| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000731 | 25,669 | (A)7→6 | coding (322/333 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000731 | 25,663 | 0 | A | . | 96.7% | 267.8 / ‑0.2 | 61 | coding (316/333 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/2); new base . (28/31); total (28/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TATGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACT‑ATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATAAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACAAT > CP000731/25527‑25799 | tatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACT‑ATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaaa < 1:35487/141‑1 (MQ=255)tatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACT‑ATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaaa < 1:155821/141‑1 (MQ=255) atGTTAGTTACACTAGTGACTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTTATTATAATTGTAGAACT‑ATTTCTTATGATGTTTAATTATTATACTACACATaaaaaa < 2:191329/141‑1 (MQ=255) acTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACT‑ATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTaa > 1:26288/1‑141 (MQ=255) aGTGCGTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTAGTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCAAT‑ATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAgg < 2:141991/141‑1 (MQ=255) gTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACT‑ATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGt < 1:137600/141‑1 (MQ=255) gTGCTTAAAGTTAAAGGTTTGTTACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTAAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACT‑ATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGt < 2:274468/141‑1 (MQ=255) ttAAATTTACAGGTTTTTCAACAAGTATTGAAGAATCTTCGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACT‑ATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTaaa < 1:222639/141‑1 (MQ=255) aaaTTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACT‑ATTTCTTATGTTTTTTAATTACTGTACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAAtt > 1:65673/1‑141 (MQ=255) aaTTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGCAGTATACTGATTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACT‑ATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTa > 2:130982/1‑141 (MQ=255) aaTTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACT‑ATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTa > 2:14356/1‑141 (MQ=255) tttACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACT‑ATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAAt > 1:88875/1‑141 (MQ=255) tttACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATCGT‑TCTCTGGTGACAAAAGCTGTTTGCAACTTTTACTTCATAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAAt < 1:135926/141‑1 (MQ=255) aCAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACT‑ATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaa > 2:16236/1‑141 (MQ=255) cAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACT‑ATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaaa < 1:242350/141‑1 (MQ=255) gTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACT‑ATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAAt < 1:105189/141‑1 (MQ=255) tCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACT‑ATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAAt > 2:224583/1‑141 (MQ=255) tCACAAAATATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATACAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACT‑ATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTAAAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAAt < 2:93793/141‑1 (MQ=255) cAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACT‑ATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTagg > 1:36678/1‑140 (MQ=255) tGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACT‑ATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAATAATAGAATTAGAGAAtata > 1:159667/1‑141 (MQ=255) aaGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACT‑ATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGa < 2:146157/141‑1 (MQ=255) gATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACT‑ATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAACAATAGAATTGGAGAATATAGaaaa > 1:78041/1‑141 (MQ=255) tCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACT‑ATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACa < 1:16236/141‑1 (MQ=255) ttGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACT‑ATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaa < 2:209578/141‑1 (MQ=255) ttGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACT‑ATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaa > 2:274800/1‑141 (MQ=255) ttGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACT‑ATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaa > 1:77776/1‑141 (MQ=255) tGGTGTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACT‑ATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaaa < 1:37171/141‑1 (MQ=255) ttCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACT‑ATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGaa > 2:88670/1‑141 (MQ=255) tctcAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACT‑ATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAAt > 1:29904/1‑141 (MQ=255) tcAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACT‑ATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAAttt > 1:159175/1‑141 (MQ=255) tcAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACT‑ATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAAttt < 1:232886/141‑1 (MQ=255) cAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACT‑ATTTCTTATTCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTATAGAATATAGAAAACAAAAAGAAATTtc > 2:223187/1‑141 (MQ=255) tatCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTATCAAT‑ATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTAAAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTTGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCa < 2:194737/141‑1 (MQ=255) tatCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACT‑ATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTACAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCa < 1:130982/141‑1 (MQ=255) tatCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACT‑ATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGCGCATATAGAAAACATAAAGGAATTTCTCa < 1:124457/141‑1 (MQ=255) tatCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACT‑ATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCa < 1:14356/141‑1 (MQ=255) tatCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACT‑ATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCa > 1:199860/1‑141 (MQ=255) tatCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACT‑ATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCa > 2:52016/1‑141 (MQ=255) aaaaTTTTCTTTATAATTGTAGCACT‑ATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAAc < 2:233149/140‑1 (MQ=255) aatttaatttATAATAGTAGCAAA‑AATTATTATTATGTTTAATTAATAAAATA‑AAAAAAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACtt < 2:137086/141‑1 (MQ=255) cTTTATAATTGTAGCACT‑ATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGTATATGGAACAGAAAAAGGAATTTTTCAAGAAACTACAAGTa > 1:93051/1‑141 (MQ=255) cTTTATAATTGTAGCACT‑ATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTa > 2:232022/1‑141 (MQ=255) tttATAATTGTAGCACT‑ATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATAGACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTaa < 1:76221/141‑1 (MQ=255) aTTGTAGCACA‑ATTTCTTATGCTGGTTAATAACTATACTAAAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAAGAAATTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAAtt < 1:272244/141‑1 (MQ=255) aTTGTAACACT‑ATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTAAAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAAtt < 2:123862/141‑1 (MQ=255) ttGTAGCACT‑ATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTa < 1:251482/141‑1 (MQ=255) ttGGAGCACT‑ATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTa < 1:99074/141‑1 (MQ=255) tAGCACT‑ATTACTTATGCTGTTTAATTACTATAATACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTaaaa < 2:193528/141‑1 (MQ=255) tttATTATGCTGTTTAATTAATATAATA‑AAAAAAAAAAAAATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAg < 2:136577/141‑1 (MQ=255) ttCATATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAgg < 2:65673/141‑1 (MQ=255) gCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTACATGTTCAAATTATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTa < 1:238269/141‑1 (MQ=255) ttAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAAt > 2:204745/1‑141 (MQ=255) tAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCACACTATTACTg > 1:59116/1‑141 (MQ=255) aaTTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGc < 1:112267/141‑1 (MQ=255) aaTTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGc < 1:88670/141‑1 (MQ=255) aaTTACTACAATACAAAT‑AAAAAATATACAACTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGc < 1:82906/141‑1 (MQ=255) aTTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCa > 1:4019/1‑141 (MQ=255) ttACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCaa > 1:145049/1‑141 (MQ=255) ttACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCaa > 1:145184/1‑141 (MQ=255) tactatactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAAAACCATTAATTGAGAAAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAAt < 1:283824/141‑1 (MQ=255) aataaaatacAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAAAAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATa < 2:62083/134‑1 (MQ=255) tatactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATaaa > 2:57904/1‑139 (MQ=255) ctacAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGaaaaa > 1:215770/1‑140 (MQ=255) cAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACaat > 1:37599/1‑141 (MQ=255) | TATGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACT‑ATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATAAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACAAT > CP000731/25527‑25799 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |