| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,473,069 | C→T | 5.4% | G9652D (GGC→GAC) | ebh_1 ← | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,473,069 | 0 | C | T | 5.4% | 746.2 / 3.7 | 274 | G9652D (GGC→GAC) | ebh_1 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (144/103); new base T (4/21); total (148/126) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.20e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 280 total aligned reads displayed.
CAATTAAAGCTTGAACTTGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTCTTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATACGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTCGATCAATTTCGTCAATTAATGCTTGAACTTGCTTATCAACGTCTTTATTGGCATCAATTTTT > USA300TCH1516_ALE/1472929‑1473209 | cAATTAAAGCTTGAACTTGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTCTTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATTCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCTTCGCATTGTTAATG‑c > 2:1921249/1‑141 (MQ=255) aTTAAAGCTTGAACTTGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTCTTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCg > 1:4046644/1‑141 (MQ=255) ttAAAGCTTGAACTTGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTCTTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCAAGTTCAATTCCATCGTTGGTCTTGGCATTGTTAATG‑CCGt < 1:860959/141‑1 (MQ=21) aaGCTTTCACTTGTTTATCAACTTTTTGTTTCCCCTCTTCTTTTCCGTTCTCTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTAt < 2:2805526/141‑1 (MQ=18) aGCTTGAACTTGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTCTTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATg > 1:2144471/1‑141 (MQ=255) gCTTGAACTTGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTCTTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGa > 1:3720462/1‑141 (MQ=255) cattatcTTGTTTATCTATTTCTTGTTTCGCATCTTCTTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGAc < 2:315682/135‑1 (MQ=17) cTTGAACTTGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTCTTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGAc < 1:3344684/141‑1 (MQ=255) ttGAACTTGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTCTTTAGCTTTCACTAATTCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGAcc < 2:3580503/141‑1 (MQ=255) ttGAACTTGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTCTTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGAcc < 1:3112685/141‑1 (MQ=255) tGAACTTGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTCTTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCt < 1:2105175/141‑1 (MQ=255) tGAACTTGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTCTTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTAAATTTCCTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATA‑TCGTTAtctgct > 2:214565/1‑136 (MQ=18) gAACTTGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTCTTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCtt > 1:1764191/1‑141 (MQ=255) gAACTTGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTCTTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTACGACCtt > 1:281543/1‑141 (MQ=255) cTTGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTCTTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTACTG‑CCGTTATGACCttgtt > 1:4228449/1‑141 (MQ=255) tGTTGATCAAGCTCTTTCTTCGAATCTCCTTTCGCTTTCGCTTCTTCTTTGATGTGTCGTTCTGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGa < 2:3470147/141‑1 (MQ=255) ttttatttaCATCTTGGTGGGCATCTGCGTTCGCTTTTGCTCTATTTTTGCTTTCTCGTCATGCTTGTGTTACGTGTGCTTTTGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCAGCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGaa < 2:3251627/140‑1 (MQ=2) tttATCAACATCTTGTTTCGCATCTTCTTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAg < 1:2177069/141‑1 (MQ=255) tATCAACATCTTGTTTAGCATCTTCTATAAGATGAATGATGTCTGTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTa > 1:1917142/1‑141 (MQ=18) tCAACATCTTGTTTCGCATCTTCTTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTAtt < 1:241402/141‑1 (MQ=255) tCAACATCTTGTTTCGCATCTTCTTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTAtt > 1:4341763/1‑141 (MQ=255) cAACATCTTGTTTCGCATCTTCTTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTAttt > 2:1757009/1‑141 (MQ=255) tttCTTGTTTCTCTTCCTATTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTTGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGAt < 2:558236/139‑1 (MQ=14) cTTGTTTCGCATCTTCTTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTaa < 1:3666989/141‑1 (MQ=255) cTTGTTTCGCATCTTCTTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTaa < 1:381247/141‑1 (MQ=255) ttGTTTCGCATCTTCTTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAAt < 2:3671103/141‑1 (MQ=255) tGTTTCGCATCTTCTTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTAATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATTACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATa > 1:427031/1‑141 (MQ=255) gTTTCGCATCTTCTTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATAc > 1:18414/1‑141 (MQ=255) atttCGCATCTTCTTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGGAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTGAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CTGTTATGATCTTTTTGGAGTATTTTATTAATAc > 2:1690888/2‑141 (MQ=17) tcttctTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATACGATCTTTa < 1:1226823/141‑1 (MQ=255) tcttTAGCTTTCACTCTATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCGAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑TCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATACGATCTTTAAGt < 2:2311361/141‑1 (MQ=255) cttTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATACGATCTTTAAGTg < 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tAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCCTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTTAAGTATTTGATTAATAGGCTATTTAAGTGCtt > 2:380836/1‑141 (MQ=17) aCTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTCCAATTTCTTCTTTCGTC‑GCTGATTTATCATGTTCTTTGTGTTCTTCTCTAACTATTTGATTAATACGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTcc < 1:4395841/141‑1 (MQ=9) cTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATACGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTCCt < 1:680976/141‑1 (MQ=255) aaTCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATACGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTAt < 1:938892/141‑1 (MQ=255) aaTCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTCGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATACGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTAt < 1:1431582/141‑1 (MQ=255) tCTTTGATGTTTTGTAATGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATACGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCt < 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tCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATACGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGAttt < 1:1038409/141‑1 (MQ=255) ttGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATACGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTgg > 2:2598743/1‑141 (MQ=255) gTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATACGATCTTTACGTGCTTGTTTTTCTTTGTCTGTTAGAtttcatt > 2:2059199/1‑137 (MQ=255) gTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATACGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGAt > 1:770783/1‑141 (MQ=255) tAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATACGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGGtt > 1:2130286/1‑141 (MQ=255) tGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTTGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCGTGTTGAAGTATTTGATTAATACGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTCg < 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tttttGCTTGTTCAATTTCTTTTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑TTGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATACGATTTTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTCGATCAATTTCGTCAATTa < 2:3956834/140‑1 (MQ=14) tttGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATACGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTCGATCAATTTCGTCAATTaa > 2:2231232/1‑141 (MQ=255) tGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATACGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTCGATCAATTTCGTCAATTAATg > 1:106697/1‑141 (MQ=255) ttttGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCTTATTGTTAATG‑TCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATTTTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTCGATCAATTTCGTCAATTAATGCt < 2:2710161/139‑1 (MQ=14) tGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATACGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTCGATCAATTTCGTCAATTAATGCTTGa < 2:427031/141‑1 (MQ=255) gTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATACGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTCGATCACTTTCGTCATTTATTGCTTTaa > 2:1532441/1‑141 (MQ=255) ttCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATACGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGGTTTGGATTTCGATCAATTGCGTTCATTGATGCTTGAAc > 1:1932657/1‑141 (MQ=17) tttttCTTTGTTAGGTAGCGCACTGTTAATG‑CCGTTGTGATCTTGTTGATTTATTTGATTAATACGTTCTTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTCGATCAATTTCGTCAATTAATGCTTGAACTTg < 2:2554588/139‑1 (MQ=14) aaTTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATACGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCGGTTAGATTTGGATTTCGATCAATTTCGTCAATTCATGCTTGatcgtg > 1:1637209/1‑136 (MQ=255) tttCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAg < 1:661792/49‑1 (MQ=255) tttCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATACGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTCGATCAATTTCGTCAATTAATGCTTGAACTTGCt > 2:16340/1‑141 (MQ=255) tttCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATACGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTCGATCAATTTCGTCAATTAATGCTTGAACTTGCt < 1:2525486/141‑1 (MQ=255) ttcttcTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATACGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTcc < 1:3556472/85‑1 (MQ=255) ttcttcTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATACGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTCGATCAATTTCGTCAATTAATGCTTGAACTTGCtt > 1:299911/1‑141 (MQ=255) tcttctTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATACGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTCGATCAATTTCGTCAATTAATGCTTGAACTTGCTTa < 1:2008018/141‑1 (MQ=255) cctcttTCGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATACGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTCGATCAATTTCGTCAATTAATGCTTGAACTTGCTTAt < 1:1021579/139‑1 (MQ=255) tcttTAGTCATCGCATTGTTAATG‑TCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATACGATCTTTAAGTGCtt < 2:1088905/73‑1 (MQ=255) tcttTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATACGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTCGATCAATTTCGTCAATTAATGCTTGAACTTGCTTATCa > 1:3755252/1‑141 (MQ=255) cttTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATACGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTCGATCAATTTAGTCGTTTAATGCTTGAACTTGCTTATCaa > 1:3408548/1‑141 (MQ=255) tttAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATACGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGAGTTGGATTTCGATCAATTTCGTCAATTAATGCTTGAACTTGCTTATCAAc > 1:1534447/1‑141 (MQ=255) tAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATACGCGCTTTAAGGCCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTTGATTTCGATCAATTTTTTCAATTATTGCTTAAACTTGATACTCAAcat > 2:2891944/1‑139 (MQ=14) tAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATACGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTCGATCAATTTCGTCAATTAATGCTTGAACTTGCTTATCAACGt > 2:851072/1‑141 (MQ=255) tgTCATCTCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCGTGTTGAAGTATTTGATTAATACTTTCTTTACGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTCGATCAATTTCGTCAATTAATGCTTGAACTTGCTTATCAACGTc < 2:1163913/140‑1 (MQ=17) ttCATCGTATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATACGATCTTTATGTGCTTGTTTTTTCTTATCTTTTAGATTTGGATTTCGATCAATTTCGTCAATTAATGCTTGAACTTGCTTATCAACGTCt < 2:4193934/140‑1 (MQ=255) ttCATCGCTTTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATACGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTCGATCAATTTCGTCAATTAATGCTTGAACTTGCTTATCAACGTCt < 2:3902193/140‑1 (MQ=255) gcGCATTGTTAATG‑TCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATACGATCTTTAAGTGCTTGt < 2:430420/64‑1 (MQ=255) cGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATACGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTCGATCAATTTCGTCAATTAATGCTTGAACTTGCTTATCAACGTCTTTAtt < 1:1182125/141‑1 (MQ=255) cGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATACGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTCGATCAATTTCGTCAATTAATGCTTAAACTTGCTTATCAACGTCTTTAtt > 2:481065/1‑141 (MQ=255) aTTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATACGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTCGATCAATTTCGTCAATTAATGCTTGAACTTGCTTATCAACGTCTTTCTTgca > 2:3374771/1‑139 (MQ=255) g‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATACGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTCGATCAATTTTGTCAATTAATGCTTGAACTTGCTTATCAACGTCTTTATTGACATCAAtttt > 2:1211645/1‑141 (MQ=255) | CAATTAAAGCTTGAACTTGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTCTTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATG‑CCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATACGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTCGATCAATTTCGTCAATTAATGCTTGAACTTGCTTATCAACGTCTTTATTGGCATCAATTTTT > USA300TCH1516_ALE/1472929‑1473209 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |