| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,028,191 | C→A | A152S (GCA→TCA) | USA300HOU_RS10230 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,028,191 | 0 | C | A | 100.0% | 26.0 / NA | 11 | A152S (GCA→TCA) | USA300HOU_RS10230 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (3/8); total (3/8) | |||||||||||
GTAAGTACTTCCATAAAAAGCAGCTACATGTAAATTAATATTGTAATTAACCGGCAATATAACCTGCACTTTACCTAAAATGTGTCTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGCAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGGTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAA > USA300TCH1516_ALE/2028072‑2028306 | gTAAGTACTTCCATAAACAGCAGCTACATGTAAATTAATATTGTAATTAACCGGCAATATAACCTGCACTTTACCTAAAATGTGTTTAATAACTATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGAAGCTTTTGt < 1:57727/129‑1 (MQ=255) tAAGTACTTCCATAAAAAGCAGCTACATGTAAATTAATATTGTAATTAACCGGCAATATAACCTGCACTTTACCTAAAATGTGTCTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGAAGCTTTTGtt < 2:145706/129‑1 (MQ=255) aatgcaccTACATGTAAATTAATATTGTAATTAACCGGCAATATAACCTGTATTTTACCTAAAATGTGTCTGACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGACGCTTTTTTTAACTCAATATGTAgg < 2:123590/126‑1 (MQ=255) gcTACATGTAAATTAATATTGTAATTAACCGGCAATATAACCTGCACTTTACCTAAAATGTGTCTAACAATAATGTTATTATTTTCCTTTATATTTTAAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCa < 1:59233/129‑1 (MQ=255) cATTTAAATTAATATTTTAATTAACCGGCAATATAACCTGCACTTTACCTAAAATGTGTCTAACAAAAATCTTATTATTTTCCTTAATATTTGAAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTc < 2:177818/129‑1 (MQ=255) aTGTAAATTAATATTGTAATTAACCGGCAATATAACCTGCACTTTACCTAAATTGTGTTTCACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGAAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTcc < 1:172231/129‑1 (MQ=255) aTGTAAATTAATATTGTAATTAACCGGCAATATAACCTGCACTTTACCTAAAATGTGTCTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGAAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTcc > 1:146787/1‑129 (MQ=255) aaTTAACCGGCAATATAACCTGCACTTTACCTAAAATGTGTCTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGAAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACAt < 1:117832/129‑1 (MQ=255) cTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGAAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGGTGTACGTTGCTCACCa < 1:155910/129‑1 (MQ=255) aacaaTGGTATTATTTTCCTTAATATTTGAAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGGTGTACGTTGCTCACCAAACCa > 1:97967/1‑129 (MQ=255) tCCTTAATATTTGAAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCAATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGGTGTACGTTGCTAACCAAACCACTTTTGTTTAATataa > 2:34978/1‑129 (MQ=255) | GTAAGTACTTCCATAAAAAGCAGCTACATGTAAATTAATATTGTAATTAACCGGCAATATAACCTGCACTTTACCTAAAATGTGTCTAACAACAATGGTATTATTTTCCTTAATATTTGCAGCTTTTGTTAAGTCAATATGTAGGTCGCCAATTCCATGTTGAATTTGTACATCTTCCCACTTATATACATAAACTGGTGTACGTTGCTCACCAAACCACTTTTGTTTAATAAAA > USA300TCH1516_ALE/2028072‑2028306 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |