| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | 4294 = | 60 (0.860) | 5 (0.010) | 5/264 | 8.3 | 1.4% | intergenic (+259/‑206) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0006/cadR | hypothetical protein/cadmium binding protein |
| ? | NC_012417 | 2073 = | 651 (0.920) | intergenic (+306/+20) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTGAAGATTTTTCGTAGATATAATTTGCTAATAAACTTCCTAAAACTGAATAAAGAAAAATAGTTAAACTCATGTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATT > CP000731/4155‑4425 | ttGAAGATTTTTCGTAGATATAATTTGCTAATAAACTTCCTAAAACTGAATAAAGAAAAATAGTTAAACTCATGTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAAtt > 1:4763/1‑141 (MQ=255) tCGTAGATATAATTTGCTAATAAACTTCCTAAAACTGAATAAAGAAAAATAGTTAAACTCATGTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTg < 1:267333/141‑1 (MQ=255) tCGTAGATATAATTTGCTAATAAACTTCCTAAAACTGAACACAGAGAAACAGTGAAACTCATGTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTg < 1:195410/141‑1 (MQ=255) ctgaGATATAATGTGCTAATAAACGTCCTAAAACTGAATAAAGAAAAATAGTTAAACTCATGTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACGCGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTga < 2:169485/138‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cTAATAAACTTCCTAAAACTGAATAAAGAAAAATAGTTAAACTCATGTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACt > 1:10381/1‑141 (MQ=255) taaACTTCCTAAAACTGAATAAAGAAAAATAGTTAAACTTCGGCATCTACACCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAAc < 2:60325/141‑1 (MQ=37) aaaCTTCCTAAAACTGAATAAAGAAAAATAGTTAAACTCATGTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACt > 1:247216/1‑141 (MQ=255) aaaCTTCCTAAAACTGAATAAAGAAAAATAGTTAAACTCATGTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACt > 1:50120/1‑141 (MQ=255) aaaCTTCCTAAAACTGAATAAAGAAAAATAGTTAAACTCATGTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACACATTTATGGCGCAAAAATTTATTGATACTGACAATAACCCTTACCTCAAca > 2:194833/1‑140 (MQ=255) aaCTTCCTAAAACTGAATAAAGAAAAATAGTTAAACTCATGTAATCACTCCATAATTCTGCACAAGCTCGATGTTTCAGCATCCATGCTTACGGTGGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACtt > 1:54864/1‑141 (MQ=16) ccTAAAACTGAATAAAGAAAAATAGTTAAACTCATGTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGa < 1:153336/141‑1 (MQ=255) tAAAACTGAATAAAGAAAAATAGGTAAACTCATGTGATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACg < 2:41116/141‑1 (MQ=255) aaTAAAGAAAAATAGTTAAACTCATGTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTggg > 1:14391/1‑141 (MQ=255) aaTAAAGAAAAATAGTTAAACTCATGTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCgg > 1:218478/1‑141 (MQ=255) aaTAAAGAAAAATAGTTAAACTCATGTAATCACTCCATAATTCTGAAGAGACTCCATGTATACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCgg > 1:205103/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aaTAGTTAAACTCATGTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGa < 2:103962/141‑1 (MQ=255) aTAGTTAAACTCATGTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGAATAGCGTGAg > 2:286257/1‑141 (MQ=255) aGTTAAACTCATGTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTACATGTCTACGCATAAACACGCATTTATGCTGAAAAAATTTATTGATGTTAATAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTCAGCt > 2:76680/1‑141 (MQ=25) aCTCATGTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAg < 2:36182/141‑1 (MQ=255) tGTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGCTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGAc > 1:255393/1‑141 (MQ=255) cATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAg < 1:19294/141‑1 (MQ=255) cATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTCGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAATCCGGCCATTCGACAAg > 2:159562/1‑141 (MQ=255) aTAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGt < 1:35735/141‑1 (MQ=255) aaTTCTGCAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGttt < 1:172070/141‑1 (MQ=255) aaTTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGttt < 1:102203/141‑1 (MQ=255) aaTTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGttt > 1:89061/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) ccAGGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATGTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCGGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAggg < 2:124194/141‑1 (MQ=255) tCTACGCATAGACACGCATTTAGGCTGAAAAAATTTATTGATGTGGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCTTAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCg < 1:145440/141‑1 (MQ=255) cTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACATGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGGTTTGGTATTGTTAAGCGTTCCGa > 2:55106/1‑141 (MQ=255) aagCATAGACACGCATTTATGCCGAAAACATCTATTGATGTTGAAAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAgg > 1:279668/3‑141 (MQ=255) gCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCGGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATCGTTAAGGGTTCCGAGGCt > 2:254048/1‑141 (MQ=255) aTAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTACGGGTTCCGAGGCTCa > 2:133328/1‑141 (MQ=37) aGACACGGAGTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCTTAGGAACATCTATTAAGCCGACCAGTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAAc < 2:174960/141‑1 (MQ=11) aGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAAc < 1:258075/141‑1 (MQ=35) gACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACg < 1:285073/141‑1 (MQ=35) aacacGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGACGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACg < 1:185242/140‑1 (MQ=18) acacGCATTTATGCCGAAAAAATTTATGGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGt < 1:184431/141‑1 (MQ=21) acGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCa > 1:286336/1‑141 (MQ=32) gCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAAt < 2:53432/141‑1 (MQ=31) ttATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAg > 2:68083/1‑141 (MQ=11) ttATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAg > 2:45241/1‑141 (MQ=11) ccGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTCTTGGGATTGTTAAGGGTTCCCAGGCTCAACGTCAAAACAGCAAtt > 2:98995/1‑141 (MQ=255) | TTGAAGATTTTTCGTAGATATAATTTGCTAATAAACTTCCTAAAACTGAATAAAGAAAAATAGTTAAACTCATGTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATT > CP000731/4155‑4425 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |