Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 94,164 | G→A | 8.7% | Q5Q (CAG→CAA) | gloC_2 → | Hydroxyacylglutathione hydrolase GloC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 94,164 | 0 | G | A | 8.7% | 133.7 / 2.4 | 43 | Q5Q (CAG→CAA) | gloC_2 | Hydroxyacylglutathione hydrolase GloC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/21); new base A (2/2); total (20/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AGAAAGAAGAACTTAGAGATGAAGTTGAGTACGGTGGTGTAGGCACTTATATTGGTGCTACTGAAAATGCGAATCATAATTTATTTATCTAATTAAATCTATTAATAAAAGGAGTTGTTATCATGTTTTTTAAACAGTTTTACGATAATCATTTATCTCAAGCATCATATTTAGTGGGTTGTCAACGTACAGGAGAGGCAATAATAATAGACCCTGTTCGTGATTTATCGAAATATATAGAAGTTGCAGATTCTGAAGGTTTAACAATTACACAA > USA300TCH1516_ALE/94028‑94302 | agaaagaaGAACTTAGAGATGAAGTTGAGTACGGTGGTGTAGGCACTTATATTGGTGCTACTGAAAATGCGAATCATAATTTATTTATCTAATTAAATCTATTAATAAAAGGAGTTGTTATCATGTTTTTTAAACAGtttt > 2:219296/1‑141 (MQ=255) gaaagaaGAACTTAGAGATGAAGTTGAGTACGGTGGTGTAGGCACTTATATTGGTGCTACTGAAAATGCGAATCATAATTTATTTATCTAATTAAATCTATTAATAAAAGGAGTTGTTATCATGTTTTTTAAACAGTTTTa > 2:177462/1‑141 (MQ=255) aaagaaGAACTTAGAGATGAAGTTGAGTACGGTGGTGTAGGCACTTATATTGGTGCTACTGAAAATGCGAATCATAATTTATTTATCTAATTAAATCTATTAATAAAAGGAGTTGTTATCATGTTTTTTAAACAGTTTTAc < 1:356060/141‑1 (MQ=255) aagaaCTTAGAGATGAAGTTGAGTACGGTGGTGTAGGCACTTATATTGGTGCTACTGAAAATGCGAATCATAATTTATTTATCTAATTAAATCTATTAATAAAAGGAGTTGTTATCATGTTTTTTAAACAGTTTTACGATa > 1:48148/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) tCTAATTAAATCTATTAATAAAAGGAGTTGTTATCATGTTTTTTAAACAGTTTTACGATAATCATTTATCTCAAGCATCATATTTAGTGGGTTGTCAACGTACAGGAGAGGCAATAATAATAGACCCTGTTCGTGATTTAt < 1:302466/141‑1 (MQ=255) taaAAGGAGTTGTTATCATGTTTTTTAAACAGTTTTACGATAATCATTTATCTCAAGCATCATATTTAGTGGGTTGTCAACGTACAGGAGAGGCAATAATAATAGACCCTGTTCGTGATTTATCGAAATATATAGAAGTTg > 2:209637/1‑141 (MQ=255) taaAAGGAGTTGTTATCATGTTTTTTAAACAGTTTTACGATAATCATTTATCTCAAGCATCATATTTAGTGGGTTGTCAACGTACAGGAGAGGCAATAATAATAGACCCTGTTCGTGATTTATCGAAATATATAGAAGTTg > 1:115259/1‑141 (MQ=255) aaaGGAGTTGTTATCATGTTTTTTAAACAGTTTTAAGATAATCATTTATCTCAAGCCTCATCTTTAGTGGGTTGTAAAAGCCCAGGAGAGGCAATAATAATAGACCCTGTTCGTGATTTATCGAAATATATAGAAGTTGCa < 1:345075/141‑1 (MQ=255) aaaGGAGTTGTTATCATGTTTTTTAAACAATTTTACGATAATCATTTATCTCAAGCATCATATTTAGTGGGTTGTCAACGTACAGGAGAGGACATAATACTAGCACCTGTTCGTGATTTATCGAAATATATAGAAGTTGCa < 1:183744/141‑1 (MQ=255) aaaGGAGTTGTTATCATGTTTTTTAAACAATTTTACGATAATCATTTATCTCAAGCATCATATTAAGTGGGTTGTCACCCTCCAGGAGCGGCAATAATCATCGACCCTGTTCGTGCTTTATCGAAATATATAGAAGTTGCa < 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AGAAAGAAGAACTTAGAGATGAAGTTGAGTACGGTGGTGTAGGCACTTATATTGGTGCTACTGAAAATGCGAATCATAATTTATTTATCTAATTAAATCTATTAATAAAAGGAGTTGTTATCATGTTTTTTAAACAGTTTTACGATAATCATTTATCTCAAGCATCATATTTAGTGGGTTGTCAACGTACAGGAGAGGCAATAATAATAGACCCTGTTCGTGATTTATCGAAATATATAGAAGTTGCAGATTCTGAAGGTTTAACAATTACACAA > USA300TCH1516_ALE/94028‑94302 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |