| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,891,158 | G→T | 10.0% | K112N (AAG→AAT) | vspIM → | Modification methylase VspI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,891,158 | 0 | G | T | 10.0% | 152.9 / 4.5 | 59 | K112N (AAG→AAT) | vspIM | Modification methylase VspI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/28); new base T (2/4); total (27/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.67e-01 | |||||||||||
GATTTCAATCATGTTTCTTTAATAAAAGATGGACATGAAAATATTGAACATCATATAAATGATGCACATAAA‑GGTCATATTGATGCAGCCATCTTTAACCTAGGTTATTTGCCTAAAGGTGATAAATCTATCGTGACAAAGCCTGACACGACAATCCAAGCTATTAATTCATTGCTATCATTAATGTCAATTGAAGGTATTATTGTACTTGTTATATATCATGGTCATAGCGAAGGACAAATTGAGAAGCATGCATTGCTTGATTACTTGAGTACTT > USA300TCH1516_ALE/1891018‑1891294 | gATTTCAATCATGTTTCTTTAATAAAAGATGGACATGAAAATATTGAACATCATATAAATGATGCACATAAA‑GGTCATATTGATGCAGCCATCTTTAACCTAGGTTATTTGCCTAAAGGTGATAAATCTATCGTGACAAAg > 1:156204/1‑141 (MQ=255) aTTTCAATCATGTTTCTTTAATAAAAGATGGACATGAAAATATTGAACATCATATAAATGATGCACATAAA‑GGTCATATTGATGCAGCCATCTTTAACCTAGGTTATTTGCCTAAAGGTGATAAATCTATCGTGACAAAGc < 1:523550/141‑1 (MQ=255) atttttCTTTAATAAAAGATGGACATGAAAATATTGAACATCATATAAATGCTGCACATAAA‑GGTCATATTGATGCAGCCATCTTTAACCTAGGATATTAAAGGTAAAGTGGTATATTTATCGTGACAAAGCCTGACACGa < 1:326842/138‑1 (MQ=255) ttCTTTAATAAAAGATGGACATGAAAATATTGAACATCATATAAATGATGCACATAAA‑GGTCATATTGATGCAGCCATCTTTAACCTAGGTTATTTGCCTAAAGGTGATACATCAATCTTTACAAATCCTGACACGACAAt < 1:520670/141‑1 (MQ=255) tgttttAATAAAATATGGACATTGAAATATTGGTCTTCATATAATTGATGCATATAAA‑GGTCGTATTGATGCTGCCATCTTTAACCTAGGTTATTTGCCTACAGGTGATAAATCTATGTTGACAAAGCCTGACACGACAAt < 2:363096/138‑1 (MQ=255) tCTTTAATAAAAGATGGACATGAAAATATTGAACATCATATAAATGATGCACATAAA‑GGTCATATTGATGCAGCCATCTTTTACCTAGGTTATTTGCCTAAAGGTGATAAATCTATCGTGACAAAGCCTGACACGACAATc < 2:514832/141‑1 (MQ=255) tttAATAAAAGATGGACATGAAAATATTGAACATCATATAAATGATGCACATAAA‑GGTCATATTGATGCAGCCATCTTTAACCTAGGTTATTTGCCTAAAGGTGATAAATCTATCGTGACAAAGCCTGACACGACAATCCa > 1:705552/1‑141 (MQ=255) aataaAAGATGGACATGAAAATATTGAACATCATATAAATGATGCACATAAA‑GGTCATATTGATGCAGCCATCTTTAACCTAGGTTATTTGCCTAAAGGTGATAAATCTATCGTGACAAAGCCTGACACGCCAATCCAAGc > 1:53375/1‑141 (MQ=255) ataaAAGATGGACATGAAAATATTGAACATCATATAAATGATGCACATAAA‑GGTCATATTGATGCAGCCATCTTTAACCTAGGTTATTTGCCTAAAGGTGATAAATCTATCGTGACAAAGCCTGACACGACAATCCAAGCt > 2:481351/1‑141 (MQ=255) ataaAAGATGGACATGAAAATATTGAACATCATATAAATGATGCACATAAA‑GGTCATATTGATGCAGCAATCTTTAACCTAGGTTATTTGCCTAAAGGTGATAAATCTATCGTGACAAAGCCTGACCCGCCAATCCAAGCt > 2:352368/1‑141 (MQ=255) taaAAGATGGACATGAAAATATTGAACATCATATAAATGATGCACATAAA‑GGTCATATTGATGCAGCCATCTTTAACCTAGGTTATTTGCCTAAAGGTGATAAATCTATCGTAACAAAGCCTGACACGACAATCCAAGCTa > 2:450053/1‑141 (MQ=255) aaaaaGATGGACACGAAAATATTGAACATGATATAAATGATGCATAGAAA‑GGTCATATTGATGCAGCCATCTTTAACCTAGGTTATTTGCCTAAAGGTGATAACCGTGTGCGGTCTAATCCTGACACGACAATCCAAGCTa < 2:165535/140‑1 (MQ=255) aaTGGGCCTGAAAATATTGGACATCATATAAATGGTGCAGATAAA‑GGATATATTGATGCAGCCATCTTTAACCTAGGTTATTGGCCTAAAGGTGATAAATTTATCGTGACAAAGCCTGACACGACAATCCAAGCTATTAAt < 2:498142/140‑1 (MQ=255) aTGGACATGAAAATATTGAACATCATATAAATGATGCACATAAA‑GGTCATATTGATGCAGCCATCTTTAACCTAGGTTATTTGCCTAAAGGTGATAAATCTATCGTGACAAAGCCTGACACGACAATCCAAGCTATTAAtt < 1:158902/141‑1 (MQ=255) ggACATGAAAATATTGTACCAGTCTCAAAGAATGCACATAAA‑TGTCATATTGATGCAGCCATCTTTAACCTAGGTTATTTGCCTAAAGGTGATAAATCTATCGTGACAACGCCTGACACGAGAATCAAAGCTATTACTTCa > 2:618966/1‑141 (MQ=255) ggACATGAAAATATTGAACAAAAAATAAA‑CAAGGACAAAAAGGGTCATATTGATGAAGACATCTTTAACATAGGTTATTAGAATAAAGACGATCAATCGATAGAGACGAAGAGTGGCACGACACACCAACGTATTAGTTCa > 2:165537/1‑141 (MQ=255) cATGAAAATATTGAACATCATATAAATGATGCGCATAAA‑GGTCATATTGATGCAGCCATCTTTAACCTAGGTTATTTGCCTAAAGGTGATAAATCTATCGTGACAAAGCCTGACACGACAATCCAAGCTATTAATTCATTg > 2:53431/1‑141 (MQ=255) aTGAAAATATTGAACATCATATAAATGATGCACATAAA‑GGTCATATTGATGCAGCCATCTTTAACCTAGGTTATTTGCCTAAAGGTGATAAATCTATCGTGACAAAGCCTGACACGACAATCCAAGCTATTAATTCATTgg > 1:677082/1‑140 (MQ=255) aTGAAAATATTGAACATCATATAAATGATGCACATAAA‑GGTCATATTGATGCAGCCATCTTTAACCTAGGTTATTTGCCTAAAGGTGATAAATCTATCGTGACAAAGCCTGACACGACAATCCAAGCTATTAATTCATTGc > 1:434648/1‑141 (MQ=255) aaTATTGATTTTTATATAAATGATGCATATATA‑GGTCATATTGATGCAGGTATCTTTAACCTGGGTTATTGGCATAAAGGTGATAAATCTATCGTTACAAATCCTGACACGACAATCCAAGCTATTAATTCATTGCTATCa < 2:8058/141‑1 (MQ=255) gaccatcatATAGATGATGGACGGAAA‑GGTCATATTGATGCAGCCATCTTTAACCTAGGTTATTTGCCTAAAGGTGATAAATCTATCGTGACTAAGCCTGACACGACAATCCACGCTATTAATTCATTGCTATCATTAATg < 2:523501/138‑1 (MQ=255) atcatATAAATGATGCACATAAA‑GGTCATATTGATGCAGCCATCTTTAACCTAGGTTATTTGCCTAAAGGTGATAAATCTATCGTGACAAAGCCTGACACGACAATCCAAGCTATTAATTCATTGCTATCATTAATGTCaa < 1:446664/141‑1 (MQ=255) taAATGATGCACATAAA‑GGTCATATTGATGCAGCCATCTTTAACCTAGGTTATTTGCCTAAAGGTGATAAATCTATCGTGACAAAGCCTGACACGACAATCCAAGCTATTAATTCATTGCTATCATTAATGTCAATTGAAg > 2:328845/1‑141 (MQ=255) tgCACATAAA‑GGTCATATTGATGCAGCCATCTTTAACCTAGGTTATTTGCCTAAAGGTGATAAATCTATCGTGACAAAGCCTGACACGACAATCCAAGCTATTAATTCATTGCTATCATTAATGTCAATTGAAGGtattat < 1:331613/141‑1 (MQ=255) tgCACATAAA‑GGTCATATTGATGCAGCCATCTTTAACCTAGGTTATTTGCCTAAAGGTGATAAATCTATCGTGACAAAGCCTGACACGACAATCCAAGCTATTAATTCATTGCTATCATTAATGTCAATTGAAGGtattat < 2:168607/141‑1 (MQ=255) tgCACATAAA‑GGTCAGATTGATGCAGCCATCTTTAACCTAGGTTATTTGCCTAAAGGTGATAAATCTATCGTGACAAAGCCTGACACGACAATCCAAGCTATTAATTCATTGCTATCATTAATGTCAATTGTGTGtattat < 2:276889/141‑1 (MQ=255) gCACATAAA‑GGTCATATTGATGCAGCCATCTTTAACCTAGGTTATTTGCCTAAAGGTGATAAATCTATCGTGACAAAGCCTGACACGACAATCCAAGCTATTAATTCATTGCTATCATTAATGTCAATTGAAGGTattatt < 1:624532/141‑1 (MQ=255) aagaTAAA‑GGTCATATTGATGGAGCTATCTTTAACTTAGATAATTTGACTAAAGATTATGATTCTATCGTAAAAAAGCCTGATCCGACAATCCAAGTTATTAATTCATTGCTATCATTAATTTCAATTGATTGTATTATTg < 2:269928/138‑1 (MQ=255) acaTAAA‑GGTCATATTGATGCAGCCATCTTTAACCTAGGTTATTTGCCTAAAGGTGATAAATCTATCGTGACAAAGCCTGACACGACAATCCAAGCTATTAATTCATTGCTCTCATTAATCTCAATTGAAGATATTATGGt > 2:620895/1‑141 (MQ=255) acaTAAA‑GGTCATATTGATGCAGCCATCTTTAACCTAGGTTATTTGCCGAAAGGTGATAAATCTATCGTGACAAAGCCTGACACGACAATCCAAGCTATTAATTCATTGCTATCATTAATGTCAATTGAAGGTATTATTGt > 1:438371/1‑141 (MQ=255) caTAAA‑GGTCATATTGATGCAGCCATCTTTAACCTAGGTTATTTGCCTAAAGGTGATAAATCTATCGTGACAAAGCCTGACACGACAATCCAAGCTTTTAATTCATTGGTATCATTAATGTCAATTGAAGGTATTATTGTa < 1:481351/141‑1 (MQ=255) caTAAA‑GGTCATATTGATGCAGCCATCTTTAACCTAGGTTATTTGCCTAAAGGTGATAAATCTATCGTGACAAAACCCGCCACGACCATCCACGCTACTAATTCATTGCTATCATTAATCTCAACTCAACGTATCATTGTa > 2:190070/1‑141 (MQ=255) aTAAA‑GGTCATATTGATGCAGCCATCTTTAACCTAGGGTATTTGCCTAAAGGTGATAAATCTATCGTGACAAATCCTGACACGACAATCCAAGCTATTAATTCATTGCTATCATTAATGTCAATTGAAGGTATTATTGTAc < 1:63338/141‑1 (MQ=255) aTAAA‑AGTCATATTGATGCAGCCATCTTTAACCTAGGTTATTTGCCTAAAGGTGATAAATCTATCGTGACAAAGCCTGACACGACAATCCAAGCTATTAATTCATTGCTATCATTAATGTCAATTGAAGGTATTATTGTAc < 2:481102/141‑1 (MQ=255) a‑GGTCAGATTGATTCAGCTATATTTAACCTAGGTTATTTGCCTAAAGGTGATAAATCTATCGTGACAAAGCCTGACACGACAATCCAAGCTATTAATTCATTGCTATCATTAATGTCAATTGAAGGTATTATTGTACTTGt < 2:400931/141‑1 (MQ=255) agatCATATTGATGCAGCCATCTTTAACCTAGGTTATTTGCCTAAAGGTGATAAATCTATCGTGACAAAGCCTGACACGACAATCCAAGCTATTAATTCATTGCTATCATTAATGTCAATTGAAGGTATTATTGTACTTGt < 1:79190/138‑1 (MQ=255) gTCATATTGATGCAGCCATCTTTAACCTAGGTTATTTGCCTAAAGGTGATAAATCTATCGTGACAAAGCCTGACACGACAATCCAAGCTATTAATTCATTGCTATCATTAATGTCAATTGAAGGTATTATTGTACTTGTta < 2:617633/141‑1 (MQ=255) tCATATTGATGCAGCCATCTTTAACCTAGGTTATTTGCCTAAAGGTGATAAATCTATCGTGACAAAGCCTGACACGACAATCCAAGCTATTAATTCATTGCTATCATTAATGTCAATTGAAGGTATTATTGTACTTGTtat < 1:612787/141‑1 (MQ=255) ttggATGCAGCCATCTTTAACTGATGTTAGTTGCCTAAAGGTGATAAATCTATCGTGACAAAGCCTGATACGACAATCGAAGCTATTAATTCATTGCTATCATTAATGTCAATTGAAGGTATTATTGTACTTGTTatatat < 2:633460/138‑1 (MQ=255) atTGATGCAGCCATCTTTAACCTAGGTTATTTGCCTAAAGGTGATAAATCTATCGTGACAAAGCCTGACACGACAATCTAAGCTATTAATTCATTGCTATCATTAATGTCAATTTCAGGTATTATTATAATTGTTatatat > 2:47418/1‑141 (MQ=255) aTGCAGCCATCTTTAACCTAGGTTATTTGCCTAAAGGTGATCAATCTATCGTCACAAAGCCTGACACGACAATCCAAGCTATTAATTCATTGCTATCATTCATGTCCATTGAAGCTATTCTTGTACTTCTTATTTACCAtt > 2:175013/1‑140 (MQ=255) aTGCAGCCATCTTTAACCTAGGTTATTTGCCTAAAGGTGATAAATCTATCGTGACAAAGCCTGACACGACAATCCAAGCTATTAATTCATTGCTATCATTAATGTCAATTGAAGGTATTATTGTACTTGTTATTTTTCagg > 1:53011/1‑139 (MQ=255) ccATCTTTAACCTAGGTTATTTGTCTAAAGGTGATAAATCTATCGTGACAAATCCTGACACGACAATCCAAGCTATTAATTCATTGCTATCATTAATGTCAATTGAAGGTATAATTGTACTTGTCATATATCATGGTCATa > 2:701214/1‑141 (MQ=255) aCCTAGGTTATTTGCCTAAAGGTGATAAATCTATCGTGACAAAGCCTGACACGACAATCCAAGCTATTAATTCATTGCTATCATTAATGTCAATTGAAGGTATTATTGTACTTGTTATCTACCAAGGTCTTAGCGAAGGAc > 1:470435/1‑141 (MQ=255) aCCTAGGTTATTTGCCTAAAGGTGATAAATCTATCGTGACAAAGCCTGACACGACAATCCAAGCTATTAATTCATTGCTATCATTAATGTCAATTGAAGGAATTATAGTACTTATTATATATCATGATCATAGCGAAGGaa > 2:398089/1‑140 (MQ=255) ccTAGGTTATTTGCCTACAGGTGATAAATCTATCGTGACAAAGCCTGACACGACAATCCAAGCTATTAATTCATTGCTATCATTAATGTCAATTGAAGGTATTATTGTACTTGTTATATATCATGGTCATAGCGAAGGACa > 1:327980/1‑141 (MQ=255) ccTAGGTTATTTGCCTAAAGGTGATAAATCTATCGTGACAAAGCCTGACACGACAATCCAAGCTATTAATTCATTGCTATCATTAATGTCAATTGAAGGTATTATTGTACTTGTTATATATCATGGTCATAGCGAAGGACa < 1:448037/141‑1 (MQ=255) tAGGTTATTTGCCTAAAGGTGATAAATCTATCGTGACAAAGCCTGACACGACAATCCAAGCTATTAATTCATTGCTATCATTAATGTCAATTGAAGGTATTATTGTACTTGTTATATATCATGGTCATAGCGAAGGACaaa < 1:625800/141‑1 (MQ=255) ggTTATTTGCCTAAAGGTGATAAATCTATCGTGACAAAGCCTGACACGACAATCCAAGCTATTAATTCATTGCTATCATTAATGTCAATTGAAGGTATTATTGTACTTGTTATATATCATGGTCATAGCGAAGGACAAAtt < 1:444312/141‑1 (MQ=255) ttATTTGACTAAAGGTGATAAATCTATCGTGACAAAGCCTGACACGACAATCCAAGCTATTAATTCATTGCTATCATTAATGTCAATTGAAGGTATTATTGTACTTGTTATATATCATGGTCATAGCGAAGGACAAATTga < 1:450053/141‑1 (MQ=255) aTTTGCCTAAAGGTGATAAATCTATCGTGACAAAGCCTGACACGACAATCCAAGCTATTAATTCATTGCTATCATTAATGTCAATTGAAGGTATTATTGTACTTGTTATATATCATGGTCATAGCGAAGGACAAATTgaga < 1:53431/141‑1 (MQ=255) ttGCCTAAAGGTGATAAATCTATCGTGACAAAGCCTGACACGACAATCCAAGCTATTAATTCATTGCTATCATTAATGTCAATTGAAGGTATTATTGTACTTGTTATATATCATGGTCATAGCGAAGGACAAATTGAGAAg > 1:512106/1‑141 (MQ=255) cTAAAGGTGATAAATCTATCGTGACAAAGCCTGACACGACAATCCAAGCTATTAATTCATTGCTATCATTAATGTCAATTGAAGGTATTATTGTACTTGTTATATATCATGGTCATAGCGAAGGACAAATTGAGAAgcatg > 1:50908/1‑141 (MQ=255) tGATAAATCTATCGTGACAAAGCCTGACACGACAATCCAAGCTATTAATTCATTGCTATCATTAATGTCAATTGAAGGTATTATTGTACTTGTTATATATCATGGTCATAGCGAAGGACAAATTGAGAAGCATGCATTGCt < 1:525089/141‑1 (MQ=255) aaTCTATCGTGACAAATCCTGACACGACAATCCAAGCTATTAATTAATTGTTATCATTAATGTCTATTGAAGGTATTATTGTACTTGTTATATATCATGGTCATAGCGAAGGACTAATTGAGAAACATGCATTACTTGAtt > 2:656511/1‑141 (MQ=255) aaTCTATCGTGACAAAGCCTGACACGACAATCCAAGCTATTAATTCATTGCTATCATTAATGTCAATTGAAGGTATTATTGTACTTGTTATATATCATGGTCATAGCGAAGGACAAATTGAGAAGCATGCATTGCTTGAtt > 2:319001/1‑141 (MQ=255) aaTCTATCGTGACAAAGCCTGACACGACAATCCAAGCTATTAATTCATTGCTATCATTAATGTCAATTGAAGGTATTATTGTACTTGTTATATATCATGGTCATAGCGAAGGACAAATTGAGAAGCATGCATTGCTTGAtt > 2:160848/1‑141 (MQ=255) tCGTGACAAAGCCTGACACGACAATCCAAGCTATTAATTCATTGCTATCATTAATGTCAATTGAAGGTATTATTGTACTTGTTATATATCATGGTCATAGCGAAGGACAAATTGAGAAGCATGCATTGCTTGATTACTTGa < 1:269994/141‑1 (MQ=255) gACAAAGCCTGACACGACAATCCAAGCTATTAATTCATTGCTATCATTAATGTCAATTGAAGGTATTATTGTACTTGTTATATATCATGGTCATAGCGAAGGACAAATTGAGAAGCATGCATTGCTTGATTACTTGAGTAc > 1:511159/1‑141 (MQ=255) cAAAGCCTGACACGACAATCCAAGCTATTAATTCATTGCTATCATTAATGTCAATTGAAGGTATTATTGTACTTGTCATATATCATGGTCATAGCGAAGGACAAATTGAGAAGCATGCATTGCTTGATTACTTGAGTACtt < 1:567964/141‑1 (MQ=255) | GATTTCAATCATGTTTCTTTAATAAAAGATGGACATGAAAATATTGAACATCATATAAATGATGCACATAAA‑GGTCATATTGATGCAGCCATCTTTAACCTAGGTTATTTGCCTAAAGGTGATAAATCTATCGTGACAAAGCCTGACACGACAATCCAAGCTATTAATTCATTGCTATCATTAATGTCAATTGAAGGTATTATTGTACTTGTTATATATCATGGTCATAGCGAAGGACAAATTGAGAAGCATGCATTGCTTGATTACTTGAGTACTT > USA300TCH1516_ALE/1891018‑1891294 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |