| Predicted mutation | |||||||
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 618,351 | T→C | 7.7% | D1151D (GAT→GAC) | sdrD → | Serine‑aspartate repeat‑containing protein D |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | USA300TCH1516_ALE | 618,351 | 0 | T | C | 7.7% | 1106.6 / 25.3 | 444 | D1151D (GAT→GAC) | sdrD | Serine‑aspartate repeat‑containing protein D |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (181/207); new base C (23/20); total (211/233) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 483 total aligned reads displayed.
ACAATTACGGATCATGATGATTTCACACTTGATAATGGATACTACGAAGAAGAAACATCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGATTCAGACAGAGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTC > USA300TCH1516_ALE/618211‑618491 | aCAATTACGGATCATGATGATTTCACACTTGATAATGGATACTACGAAGAAGAAACATCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGATTCAGACAGAGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCGGATAGCgat > 2:3194957/1‑141 (MQ=255)aCAATTACGGATCATGATGATTTCACACTTGATAATGGATACTACGAAGAAGAAACATCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGATTCAGACAGAGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCGGATAGCgat > 2:47166/1‑141 (MQ=255) atagtatggATCGTGCTGGTTTCAAACGTGATAATGGATGTGACGAAGAAGAAACATCAGATAGCTACTCAGATTCGAACAGCGACTCAGATTCAGACAGAGATTCAGTCGCAGATAGTGATTCAGACTCGGATAGCgatt < 2:4114686/134‑1 (MQ=18) aaTTACGGATAATGATGATTTCACACTTGATAATGGATACTACGAAGAAGAAACATCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGATTCAGACAGAGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCGGATAGCgattc < 2:569915/141‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |