| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ? | NC_012417 | 2073 = | 2448 (0.940) | intergenic (+306/+20) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 3101 total aligned reads displayed.
GAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTT > NC_012417/1940‑2206 | agaAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGATGAATGTCTGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGc < 1:52250/134‑1 (MQ=14) agaAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGc < 1:1290103/134‑1 (MQ=31) agaAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGATTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGc > 2:1547065/1‑134 (MQ=14) TTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCTACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGa > 1:1658122‑M1/1‑134 (MQ=255) TATTGATGTTTAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGATGAAGGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTTCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTTGaa > 1:1165753‑M1/1‑134 (MQ=255) TGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGTTATTAAGCCTACTATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGaataa > 1:2263838‑M1/1‑134 (MQ=255) TGATGTTGAGAAGAACCCTTAACCTAACTTGCAGACGAATTTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGaataa > 1:2523873‑M1/1‑134 (MQ=255) GATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTGGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGaataaa > 1:986753‑M1/1‑134 (MQ=255) tGTTGATAAGATTACTTAACTAATCTTAAAGGCGTATATCTGCATAACGTCAGTGATTAATCTGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGaataaata < 1:1350273/134‑1 (MQ=11) tGTTGAGAAGAACGCTTAACTAAACTGGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGTGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGaataaata < 2:2799667/134‑1 (MQ=9) gTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAg > 2:2581915/1‑134 (MQ=32) gTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGAGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAg > 1:1698378/1‑134 (MQ=17) gTTGAGAAGAACCCTCTCCGAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAg < 1:2215031/134‑1 (MQ=255) agaagaACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATc < 1:1542555/134‑1 (MQ=35) agaagaACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCAGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATc > 1:2488685/1‑134 (MQ=25) gaataaTCCTTATTTTAATTTTCAGACGAATGACGGCATAGCGTGAGCAATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCt < 1:610239/134‑1 (MQ=11) gaagaaCCCTTCACTAACCTTGCAGACGAATGTCGTCATAGCGTGAGCTATTAATCCGACCATTCGTCAAGTTTTGGGATTGTTAACGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCt < 2:2537115/134‑1 (MQ=11) aagaaCCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGAATCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTa > 1:659811/1‑134 (MQ=255) aagaaCCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCAGCATAGCTTGACCTGTTAAGCCGACCATTCGACAGGTTTGTGGACTCCTGTTGCTATCCAGGCTCAACGTCAATACAGCAATTAGAATAAATAGTCTCTa > 2:1162984/1‑134 (MQ=2) gaaCCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTaaa > 1:229998/1‑134 (MQ=39) gtcgtAACTAAACTTGCAGATCAATGTCGTGATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTa < 2:1879122/130‑1 (MQ=14) cccTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTa > 2:441275/1‑134 (MQ=255) 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tGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGa > 2:867449/1‑134 (MQ=255) gCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGAt > 2:1088960/1‑134 (MQ=255) gCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAAAGTCAATAAAGCAATAGGAACAAAGTTTATCTAAAGTAACCCGTATTTAACAt > 2:2635667/1‑134 (MQ=14) cAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTATAGTAACCAGTATTTAAGAtt > 1:1120076/1‑134 (MQ=255) aGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTa > 2:1825826/1‑134 (MQ=255) aGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTa > 1:1925336/1‑134 (MQ=255) 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ggCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATc < 1:1878446/134‑1 (MQ=255) gtaTAGCGTGAGCTAGTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATcc < 2:2254050/132‑1 (MQ=255) cATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCt > 1:2079046/1‑134 (MQ=255) cATAGCGTGAGCGTGTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGTGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATACAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCt < 2:2999/134‑1 (MQ=21) tAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTc > 1:277633/1‑134 (MQ=255) agtgTGAGCTATTAAGCCGATAATTCGACAATTTTTGTTATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTAAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCg < 1:1000038/131‑1 (MQ=21) 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aaCGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAAtttttt < 1:1736033/134‑1 (MQ=255) aaCGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAAtttttt < 1:150106/134‑1 (MQ=255) aaCGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAAtttttt < 2:2184871/134‑1 (MQ=255) aCGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAAttttttt < 1:2120788/134‑1 (MQ=255) aCGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTATACATCCTTCGAAACCATAATAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCTCAATTTTATCTAAttttttt > 1:1406224/1‑134 (MQ=255) gTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGc < 2:1336176/134‑1 (MQ=255) tcaataaaGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTATATACCTATTTTAGCTAATTTTTTTGCt < 2:355113‑M2/126‑1 (MQ=255) taaataaaGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGACCCCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTACCTTTCTCCCTAGTTTAGCTAATTTTTTTGCt < 2:1438038‑M2/126‑1 (MQ=255) caataaaGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCACATTTTTAGCTAATATTTTTGATa > 2:2743052‑M2/8‑134 (MQ=255) aataaaGTAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTAc < 1:2839660‑M2/128‑1 (MQ=255) gCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTGCGCCCtt < 2:2689043/134‑1 (MQ=255) gCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACAGTGTACATCCTTAGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGATACGCACta > 2:1703891/1‑133 (MQ=255) | GAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTT > NC_012417/1940‑2206 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |