Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | USA300TCH1516_ALE | 622,521 | 0 | T | C | 5.8% | 1146.1 / 11.1 | 468 | D1028D (GAT→GAC) | sdrE | Serine‑aspartate repeat‑containing protein E |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (211/213); new base C (29/4); total (245/223) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.49e-05 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 513 total aligned reads displayed.
GACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTC > USA300TCH1516_ALE/622381‑622661 | gatggCGAGTCGGACGGAGATGTCGACTAGGAGTAAGATAGCGATTAAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACtcagat < 2:1364442/137‑1 (MQ=14) gACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACtcagat > 1:3264833/1‑141 (MQ=255) cAGCGATTCAGACTCAGATAGCGCCGCAGAGTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCCACTGAGAATCAGGTAGCGATCCGGACTCATACAGCGAATAAGAATCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACacggattc > 2:2238818/1‑141 (MQ=14) gCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATCGCGACTCAGACTCAAACAGCGactcagactcag > 1:3357555/1‑141 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |