| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,472,936 | A→T | 6.4% | A9696A (GCT→GCA) | ebh_1 ← | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,472,936 | 0 | A | T | 6.4% | 819.1 / 11.0 | 322 | A9696A (GCT→GCA) | ebh_1 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (123/162); new base T (21/4); total (149/173) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.05e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 328 total aligned reads displayed.
TTTGCCTGCTCAATTTCTTCTTTAGTCAGCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACT‑TGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTC‑‑TTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGCCGTTATG > USA300TCH1516_ALE/1472796‑1473076 | ttGCCTGCTCAATTTCTTCTTTAGTCAGCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAg > 1:2750757/1‑141 (MQ=255) ttGCCTGCTCAATTTCTTCTTTAGTCAGCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTCTGATCGATTTCGTCAATTAAAg > 2:2108231/1‑141 (MQ=255) tGCCTGCTCAATTTCTTCTTTAGTCAGCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGTTTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGc > 1:1893123/1‑141 (MQ=255) gCCTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCAGCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCt < 2:260098/141‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |