| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 895785 = | 14 (0.760) | 11 (0.690) | 10/222 | 0.5 | 46.7% | coding (806/822 nt) | metQ_2 | Methionine‑binding lipoprotein MetQ |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 909740 | 13 (0.810) | intergenic (‑663/‑371) | USA300HOU_RS04500/csbD_1 | hypothetical protein/Stress response protein CsbD | |||||
TAATCCTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTT > USA300TCH1516_ALE/895657‑895911 | tAATCCTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCACGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGt > 2:119661/1‑129 (MQ=255)gggcaaaaaaagggcataattttgaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttggaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttaaacttccttgataatctggctaat < 2:154818‑M1/1‑1 (MQ=255) agggcataattttgaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcacttgaacttccttaataatctggctaaTTATTCCTGCt < 2:111484‑M1/11‑1 (MQ=255) gggcataattttgaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTa < 2:137261‑M1/12‑1 (MQ=255) cataattttgaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgatcgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAaat < 1:131945‑M1/15‑1 (MQ=255) gCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAATATTACAATCTAAAAATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGAAGTTATTCCTGCTAAATAATActat > 1:37999/1‑126 (MQ=255) agaagGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTACAGTTATTCCTGCTACATAATACCAATtaaataa > 2:85744/1‑129 (MQ=255) aagGACATCAAGATTATAAGAAAGTCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATaaaa < 2:42367/129‑1 (MQ=255) aCATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATAc < 1:215349/129‑1 (MQ=255) cAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAg < 2:190753/129‑1 (MQ=255) cAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAg < 2:54757/129‑1 (MQ=255) aattttataaatgcatatataacaatgttttgatcgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTa > 2:131945‑M1/66‑129 (MQ=255) aTTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACTTTGTTTCATTTATTTCTGTTATTTAATTCTAATTAAATAAAAATAGCCGTTAAAAACAACGATTAAGGGGTTAtttt < 1:2216/129‑1 (MQ=255) tgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACAAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTa < 1:55505‑M1/75‑1 (MQ=255) tataacaatgttttgattgcccttgatcttccttgataatctggctaaTTATTACAGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGaaa < 1:181113‑M1/81‑1 (MQ=255) aaGATATTCAAGACTTCATTAATGACAAATACAAAGAAACAGCTATTCCTAGTAAATAATACCAATTAAACAATAATACCCTCTATTAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATaaaa < 2:203083/129‑1 (MQ=255) atgtttttttttctctttaatttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTTGTATTGAAAATaaaaa > 2:151584‑M1/42‑129 (MQ=255) ttttgattgacgttcattttccttgataatctggttaaTTATTACTGCTAAATAAGACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGTTTATTTTTGTGGTATTTAAAATAAAAAAgg > 2:127773‑M1/39‑129 (MQ=255) tatTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGATAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAgg > 1:194467/1‑129 (MQ=255) ttCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGATATTCCTGATAAATAATAACAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACAATTAAGAGGTTATCTTTGTGGTATTGCAACTAAAAAAggac > 2:145607/1‑127 (MQ=255) tCAAAACATTATTAATGAAAAATACAATGTTGCAGTTATTCCTTCTAAATAAGACCAATTAAATAAAAATACTCTTTAATAACATCGATTAAGGGGTTATTTTTTTGGTATTTAAAATAAAAAAGGGca < 2:181631/129‑1 (MQ=255) gatttcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGAGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGcac > 1:47101‑M1/35‑129 (MQ=255) gACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAACTAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACaaa > 2:30493/1‑129 (MQ=255) gcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAGGGTCACaaaa < 2:132135‑M1/99‑1 (MQ=255) ttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGAACGATAgggg < 2:56142‑M1/103‑1 (MQ=255) tgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACAAATTAAATAAAAATACACTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGc < 1:101082‑M1/104‑1 (MQ=255) gAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATGAAATGCCTGTAATATATATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGtata > 1:109474/1‑129 (MQ=255) aaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGTGTTATTTTTTTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAAttt > 1:206324‑M1/3‑129 (MQ=255) aaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAAttt > 1:219758‑M1/3‑129 (MQ=255) | TAATCCTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTT > USA300TCH1516_ALE/895657‑895911 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |