| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000731 | 81 | N→G | 100% | intergenic (–/‑151) | – / → repA | –/replication protein A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000731 | 81 | 0 | N | G | 100.0% | 262.9 / ‑6.5 | 79 | intergenic (–/‑151) | –/repA | –/replication protein A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base N (0/0); major base G (43/35); minor base A (1/0); total (44/35) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTANAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCT‑AAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATGGAAAGA > CP000731/1‑220 | gatatttatcaaggctttatataccctggataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAACACGTTtata > 1:162154‑M1/60‑141 (MQ=255) atgtataaagtgtttataaacccttgataaagctatagtttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAAc > 1:162376‑M1/57‑141 (MQ=255) tttatcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACCTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACt > 1:269116‑M1/56‑141 (MQ=255) ttatcaagggtttataatcccttgataaagctatattttctcttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCTAACGACTTGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTGAGAAACTg > 2:104659‑M1/55‑141 (MQ=255) 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2:305421/141‑1 (MQ=255) tAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCT‑AAATCATtaaataa > 1:81043/1‑141 (MQ=255) tAATATAAAAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCT‑AAATCATtaaataa < 2:379788/141‑1 (MQ=255) aaTATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCT‑AAATCATtaaataaa > 2:59801/1‑141 (MQ=255) aaTATAACAAAAACCCCAACTACTGGAAATAGTCGGGGTTTAGTAATAAAACGTTTAAAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATTAATAATATCTTAGTGCAAGCACCT‑AAATCATtaaataaa > 2:358785/1‑141 (MQ=255) tataACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCT‑AAATCATTAAATAAATg < 1:359037/141‑1 (MQ=255) 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1:109430/141‑1 (MQ=255) cccaAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTAGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCT‑AAATCATTAAATAAATGTAAAGCtaaat < 2:389442/141‑1 (MQ=255) tactGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCT‑AAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACg < 1:312885/141‑1 (MQ=255) aagtGGTAAGAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCT‑AAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACg < 1:56193/138‑1 (MQ=255) ctGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCT‑AAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGtt < 1:363004/141‑1 (MQ=255) gggTAATATTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCT‑AAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGttt < 2:23981/140‑1 (MQ=255) 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1:132936/141‑1 (MQ=255) tGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCT‑AAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACaaaa > 1:279920/1‑141 (MQ=255) taataaAACGTTTAGAAATTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCT‑AAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTa < 2:38325/141‑1 (MQ=255) aaaCGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCT‑AAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAata < 1:52140/141‑1 (MQ=255) cGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCT‑AAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATgg > 1:367526/1‑141 (MQ=255) tattAGAAAATGTTTAGTTATATAATTATCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATATTAATACCAG‑ACCTCAAATCCTTAAATAAATATAGATCTATATAAAAACGTTTTATTAGCTCTTACCAAACTAAAATATGGa < 2:368040/139‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |