| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,054,586 | Δ1 bp | 9.5% | intergenic (‑87/+441) | sspA ← / ← patA_2 | Glutamyl endopeptidase/Putative N‑acetyl‑LL‑diaminopimelate aminotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,054,586 | 0 | G | . | 9.5% | 580.1 / 51.6 | 168 | intergenic (‑87/+441) | sspA/patA_2 | Glutamyl endopeptidase/Putative N‑acetyl‑LL‑diaminopimelate aminotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (110/42); new base . (11/5); total (121/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 170 total aligned reads displayed.
TCATCTAAAAACCTCCAAAAAATTTATTTACAAGTTAAATATAACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAAATTGAATTGTATTATACTTTATTCAATTGAGTTAAATTGATAAGA > USA300TCH1516_ALE/1054496‑1054675 | tctcAAAACCTCCAAAAAATTTATTTACAAGTTAAATATAACACTCACAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGttt > 1:3013451/1‑91 (MQ=255) tCTAAAAACCTCCAAAAAATTTATTTACAAGTTAAATATAACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGttt > 1:952001/1‑91 (MQ=255) cTAAAAACCTCCAAAAAATTTATTTACAAGTTAAATATAACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGtttt > 1:3193572/1‑91 (MQ=255) aaaaaCCTCCAAAAAATTTATTTACAAGTTAAATATAACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTg > 1:805189/1‑91 (MQ=255) aaaaaCCTCCAAAAAATTTATTTACAAGTTAAATATAACACTAAAAATTTTGAAGTCAATAAGAAGATATAAATAAATTAAAAAGCTTTTg > 1:3858768/1‑91 (MQ=255) aaaaaCCTCCAAAAAATTTATTTACAAGTTAAATATAACACTAAAAATTTTAAAGTCAATAAGAAAATATAAATAAATTAAAAAGCTTTTg > 1:3858769/1‑91 (MQ=255) aaaaCCTCCAAAAAATTTATTTACAAGTTAAATATAACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGt < 1:3407522/91‑1 (MQ=255) aaaaCCTCCAAAAAATTTATTTACAAGTTAAATATAACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGt > 1:1284888/1‑91 (MQ=255) aaCCTCCAAAAAATTTATTTACAAGTTAAATATAACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTaa > 1:3215101/1‑91 (MQ=255) ccTCCAAAAAATTTATTTACAAGTTAAATATAACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAg > 1:3401929/1‑91 (MQ=255) ccTCCAAAAAATTTATTTACAAGTTAAATATAACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAg > 1:3107162/1‑91 (MQ=255) ccTCCAAAAAATTTATTTACAAGTTAAATATAACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAg < 1:1431133/91‑1 (MQ=255) tCCAAAAAATTTATTTACAAGTTAAATATAACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAggg > 1:3557051/1‑89 (MQ=255) tCCAAAAAATTTATTTACAAGTTAAATATAACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGAt > 1:3584032/1‑91 (MQ=255) tCCAAAAAATTTATTTACAAGTTAAATATAACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGAt > 1:1122548/1‑91 (MQ=255) ccAAAAAATTTATTTACAAGTTAAATATAACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGAtt < 1:2442028/91‑1 (MQ=255) ccAAAAAATTTATTTACAAGTTAAATATAACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGAtt > 1:843983/1‑91 (MQ=255) cAAAAAATTTATTTACAAGTTAAATATAACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTa > 1:2995735/1‑91 (MQ=255) cAAAAAATTTATTTACAAGTTAAATATAACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAA‑TTTTTTTAAAGATTag < 1:3074688/91‑1 (MQ=255) aaaagaTTTATTTACAAGTTAAATATAACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTag < 1:3456082/91‑1 (MQ=255) aaaaaaCTTATTTACAAGTTAAATATAACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTag > 1:3232556/1‑91 (MQ=255) aaaaaTTTATTTACAAGTTAAATATAACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTaga > 1:3224378/1‑91 (MQ=255) aaaTTTATTTACAAGTTAAATATAACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGt < 1:883679/91‑1 (MQ=255) aaTTTATTTACAAGTTAAATATAACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGtt > 1:3195333/1‑91 (MQ=255) atttatttACAAGTTAAATATAACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGttt < 1:3774906/91‑1 (MQ=255) tttatttaCAAGTTAAATATAACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTa > 1:1629888/1‑91 (MQ=255) tttatttaCAAGTTAAATATAACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTa > 1:546480/1‑91 (MQ=255) tatttaCAAGTTAAATATAACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACa < 1:1048121/91‑1 (MQ=255) atttaCAAGTTAAATATAACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACaa > 1:3371601/1‑91 (MQ=255) atctaCAAGTTAAATATAACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAA‑TTTTTTTAAAGATTAGAGTTTACaaa > 1:1769784/4‑91 (MQ=255) tttaCAAGTTAAATATAACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACaaa < 1:2499855/91‑1 (MQ=255) tttaCAAGTTAAATATAACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACaaa < 1:1335575/91‑1 (MQ=255) ttaCAAGTTAAATATAACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACaaaa < 1:2010790/91‑1 (MQ=255) aCAAGTTAAATATAACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAAc > 1:727333/1‑91 (MQ=255) gTTAAATATAACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTa > 1:107616/1‑91 (MQ=255) gTTAAATATAACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTa > 1:3827882/1‑91 (MQ=255) aaaTATAACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAgg > 1:535935/1‑91 (MQ=255) aaaTATAACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAgg > 1:148193/1‑91 (MQ=255) atatAACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGa > 1:1125216/1‑91 (MQ=255) atatAACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGa > 1:2745796/1‑91 (MQ=255) atatAACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGa > 1:3882673/1‑91 (MQ=255) atatAACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGa > 1:1105527/1‑91 (MQ=255) atatAACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGa > 1:1105479/1‑91 (MQ=255) tataACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGaa > 1:2909246/1‑91 (MQ=255) tataACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGaa > 1:680507/1‑91 (MQ=255) taACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAAtt < 1:1054443/91‑1 (MQ=255) acacTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTaa < 1:46736/91‑1 (MQ=255) acacTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTaa > 1:600626/1‑91 (MQ=255) acacTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTaa < 1:1989850/91‑1 (MQ=255) acacTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTaa > 1:2792429/1‑91 (MQ=255) cacTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTaaa > 1:3721176/1‑91 (MQ=255) acTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTaaaa < 1:1176427/91‑1 (MQ=255) cTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAaat < 1:3925705/91‑1 (MQ=255) aaaaaTTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAaattg > 1:2151615/1‑91 (MQ=255) aaaTTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAaattgaa > 1:3161779/1‑91 (MQ=255) aaTTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAaattgaat < 1:3386434/91‑1 (MQ=255) aaTTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAaattgaat > 1:2171938/1‑91 (MQ=255) aaTTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAA‑TTTTTTTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAaattgaatt > 1:3692103/1‑91 (MQ=255) tttttAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAaattgaattg < 1:3042392/91‑1 (MQ=255) tttAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAAATTGAATTGta > 1:2042990/1‑91 (MQ=255) tttAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAAATTGAATTGta > 1:4151284/1‑91 (MQ=255) tAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAAATTGAATTGtatt > 1:441647/1‑91 (MQ=255) tAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAAATTGAATTGtatt > 1:441648/1‑91 (MQ=255) aaGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAAATTGAATTGtatta > 1:972008/1‑91 (MQ=255) aaGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAAATTGAATTGtatta < 1:1484605/91‑1 (MQ=255) aaGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATCAAAATTGAATTGtatta > 1:3557628/1‑91 (MQ=255) aaGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAA‑TTTTTTTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAAATTGAATTGtattat > 1:104855/1‑91 (MQ=255) aaGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAA‑TTTTTTTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAAATTGAATTGtattat > 1:2191200/1‑91 (MQ=255) aGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAAATTGAATTGtattat < 1:3152433/91‑1 (MQ=255) aGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAAATTGAATTGtattat > 1:3984092/1‑91 (MQ=255) aTAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAAATTGAATTGTATTATACttt < 1:688882/91‑1 (MQ=255) aTAAGAATATATAAATAAATTAAAAA‑TTTTTTTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAAATTGAATTGTATTATACTTTa < 1:3901859/91‑1 (MQ=255) aaGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAAATTGAATTGTATTATACTTTAt < 1:3332517/91‑1 (MQ=255) aaGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAAATTGAATTGTATTATACTTTAt > 1:1833655/1‑91 (MQ=255) aaGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAAATTGAATTGTATTATACTTTAt < 1:3332093/91‑1 (MQ=255) aGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAAATTGAATTGTATTATACTTTAtt > 1:2358507/1‑91 (MQ=255) atatatAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAAATTGAATTGTATTATACTTTATTCaa > 1:1135162/1‑91 (MQ=255) tatataAATAAATTAAAAA‑TTTTTTTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAAATTGAATTGTATTATACTTTATTCAAtt > 1:2299624/1‑91 (MQ=255) tatataAATAAATTAAAAA‑TTTTTTTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAAATTGAATTGTATTATACTTTATTCAAtt > 1:2299946/1‑91 (MQ=255) ataaataaATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAAATTGAATTGTATTATACTTTATTCAATTGa > 1:91657/1‑91 (MQ=255) taaataaaTTAAAAA‑TTTTTTTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAAATTGAATTGTATTATACTTTATTCAATTGAGt > 1:257743/1‑91 (MQ=255) taaataaaTTAAAAA‑TTTTTTTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAAATTGAATTGTATTATACTTTATTCAATTGAGt > 1:261890/1‑91 (MQ=255) aaataaatTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAAATTGAATTGTATTATACTTTATTCAATTGAGt > 1:4052469/1‑91 (MQ=255) aataaatCAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAAATTGAATTGTATTATACTTTATTGAATTGAGtt < 1:2087641/91‑1 (MQ=255) ataagtTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAAATTGAATTGTATTATACTTTATTCAATTGAGTTa > 1:3274613/1‑91 (MQ=255) ataaatTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAAATTGAATTGTATTATACTTTATTCAATTGAGTTa > 1:370208/1‑91 (MQ=255) atTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAACCATTAAGGGAATTAAAATTGAATTGTATCATACTTTATTCAATTGAGTTAAAtt > 1:3860894/1‑91 (MQ=255) ttAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAAATTGAATTGTATTATACTTTATTCAATTGAGTTAAATTg > 1:1665417/1‑91 (MQ=255) ttAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAAATTGAATTGTATTATACTTTATTCAATTGAGTTAAATTg > 1:1643053/1‑91 (MQ=255) ttAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAAATTGAATTGTATTATACTTTATTCAATTGAGTTAAATTg > 1:909562/1‑91 (MQ=255) ttAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAAATTGAATTGTATTATACTTTATTCAATTGAGTTAAATTg > 1:2418291/1‑91 (MQ=255) ttAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAAATTGAATTGTATTATACTTTATTCAATTGAGTTAAATTg > 1:2865576/1‑91 (MQ=255) aaaaaGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAAATTGAATTGTATTATACTTTATTCAATTGAGTTAAATTGAt > 1:2324362/1‑91 (MQ=255) aaaaaGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAAATTGAATTGTATTATACTTTATTCAATTGAGTTAAATTGAt > 1:3779111/1‑91 (MQ=255) aaaaaGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAAATTGAATTGTATTATACTTTATTCAATTGAGTTAAATTGAt > 1:2893304/1‑91 (MQ=255) aaaaaGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAAATTGAATTGTATTATACTTTATTCAATTGAGTTAAATTGAt > 1:3778629/1‑91 (MQ=255) aaaaGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAAATTGAATTGTATTATACTTTATTCAATTGAGTTAAATTGATa > 1:1939460/1‑91 (MQ=255) aaaGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAAATTGAATTGTATTATACTTTATTCAATTGAGTTAAATTGATaa > 1:4042042/1‑91 (MQ=255) aaGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAAATTGAATTGTATTATACTTTATTCAATTGAGTTAAATTGATAAg > 1:591488/1‑91 (MQ=255) aGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAAATTGAATTGTATTATACTTTATTCAATTGAGTTAAATTGATAAGa > 1:1344894/1‑91 (MQ=255) | TCATCTAAAAACCTCCAAAAAATTTATTTACAAGTTAAATATAACACTAAAAATTTTTAAGTCAATAAGAATATATAAATAAATTAAAAAGTTTTTGTAAAGATTAGAGTTTACAAAAACATTAAGGGAATTAAAATTGAATTGTATTATACTTTATTCAATTGAGTTAAATTGATAAGA > USA300TCH1516_ALE/1054496‑1054675 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |