCAg                                                                            >  1:167730/1‑140 (MQ=255)
                                                              tCGCTACTTACTTTATCAACCTACAGATAGCGGTTTAGCTCAAATTGGTCCTGTATCAAGGGTAACTGGAAGAATGGATGGTATGAATGAGTCAGGATTAACTATGGGCTATAACTTTATGCACCGGAAGAAACCAGCaa                                                                         >  1:149176/1‑140 (MQ=255)
                                                                           tATCAACCTACAGATAGCGGTTTAGCTCAAATTGGTCCTGTATCAAGGGTAACTGGAAGAATGGATGGTATGAATGAGTCAGGATTAACTATGGGCTATAACTTTATGCACCGGAAGAAACCAGCAAATGGTTTTGTATg                                                            >  2:181702/1‑140 (MQ=255)
                                                                             tCAACCTACAGATAGCGGTTTAGCTACAGAAGTGCCGACATCAAGGGTAACTTGAAGAATGGATGGTATGAATGAGTCAGGATTAACTATGGGCTATAACTTTATGCACCGGAAGAAACCAGCAAATGGTTTTGTATGtt                                                          <  1:206359/140‑1 (MQ=255)
                                                                              cAACCTACAGATAGCGGTTTAGCTCAAATTGGTCCTGTATCAAGGGTAACTGGAAGAATGGATGGTATGAATGAGTCAGGATTAACTATGGGCTATAACTTTATGCACCGGAAGAAACCAGCAAATGGTTTTGTATGTta                                                         <  1:133572/140‑1 (MQ=255)
                                                                                       gATAGTGGTTTAGTTCAAATTGGTCCGGTATGAAGGGTAACTGGAAGAATGGATGGTATGAATGAGTCAGGATTAACTATGGGCTATAACTTTATGCACCGGAAGAAACCAGCAAATGGTTTTGTATGTTATATGATTgg                                                <  1:143453/140‑1 (MQ=255)
                                                                                          aGCGATTTAGCTCAAATTGGTTCAAAAAGAAGAGGAACTGGAAGCATGAATGGTATGAATGAGTCAGGAGTAACTATGGGCTATAACTTTATGCATCGGAAGAAACCAGCAAATGATTTTGTATGTTATATGATTGgtcg                                             >  2:183738/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                    cTCAAATTGGTCCTGTATCAAGGGTAACTGGAAGAATGGATGGTATGAATGAGTCAGGATTAACTATGGGCTATAACTTTATGCACAGGAAGAAACCAGCAAATGGTTTTGTATGTTATATGATTGGTCGTCTAATTCtt                                   >  1:211812/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                      cAAATTGGTCCTGTATCAAGGGTAACTGGAAGAATGGATGGTATGAATGAGTCAGGATTAACTATGGGCTATAACTTTATGCACCGGAAGAAACCAGCAAATGGTTTTGTATGTTATATGATTGGTCGTCTAATTCTTGa                                 >  1:207083/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                            ggTCCTGTATCTAGGGTAACTGGAAGAATGAATGGTATGAATGAGTTGGAATTAACGATGTGCTCTCAATTTATATACCGGAAGAAACCAGTAAAGGGTTTTGTATGTTATAGGACGGGTCGTCTAATTCTTGAAAATTg                           <  1:206589/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                              tCCTGTATAAAGAGTAACTGGAAGAATGAATGGTATGAATGAGACAGGAATAACTATGGGCTATAACTTTATGCACCGGAAGAAACCAGCAAATGGTTTTGTATGTTATATGATTGGTCGTCTAATTCTTGAAAATTGcc                         >  2:306392/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                      cAAGGGTAACTGGAAGAATGGATGGTATGAATGAGTCAGGATTAACTATGGGCTATAACTTTATGCACCGGAAGAAACCAGCAAATGGTTTTGTATGTTATATGATTGGTCTTCTAATTCTTGAAAATTGCAGAAATGTa                 >  1:250219/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                       aaGGGTAAATGGAAGAATGGATGGTATGAATGAGCCCGGCTTAACTATGGGCTATAACATTATGCACAGGAAAAAACCCGCAAAAAGTCTTATATGTTATATGATTGGTCGTATAATTCTTGAAAATTGCCGATCTGTaa                >  2:132615/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                              aCTGGAAGAATGAATGGTATGAATGAGTCAGGATTAACTATGGGCTATAACTTTATGCACCGGAAGAAACCAGCAAATGGTTTTGTATGTTATATGATTGGTCGTCTAATTCTTGAAAATTGCCGAAATGTAACAGAAGc         <  2:44723/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                     gaaTGGATGGTATGAATGAGTCATGATTAACTATGGGCTATAACTTTATGCACCGGAAGAAACCAGCAAATGGTTTTGTATGTTATATGATTGGTCGTCTAATTCTTGAAAATTGCCGAAATGTAACAGAAGCAATCCaa  <  1:126136/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                          |                                                                                                                                      
GTCTTTCAAGGCAAAGACTTCATGGTTAGAAATTATGATTACCACCCTGCAACTTATGATGGTCGCTACTTACTTTATCAACCTACAGATAGCGGTTTAGCTCAAATTGGTCCTGTATCAAGGGTAACTGGAAGAATGGATGGTATGAATGAGTCAGGATTAACTATGGGCTATAACTTTATGCACCGGAAGAAACCAGCAAATGGTTTTGTATGTTATATGATTGGTCGTCTAATTCTTGAAAATTGCCGAAATGTAACAGAAGCAATCCAA  >  USA300TCH1516_ALE/2073002‑2073274

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑