| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,552,027 | Δ1 bp | 5.8% | coding (1215/1734 nt) | USA300HOU_RS13150 ← | putative ABC transporter ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,552,027 | 0 | C | . | 5.8% | 297.4 / 11.4 | 86 | coding (1215/1734 nt) | USA300HOU_RS13150 | putative ABC transporter ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (34/46); new base . (3/2); total (37/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.30e-01 | |||||||||||
TGCACCTGGATTGCCAAACAATATGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCAAGAGTAAGTGACAT > USA300TCH1516_ALE/2551937‑2552114 | tGCACCTGGATTGCCAAACAATATGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAAc < 1:4148622/91‑1 (MQ=255) gCACCTGGATTGCCAAACAATATGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATCCACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACg > 1:1997320/1‑91 (MQ=255) cACCTGGGTTGCCAAACAATATGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGt < 1:2062208/91‑1 (MQ=255) cACCTGGATTGCCAAACAATATGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGt < 1:89523/91‑1 (MQ=255) aCCTGGATTGCCAAACAATATGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTa < 1:79832/91‑1 (MQ=255) aCCTGGATTGCCAAACAATATGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTa < 1:79189/91‑1 (MQ=255) ccTGGATTGCCAAACAATATGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAc > 1:4126273/1‑91 (MQ=255) ccTGGATTGCCAAACAATATGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAc > 1:969867/1‑91 (MQ=255) ccTGGATTGCCAAACAATATGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAc > 1:1450245/1‑91 (MQ=255) ggATTGCCAAACAATATGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTa > 1:3336604/1‑91 (MQ=255) gATTGCCAAACAATATGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTaa > 1:3730247/1‑91 (MQ=255) ttGCCAAACAATATGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATg < 1:3813600/91‑1 (MQ=255) ttGCCAAACAATATGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATg < 1:3813505/91‑1 (MQ=255) ttGCCAAACAATATGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATg < 1:2952711/91‑1 (MQ=255) tGCCAAACAATATGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGt < 1:839263/91‑1 (MQ=255) tGCCAAACAATATGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAA‑GTACGTTAATGt < 1:1835847/91‑1 (MQ=255) gCCAAACAATATGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTc > 1:79310/1‑91 (MQ=255) gCCAAACAATATGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAA‑GTACGTTAATGTc < 1:1140292/91‑1 (MQ=255) ccATACAATATGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCa < 1:3268152/91‑1 (MQ=255) cAAACAATATGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCat < 1:453235/91‑1 (MQ=255) aaCAATATGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCatat < 1:4059708/91‑1 (MQ=255) aCAATATGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATc < 1:3579964/91‑1 (MQ=255) atatGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCttt < 1:2830783/91‑1 (MQ=255) tatGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTa < 1:548379/91‑1 (MQ=255) atGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTaa > 1:3162543/1‑91 (MQ=255) atGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTaa < 1:2957951/91‑1 (MQ=255) atGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTCTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTaa > 1:3681097/1‑91 (MQ=255) tGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAat > 1:3664234/1‑91 (MQ=255) tGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAat > 1:3930688/1‑91 (MQ=255) gTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAata > 1:3399885/1‑91 (MQ=255) gTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAata > 1:1338931/1‑91 (MQ=255) tATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATc > 1:1395962/1‑91 (MQ=255) tATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATc > 1:1395813/1‑91 (MQ=255) tttCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAac < 1:1984648/91‑1 (MQ=255) ttCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAaca < 1:1713815/91‑1 (MQ=255) tCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAacac < 1:1137866/91‑1 (MQ=255) tCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAacac < 1:3563014/91‑1 (MQ=255) tCAATCGTATCATGCAATAAATACTCCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAATGTAC‑TTAATGTCATAGCTTTAATATCAacac < 1:3743470/91‑1 (MQ=255) cAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACAcc > 1:2709994/1‑91 (MQ=255) aaTCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCa < 1:3573638/91‑1 (MQ=255) aTCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCAt < 1:1929785/91‑1 (MQ=255) cGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATAGCTTTAATATCAATACCATCg > 1:2068747/1‑91 (MQ=255) gTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGa < 1:2791733/91‑1 (MQ=255) tATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGAt < 1:3132988/91‑1 (MQ=255) aTCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATg < 1:1076345/91‑1 (MQ=255) aTCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATg > 1:3142443/1‑91 (MQ=255) aTTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGa < 1:3142511/91‑1 (MQ=255) ttAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGaa > 1:1495778/1‑91 (MQ=255) taaataaaTACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAat > 1:3458573/1‑91 (MQ=255) aaataaatACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAata < 1:1744259/91‑1 (MQ=255) ataaataCACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATAtt < 1:1699798/91‑1 (MQ=255) aaataCACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTc < 1:2496161/91‑1 (MQ=255) aaataCACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTc < 1:3758573/91‑1 (MQ=255) aaataCACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTc < 1:443285/91‑1 (MQ=255) aaataCACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTc > 1:1317878/1‑91 (MQ=255) acacCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCcatc < 1:3245528/91‑1 (MQ=255) acacCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCcatc < 1:3979175/91‑1 (MQ=255) acCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCcatcat < 1:3140965/91‑1 (MQ=255) ccTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCatcatc > 1:3498700/1‑91 (MQ=255) ccTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCatcatc > 1:3498779/1‑91 (MQ=255) ccTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCatcatc < 1:1629977/91‑1 (MQ=255) ttttGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGa > 1:115065/1‑91 (MQ=255) tttGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGat < 1:3436909/91‑1 (MQ=255) ttGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGata < 1:736357/91‑1 (MQ=255) tGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGatat > 1:1097932/1‑91 (MQ=255) aTACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATa < 1:308280/91‑1 (MQ=255) tACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATaa > 1:3078569/1‑91 (MQ=255) aCTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATaaa < 1:2328961/91‑1 (MQ=255) cACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAgcg < 1:521764/91‑1 (MQ=255) cTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCa < 1:680058/91‑1 (MQ=255) aaTTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCAag > 1:2990927/1‑91 (MQ=255) aaTTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCAag > 1:2988257/1‑91 (MQ=255) ttttCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCAagag < 1:2049338/91‑1 (MQ=255) atatgACATTAA‑GTACGTTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCAAGAGt > 1:1421800/5‑91 (MQ=38) ttCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCAAGAGTa < 1:286913/91‑1 (MQ=255) ttCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCAAGAGTa < 1:859142/91‑1 (MQ=255) tCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCAAGAGTaa < 1:3034211/91‑1 (MQ=255) tCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCAAGAGTaa > 1:1379002/1‑91 (MQ=255) atgACATTAA‑GTACGTTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCAAGAGTaa > 1:2990835/3‑91 (MQ=255) cGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCAAGAGTAAg > 1:3406551/1‑91 (MQ=255) cGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCAAGAGTAAg > 1:1412549/1‑91 (MQ=255) gACATTAA‑GTACGTTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATGATCGATATCATAAAAGCGCAAGAGTAAGt > 1:2305122/1‑91 (MQ=255) aCATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCAAGAGTAAGTg < 1:1482074/91‑1 (MQ=255) aCATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCAAGAGCAAGTg > 1:2827923/1‑91 (MQ=255) aTTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCAAGAGTAAGTGAc > 1:3920919/1‑91 (MQ=255) tAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCAAGAGTAAGTGACAt < 1:183151/91‑1 (MQ=255) tAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCAAGAGTAAGTGACAt > 1:1521082/1‑91 (MQ=255) | TGCACCTGGATTGCCAAACAATATGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCAAGAGTAAGTGACAT > USA300TCH1516_ALE/2551937‑2552114 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |