| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,239,571 | Δ1 bp | 5.4% | intergenic (+38/‑152) | USA300HOU_RS06160 → / → recG | hypothetical protein/ATP‑dependent DNA helicase RecG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,239,571 | 0 | G | . | 5.4% | 538.0 / 21.5 | 149 | intergenic (+38/‑152) | USA300HOU_RS06160/recG | hypothetical protein/ATP‑dependent DNA helicase RecG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (90/51); new base . (5/3); total (95/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 151 total aligned reads displayed.
AAGTTCATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACAATGTCATGTTCAACTTAGTCA > USA300TCH1516_ALE/1239481‑1239661 | aaGTTCATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAg > 1:1678458/1‑91 (MQ=255) aGTTCATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGt < 1:3602796/91‑1 (MQ=255) ttCATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTg > 1:1719081/1‑91 (MQ=255) ttCATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTg > 1:2754709/1‑91 (MQ=255) cATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTGAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAAGTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGt > 1:3864014/1‑91 (MQ=255) cATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGt > 1:2413146/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |