New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 221933 = | 35 (1.410) | 3 (0.130) | 3/266 | 3.0 | 9.2% | coding (1341/2046 nt) | ptsG_1 | PTS system glucose‑specific EIICBA component |
? | USA300TCH1516_ALE | 222024 = | 26 (1.100) | coding (1250/2046 nt) | ptsG_1 | PTS system glucose‑specific EIICBA component | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
ATTTGTCGTTAACTTCAACACGTAGACGTGTGATACAAGCGTCTAAATGTTTAATGTTTGCTTTGCCACCCATAGCTTCTAATACTGCATATGGTAATTCAGTTGCTGAAGCAGTAGCCGCTTGTGATTGTTTATCTTCACGACCTGGTGTTTTGTATTTTAATTTTACAATTAAGAATCGGAATACGAAGTAGTAAATAACTGCGTATACAAGACCTACAGGAATGACTAACCACCATTGTGTCTTATTAGGTAGTA > USA300TCH1516_ALE/221899‑222156 | aTTTGGCGTTAACTTCCACACGTAGACGTGTGATACAAGTGTCTAAATGTTTAATGTTTGCTTTGCCATCCATCGCTTCTACTACTGCATATGGTAATTCAGTTCCTGAAGCAGTAGCCGCTTGTGATTGTTTATCTTCAc < 2:27174/141‑1 (MQ=255) ttGTCGTTAACTTCAACACGTAGACGTGTGATACAAGCGTCTAAATGTTTAATGTTTGCTTTGCCACCCATAGCTTCTAATACTGCATATGGTAATTCAGTTGCTGAAGCAGTAGCCGCTTGTGATTGTTTATCTTCACGa < 2:109977/141‑1 (MQ=255) gTCGTTAACTTCAACACGTAGACGTGTGATACAAGCGTTTAAATGTTTACTGTTTGCTTTGCCACCCATAGCTTCTAATACTGCATATGGTAATTCAGTTGCTGAAGCAGTAGCCGCTTGTGATTGTTTATCTTCACGAcc < 2:91790/141‑1 (MQ=255) ttAACTTCAACACGTAGACGTGTGATACAAGCGTCTAAATGTTTAATGTTTGCTTTGCCACCCATAGCTTCTAATACTGCATATGGTAATTCAGTTGCTGAAGCAGTAGCCGCTTGTGATTGTTTATCTTCACGACCTGgt < 1:279164/141‑1 (MQ=255) tAACTTCAACACGTAGACGTGTGATACAAGCGTCTAAATGTTTAATGTTTGCTTTGCCACACATAGGTTCTAATACTGCATATGGTAATTCTGTTGCTGAAGCAGTAGCCGCTTGTGATTGTTTATCTTCACGACCTGgtg < 2:47591/141‑1 (MQ=255) acGGAGACGTGTGATACAAGCGTCTAAATGTTTAATGTTTGCTTTGCCACCCATAGCTTCTAATACTGCATATGGTAATTCAGTTGCTGAAGCAGTAGCCGCTTGTGATTGTTTATCTTCACGACCTGGTGTTTTGTattt < 1:47123/141‑1 (MQ=255) gACGTGTGATACAAGCGTCTAAATGTTTAATGTTTGCTTTGCCACCCATAGCTTCTAATACTGCATATGGTAATTCAGTTGCTGAAGCAGTAGCCGCTTGTGATTGTTTATCTTCACGACCTGGTGTTTTGTattttaatt > 2:262232/1‑141 (MQ=255) cGTGTGATACAAGCGTCTAAATGTTTAATGTTTGCTTTGCCACCCATAGCTTCTAATACTGCATATGGTAATTCAGTTGCTGAAGCAGTAGCCGCTTGTGATTGTTTATCTTCACGACCTGGTGTTTTGTattttaatttt > 2:282056/1‑141 (MQ=255) tACAAGCGTCTAAATGTTTAATGTTTGCTTTGCCACCCATAGCTTCTAATACTGCATATGGTAATTCAGTTGCTGAAGCAGTAGCCGCTTGTGATTGTTTATCTTCACGACCTGGTGTTTTGTATTTTAATTTTACAATTa > 2:12038/1‑141 (MQ=255) cTAAATGTTTAATGTTTGCTTTGCCACCCATAGCTTCTAATACTGCATATGATAATTAAATTTCTTAATCAGTAGCCGCTTGTGATTGTTTATCTTCACGACCTGGTGTTTTGTATTTTAATTTTACAATTAAGAATCGGa < 1:209176/141‑1 (MQ=255) tgtttaatgtttGCTTTGCCACCCATAGCTTCTAATACTGCATATGGTAATTCAGTTGCTGAAGCAGTAGCCGCTTGTGATTGTTTATCTTCACGACCTGGTGTTTTGTATTTTAATTTTACAATTAAGAATCGGAATACg > 1:111398/1‑141 (MQ=255) taatgtttGCTTTGCCACCCATAGCTTCTAATACTGCATATGGTAATTCAGTTGCTGAAGCAGTAGCCGCTTGTGATTGTTTATCTTCACGACCTGGTGTTTTGTATTTTAATTTTACAATTAAGAATCGGAATACGAagt < 1:274990/141‑1 (MQ=255) taatgtttGCTTTGCCACCCATAGCTTCTAATACTGCATATGGTAATTCAGTTGCTGAAGCAGTAGCCGCTTGTGATTGTTTATCTTCACGACCTGGTGTTTTGTATTTTAATTTTACAATTAAGAATCGGAATACGAagt > 1:34260/1‑141 (MQ=255) gtttGCTTTGCCACCCATAGCTTCTAATACTGCATATGGTAATTCAGTTGCTGAAGCAGTAGCCGCTTGTGATTGTTTATCTTCACGACCTGGTGTTTTGTATTTTAATTTTACAATTAAGAATCGGAATACGAAgtagta < 1:61772/141‑1 (MQ=255) tgctttgcCACCCCTGGCTACTAATACTGCATATGTGAATTCAGTTGCTGAAGCAGTAGCCGCTTGTGGTTGTGTAACTTCACGACCTGGGGTTTGGTATTTTAATTTTACAATGAAGAATCGGAATACGAAGTAGGAAAt > 2:49385/1‑141 (MQ=255) tgctttgcCACCCATAGCTTCTAATACTGCATATGGTAATTCAGTTGCTGAAGCAGTAGCCGCTTGTGATTGTTTATCTTCACGACCTGGTGTTTTGTATTTTAATTTTACAATTAAGAATCGGAATACGAAGTAGTAAAt > 1:259563/1‑141 (MQ=255) ttCTAATACTGCATATGGTAATTCAGTTGCTGAAGCAGTAGCCGCTTGTGATTGTTTATCTTCACGACCTGGTGTTTTGTATTTTAATTTTACAATTAAGAATCGGAATACGAAGTAGTAAATAACTGCGTATACAAGAcc < 1:207233/141‑1 (MQ=255) tAATACTGCATATGGTAATTCAGTTGCTGAAGCAGTAGCCGCTTGTGATTGTTTATCTTCACGACCTGGTGTTTTGTATTTTAATTTTACAATTAAGAATCGGAATACGAAGTAGTAAATAACTGCGTATACAAGACCTAc < 2:238245/141‑1 (MQ=255) tGCATATGGTAATTCAGTTGCTGAAGCAGTAGCCGCTTGTGATTGTTTACCCTACGGACCTTGTGTTTTGTACCTTAATTTTACAATTAAGAATCGGAATACGAAGTAGTAAATAACTGCGTATACAAGACCTACAGGAAt < 1:196384/141‑1 (MQ=255) ttCAGTTGCTGAAGCAGTAGCCGCTTGTGATTGTTTATCTTCACGACCTGGTGTTTTGTATTTTAATTTTACAATTAAGAATCGGAATACGAAGTAGTAAATAACTGCGTATACAAGACCTACAGGAATGACTAAccacca < 1:159975/141‑1 (MQ=255) cTGAAGCAGTAGCCGCTTGTGATTGTTTATCTTCACGACCTGGTGTTTTGTATTTTAATTTTACAATTAAGAATCGGAATACGAAGTAGTAAATAACTGCGTATACAAGACCTACAGGAATGACTAACCACCATTGTGTCt < 2:259563/141‑1 (MQ=255) cTGAAGCAGTAGCCGCTTGTGATTGTTTATCTTCACGACCTGCTGTTTTGTATTATAATTTTACAATCAAGAATCGGAATACGAAGTAGTAAATAACTGCGTATACAAGACCTACAGGAATGACTAACCACCATTGTGTCt < 1:49696/141‑1 (MQ=255) tGAAGCAGTAGCCGCTTGTGATTGTTTATCTTCACGACCTGGTGTTTTGTATTGTAATTTTACAATTAAGAATCGGAATACGAAGTAGTAAATAACTGCGTATACAAGACCTACAGGAATGACTAACCACCATTGTGTCtt > 1:271414/1‑141 (MQ=255) gAAGCAGTAGCCGCTTGTGATTGTTTATCTTCACGACCTGGTGTTTTGTATTTTAATTTTACAATTAAGAATCGGAATACGAAGTAGTAAATAACTGCGTATACAAGACTTACAGGAATGACTAACCACCATTGTGTCtta > 2:233248/1‑141 (MQ=255) gCCGCTTGTGATTGTTTATCTTCACGACCTGGTGTTTTGTATTTTAATTTTACAATTAAGAATCGGAATACAAAATATTAAAGAACTGTGTATACAAGACTTACAGGAATAACTAACAACCATTATGTCttattaaataat > 2:173535/1‑135 (MQ=255) ccGCTTGTGATTGTTTATCTTCACGACCTGGTGTTTTGTATTTTAATTTTACAATTAAGAATCGGAATACGAAGTAGTAAATAACTGCGTATACAAGACCTACAGGAATGACTAACCACCATTGTGTCTTATTAGgtagta > 1:50726/1‑141 (MQ=255) | ATTTGTCGTTAACTTCAACACGTAGACGTGTGATACAAGCGTCTAAATGTTTAATGTTTGCTTTGCCACCCATAGCTTCTAATACTGCATATGGTAATTCAGTTGCTGAAGCAGTAGCCGCTTGTGATTGTTTATCTTCACGACCTGGTGTTTTGTATTTTAATTTTACAATTAAGAATCGGAATACGAAGTAGTAAATAACTGCGTATACAAGACCTACAGGAATGACTAACCACCATTGTGTCTTATTAGGTAGTA > USA300TCH1516_ALE/221899‑222156 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |