| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_012417 | = 2027 | 2554 (0.970) | intergenic (+260/+66) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 3479 total aligned reads displayed.
TTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGAT > NC_012417/1849‑2115 | ttttCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTCTTTATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGa > 2:77863/1‑134 (MQ=255) tttCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGAc < 1:185783/134‑1 (MQ=255) tttCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGAc > 1:1802444/1‑134 (MQ=255) ttCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAAAct > 2:1284757/1‑133 (MQ=255) 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aaaCTTGtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgacattcgtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctaggcataaatgcgtcgtctattttttattatctttatgat > 1:224348‑M1/1‑7 (MQ=255) aaCTTGtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgacattcgtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctaggaataaatgagtagtctattttttattatcttcatgata > 1:619907‑M1/1‑6 (MQ=255) aaCTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCAACAAGTGTTGGAATTGTTAAGGGTTACGAGACTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTAttt > 1:2517214/1‑134 (MQ=17) cTTGtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgacattcgtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatgcgtcgtctattttttattatcttcatgataat < 2:2657345‑M1/134‑131 (MQ=255) cTTGtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgacattcgtctgcaagtttagttaagggttattattcataagaataaattttatcggcataaaagcgtcgtctattttttattatcttcatgataat > 1:2101937‑M1/1‑4 (MQ=255) tGtcgagtggtcggcttaatagctcacgctatgccgacattcgtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatgcgtcgtctattttttattatcttcatgataatca < 1:1691564‑M1/134‑133 (MQ=255) tGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGTCTCAACATCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGa > 1:319018/1‑134 (MQ=255) tGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGAGTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGa < 1:2746703/134‑1 (MQ=255) tGCAGACGAATGTCGGCATAGCGGGAGCTATTAAGACGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGa < 2:1111484/134‑1 (MQ=255) gCAGACGAATGTGGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTATGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGAt < 2:1406240/134‑1 (MQ=255) gCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTCACCCGTATTTAAGAt < 2:1462888/134‑1 (MQ=255) gCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGAt < 2:316101/134‑1 (MQ=255) | TTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGAT > NC_012417/1849‑2115 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |