| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 486,180 | G→T | 5.3% | intergenic (+56/‑161) | USA300TCH1516_00437 → / → mccA | hypothetical protein/O‑acetylserine dependent cystathionine beta‑synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 486,180 | 0 | G | T | 5.3% | 954.9 / 8.4 | 329 | intergenic (+56/‑161) | USA300TCH1516_00437/mccA | hypothetical protein/O‑acetylserine dependent cystathionine beta‑synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (189/113); new base T (23/2); total (214/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.00e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 352 total aligned reads displayed.
ATTATTCAGTGGTTGGTATTACTTAATTAAGTATGCGATGCCTGTCGTTATTATTTTAGTCTTTATCGTGCAATTATTTAGTTAATATATAGAAGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCTTATCTGAAAAGTAAGAATTAAAATTGAGACATGAAGAAAGGTTTCATTCATTTGATCGGCA > USA300TCH1516_ALE/486040‑486320 | attattCAGTGGTTGGTATTACTTAATTAAGTATGCGATGCCTGTCGTTATTATTTTAGTCTTTATCGTTCAATTATTTAGTTAATATATAGAAGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTG‑TTTTTTGTTTgg < 2:3830902/141‑1 (MQ=255)attattCAGTGGTTGGTATTACTTAATTAAGTATGCGATGCCTGTCGTTATTATTTTAGTCTTTATCGTGCAATTATTTAGTTAATATATAGAAGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTtttgtttg > 2:4197196/1‑141 (MQ=255)attattCAGTGGTTGGTATTACTTAATTAAGTATGCGATGCCTGTCGTTATTATTTTAGTCTTTATCGTGCAATTATTTAGTTAATATATAGAAGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTtttgtttg > 2:266386/1‑141 (MQ=255) ttCAGTGGTTGGTATTACTTAATTAAGTATGCGATGCCTGTCGTTATTATTTTAGTCTTTATCGTGCAATTATTTAGTTAATATATAGAAGCATCTGACACACAAGTATGTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTCTTTTGGAAt > 2:4413630/1‑141 (MQ=255) gTGGTTGGTATTACTTAATTAAGTATGCGATGTCTGTCGTTATTATTTTAGTCTTTATCGTGGAATTATTTAGTTAATATGTAGGAGCATCTGACTCAGAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGaa < 2:1365973/141‑1 (MQ=255) ttggtATTACTTAATTAAGTATGCGATGCCTGTCGTTATTATTTTAGTCTTTATCGTGCAATTATTTAGTTAATATATAGAAGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAAtt < 2:3976615/141‑1 (MQ=255) ttttACTGAATTAAGTATGCGATGCCTGTCGTTATTATTTTAGTCTTTATCGTTCAATTATTTAGTTAATATATAGAAGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGt < 2:3307665/139‑1 (MQ=255) tACTTAATTAAGTATGCGATGCCTGTCGTTATTATTTTAGTCTTTATAGTGTTTTTTTTTGATGAACATATCGGCTCATCGTACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACt < 2:2004917/141‑1 (MQ=255) aCTTAATTAAGTATGCGATGCCTGTCGTTATTATTTTAGTCTTTATCGTGCAATTATTTAGTTAATATATAGAAGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTATTCCTg > 2:1231683/1‑141 (MQ=255) aCTTAATTAAGTATGCGATGCCTGTCGTTATTATTTTAGTCTTTATCGTGCAATTATTTAGTTAATATATAGAAGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTg < 1:582990/141‑1 (MQ=255) aCTGAATTAAGTATGCGATGCCTGTCGTTATTATTTTAGTCTTTATCGTGCAATTATTTAGTTAATATATAGAAGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTg < 1:423234/141‑1 (MQ=255) taattaaGTATGCGATACATGTCGGTATTATTGTAGTCTTTATCGTGCAATTATTTAGTTAATATATAGAAGCATTTGACGCACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGtt > 1:2117774/1‑141 (MQ=255) aattaaGTATGCGATGCCTGTCGTTATTATTTTATTCTTTATCGTGCAATTATTTAGTTAATATATAGAAGCATCTGACACACAAGTATTTTTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTc < 2:1864799/141‑1 (MQ=255) aGTATGCGATGCCTGTCGTTATTATTTTAGTCTTTATCGTGCAATTATTTAGTTAATATATAGAAGCATCTGACACACACGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAACTTTTGTTCTTGTTCTGCAt > 2:424810/1‑141 (MQ=255) gTATGCGATGCCTGTCGTTATTATTTTAGTCTTTATCGTGCAATTATTTAGTTACTATATAAAAGCGGCGTACACCAACATCTTCGAATTCCTCAGGTGTTTTTTTGTTTCGAATTTAAAAATTAGTCCTGGTTTTGACtt > 2:4291470/1‑141 (MQ=255) tATGCGATGCCTGTCGTTATTATTTTAGTCTTTATCGTGCAATTATTTAGTTAATATATAGAAGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTa > 1:100954/1‑141 (MQ=255) tATGCGATGCCTGTCGTTATTATTTTAGTCTTTATCGTGCAATTATTTAGTTAATATATAGAAGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTa < 1:1980338/141‑1 (MQ=255) aTGCGATGCCTGTCGTTATTATTTTAGTCTTTATCGTGCAATTATTTAGTTAATATATAGAAGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTaa < 1:1429798/141‑1 (MQ=255) cGATTCCTGTCGTTATTATTTTAGTCTTTATCGTGCAATTATTTAGTTAATATATAGAAGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCg < 1:1700955/141‑1 (MQ=255) aTGCCTGTCGTTATTATTTTAGTCTTTATCGTGCAATTATTTAGTTAATATATAGAAGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAACATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGaa > 1:2762906/1‑141 (MQ=255) gCCTGTCGTTATTATTTTAGTCTTTATCGTGCAATTATTTAGTTAATATATAGAAGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTCTCTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAAc > 1:828092/1‑141 (MQ=255) ccTGTCGTTATTATTTTAGTCTTTATCGTGCAATTATTTAGTTAATATATAGAAGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACt < 1:921667/141‑1 (MQ=255) tGTCGTTATTATTTTAGTTTTTATAGTGCAATTATTTAGTTAATATATAGAAGTATTTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTa < 2:1628515/141‑1 (MQ=255) tattTTAGTCTTTATCGTGCAATTATTTAGTTAATATATAGAAGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGTAATTGTAAATTTAGTACTGGTTCTTAATTAATCGAACATTAGactcttgc > 2:684617/1‑134 (MQ=255) ttAGTCTTTATCGTGCAATTATTTAGTTAATATATAGAAGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCaaaa > 2:1095414/1‑141 (MQ=255) ttAGTCTTTATCGTGCAATTATTTAGTTAATATATAGAAGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCaaaa > 2:528684/1‑141 (MQ=255) ttAGTCTTTATCGTGCAATTATTTAGTTAATATATAGAAGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCaaaa > 2:4396120/1‑141 (MQ=255) aGTCTTTATCGTGCAATTATTTAGTTAATATATAGAAGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATa > 2:2562738/1‑141 (MQ=255) tCTTTATCGTGCAATTATTTAGTTAATATATAGAAGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTATTCGAAACTTGGTTATTTACACAATAAc > 2:2064344/1‑141 (MQ=255) tttATCGTGCAATTATTTAGTTAATATATAGAAGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCACAATAACaa > 2:1818105/1‑141 (MQ=255) ttATCGTGCAATTATTTAGTTAATATATAGAAGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACaaa > 1:500751/1‑141 (MQ=255) aTCGTGCAATTATTTAGTTAATATATAGAAGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGTAATTGAAAATTTATTACTGTTTCTGAATTAATCTAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAAt > 2:1562598/1‑141 (MQ=255) tGCAATTATTTAGTTAATATATAGAAGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCg > 1:2819990/1‑141 (MQ=255) tGCAATTATTTAGTTAATATATAGAAGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCg > 2:3366779/1‑141 (MQ=255) cAATTATTTAGTTAATATATAGAAGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTTAATTAATCTAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATgttgtt > 2:3643380/1‑141 (MQ=255) aaTTATTTAGTTAATATATAGAAGTATTTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGttt < 2:285657/141‑1 (MQ=255) ttattTAGTTAATATATAGAAGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTtat > 1:3595529/1‑141 (MQ=255) ttattTAGTTAATATATAGAAGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTtat > 1:2852265/1‑141 (MQ=255) ttattTAGTTAATATATAGAAGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTtat < 2:2524008/141‑1 (MQ=255) attTAGTTAATATATAGAAGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATaa < 2:2818442/141‑1 (MQ=255) tttAGTTAATATATAGAAGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTtatact > 1:3004209/1‑139 (MQ=255) ttAGTTAATATATAGAAGCATCTGACACACAAATATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTTTTTTTTATTGAAACTTTAGTATTGGTTTTGAATTAATCGAAAGTTAGATAATTGAAAAATAACAAAATGTAGTTTATAAtt > 2:3892849/1‑141 (MQ=255) tAGTTAATATATAGAAGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTc < 1:1052930/141‑1 (MQ=255) tAGTTAATATATAGAAGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGGTCTGGAGTGATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTc > 1:1230902/1‑141 (MQ=255) aGTTAATATATAGAAGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCt < 2:1340891/141‑1 (MQ=255) aGTTAATATATAGAAGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTAAATTGTGTGATTAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAGTTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCt > 2:3583332/1‑141 (MQ=255) gTTAATATATAGAAGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCtt > 1:847998/1‑141 (MQ=255) gTTAATATATAGAAGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCtt > 1:1795751/1‑141 (MQ=255) tatataGAAGCATCTTACATACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCTTATCTg < 2:653337/141‑1 (MQ=255) atataGAAGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCTTATCTGa > 2:2718645/1‑141 (MQ=255) ataGAAGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAGTTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCTTATCTGaaa > 2:4072635/1‑141 (MQ=255) taGAAGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCTTATCTGaaaa < 1:266386/141‑1 (MQ=255) taGAAGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCTTATCTGaaaa > 2:2236430/1‑141 (MQ=255) ggagtaTCTGACACAGAAGTATTGGTGTTGATCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATTGAAAATTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCTTATCTGAAAAGt < 2:2985401/136‑1 (MQ=255) aaGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCTTATCTGAAAAGTa > 1:316561/1‑141 (MQ=255) gCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATATTTCTTATCTGAAAAGTAAg > 1:2472682/1‑141 (MQ=255) gCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCTTATCTGAAAAGTAAg > 1:240112/1‑141 (MQ=255) cATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCTTATCTGAAAAGTAAGa > 1:1273266/1‑141 (MQ=255) cATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCTTATCTGAAAAGTAAGa < 1:4082052/141‑1 (MQ=255) aTCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTATTATCTGAAAAGTAAGaa > 1:332815/1‑141 (MQ=255) tgtGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCTTATCTGAAAAGTAAGAAt < 2:2472564/139‑1 (MQ=255) tCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCTTATCTGAAAAGTAAGAAt < 1:2562738/141‑1 (MQ=255) tCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAAATTAGTTACCACAAAAATAACAAAATGACATTTATAATTCTTATCTGAAAAGTAAGAAt > 1:2063519/1‑141 (MQ=255) tCTGACACAAAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCTTATCTGAAAAGTAAGAAt < 1:3889284/141‑1 (MQ=255) cTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGTTTTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAACTAACAAAATGTCGTTTATAATTCTTTTCTCTAAAGTAAGAAtt > 2:2135424/1‑141 (MQ=255) tGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCTTATCTGAAAAGTAAGAATTa > 1:1587572/1‑141 (MQ=255) gACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAATATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAATTTGTCGTTTATAATTTTTATCTTTAACGTAAGCATTaa > 2:1298287/1‑141 (MQ=255) gACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTGTTATCTGAAAAGTAAGAATTaa > 1:1109902/1‑141 (MQ=255) gACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCTTATCTGAAAAGTAAGAATTaa > 1:678819/1‑141 (MQ=255) gACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCTTATCTGAAAAGTAAGAATTaa > 2:2599898/1‑141 (MQ=255) gACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCTTATCTGAAAAGTAAGAATTaa > 1:2490370/1‑141 (MQ=255) gACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTGAGATAATGGCTAAATAACAAAATGTAGCTTATGACACGGATCTGAAAAGTAAGAATTaa > 1:4134234/1‑141 (MQ=255) gACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGGACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCTTATCTGAAAAGTAAGAATTaa > 1:132990/1‑141 (MQ=255) aacacacAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTTTAATTTTATATTTAGTACTGGTTCTTAATTCATCGTTCCTTCTTTAATTGCCAATTAACCACATGTCTGTTTTAATTCTTTTCTGCATATTAATAATTaa > 2:1587051/2‑141 (MQ=255) acacacAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGTTTCTGAATTAATCGAAATTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTATTATCTGAATATTAACAATTaaa > 2:3110809/1‑141 (MQ=255) acacacAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCTTATCTGAAAAGTAAGAATTaaa < 1:1942603/141‑1 (MQ=255) aacataAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTATGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCTTATCTGAAAAGTAAGAATTaaaa < 2:2287054/140‑1 (MQ=255) acacaAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATCACAAAATGTCGTTTATAATTCTTATCTGCAAAGTAATAATTAACAt > 2:769783/1‑141 (MQ=255) acacaAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCTTATCTGAAAAGTAAGAATTAAAAt < 1:403710/141‑1 (MQ=255) aGTAATTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCTTATCTGAAAAGTAAGAATTAAAATTgaga > 1:1873512/1‑141 (MQ=255) tATTTGTGTTGGTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCTTATCTGAAAAGTAAGAATTAAAATTGAGACa < 2:1693619/141‑1 (MQ=255) aTTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAACTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCTTATCTGAAAAGTAAGAATTAAAATTGAGACAt > 1:3431348/1‑141 (MQ=255) tttGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTTAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAACTAACAAAATGTCGTTTATAATTCCTATCTGAAAAGTATGAATAAAAATTGAGACAtt > 1:3958043/1‑140 (MQ=255) tttGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCTTATCTGAAAAGTAAGAATTAAAATTGAGACATg < 1:3479816/141‑1 (MQ=255) tttGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCTTATCTGAAAAGTAAGAATTAAAATTGAGACATg > 1:1465310/1‑141 (MQ=255) tgtgTTGCTCAGGTTTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCTTATCTGAAAAGTAAGAATTAAAATTGAGACATgaa < 1:4387550/141‑1 (MQ=255) tgtgTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCTTATCTGAAAAGTAAGAATTAAAATTTAGACATgaa > 2:1176420/1‑141 (MQ=255) tgtgTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCTTATCTGAAAACTAAGAATTAAAATTGAGACATgaa > 1:2308271/1‑141 (MQ=255) gtgtTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCTTATCTGAAAAGTAAGAATTAAAATTGAGACATgaag < 2:943255/141‑1 (MQ=255) gtgtTGCTAAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCTTATCTGAAAAGTAAGAATTAAAATTGAGACATgaag < 2:2966997/141‑1 (MQ=255) gCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCTTATCTGAAAAGTAAGAATTAAAATTGAGACATGAAGAAAga > 1:3799020/1‑140 (MQ=255) tCAAGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGTTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCTTATCTGAAAAGTAAGAATTAAAATTGAGACATGAAGAAAGGtt < 1:3766635/141‑1 (MQ=255) gtgtTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCTTATCTGAAAAGTAAGAATTAAAATTGAGACATGAAGAAAGGTttcat < 2:864284/141‑1 (MQ=255) tgtttgGAATTGAAAATTTAGTACTGGGTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCTTATCTGAAAAGTAAGAATTAAAATTGAGACATGAAGAAAGGTTTCATTCATTTGAt > 1:2022749/1‑141 (MQ=255) tgtttaGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCTTATCTGAAAAGTAAGAATTAAAATTGAGACATGAAGAAAGGTTTCATTCATTTGAt < 2:3760939/141‑1 (MQ=255) ggtttgG‑ATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCTTATCTGAAAAGTAAGAATTAAAATTGAGACATGAAGAAAGGTTTCATTCATTTGATc < 1:746616/140‑1 (MQ=255) gtttgGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCTTATCTGAAAAGTAAGAATTAAAATTGAGACATGAAGAAAGGTTTCATTCATTTGATc < 1:2418856/141‑1 (MQ=255) ttgGAGTTGAAAATTTAGTACTGTGTCTGAATTAATAGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCTTATCTGAAAAGTAAGAATTAAAATTGAGACATGAAGAAAGGTTTCATTCATTTGATCgg < 2:485614/141‑1 (MQ=255) ggAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCTTATCTGAAAAGTAAGAATTAAAATTGAGACATGAAGAAAGGTTTCATTCATTTGATCGGCa > 2:3218365/1‑141 (MQ=255) ggAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCTTATCTGAAAAGTAAGAATTAAAATTGAGACATGAAGAAAGGTTTCATTCATTTGATCGGCa > 1:4060611/1‑141 (MQ=255) | ATTATTCAGTGGTTGGTATTACTTAATTAAGTATGCGATGCCTGTCGTTATTATTTTAGTCTTTATCGTGCAATTATTTAGTTAATATATAGAAGCATCTGACACACAAGTATTTGTGTTGCTCAGGTGTTTTTTTGTTTGGAATTGAAAATTTAGTACTGGTTCTGAATTAATCGAAACTTAGATAATTGCAAAATAACAAAATGTCGTTTATAATTCTTATCTGAAAAGTAAGAATTAAAATTGAGACATGAAGAAAGGTTTCATTCATTTGATCGGCA > USA300TCH1516_ALE/486040‑486320 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |