Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,815,145 | C→T | 10.2% | D33N (GAT→AAT) | dnaE ← | DNA polymerase III subunit alpha |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,815,145 | 0 | C | T | 10.2% | 120.1 / 3.8 | 47 | D33N (GAT→AAT) | dnaE | DNA polymerase III subunit alpha |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/24); new base T (2/3); total (20/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ACAACTGTTTCGACTGTATTTAATCCATTTGTCACATATATTGTCATACCAAAAATCGGTTTAATGTTATTTGCTATACATGCATCATAAAATTTAGGAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTAAGCTTGAATTTAACAAATCATAAGCCGTATGAATATTTAAATATGCCACCATGATTGAATGGCCCCTTTCTATTAGTTAAGTTTTGTGCGT > USA300TCH1516_ALE/1815006‑1815280 | acaacTGTTTCGACTGTATTTACTCCATTTGTCACCTATATTGTCATACCAAAAATCGGTTTAATGTTATTTGCTATACCTGCATCATAAAATTTAGGAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATc < 2:271623/140‑1 (MQ=255) aacTGTTTCGACTGTATTTAATCCATTTGTCACATATATTGTCATACCAAAAATCGGTTTAATGTTATTTGCTATACATGCATCATAAAATTTAGGAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATaaa > 2:405742/1‑140 (MQ=255) acTGTTTCGACTGTATTTAATCCATTTGTCATATATATTGTCATACCAAAAATCGGTTTAATGTTATTTGCTATACATGCATCATAAAATTTAGGAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAAc < 2:485162/140‑1 (MQ=255) acTGTTTCGACTATATTTGTTCGATTTGTCACATATATTGTGATACCAAAAATCGGTTTAATGTTATTTGCTATACATGCATCAGAAAATTTAGGAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAAc < 2:474376/140‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |