Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 897,213:1 | +C | 5.0% | intergenic (‑49/+39) | Int‑Tn_1 ← / ← entA_1 | Transposase from transposon Tn916/Enterotoxin type A |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 897,213 | 1 | . | C | 5.0% | 525.0 / 20.1 | 119 | intergenic (‑49/+39) | Int‑Tn_1/entA_1 | Transposase from transposon Tn916/Enterotoxin type A |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (59/54); new base C (3/3); total (62/57) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
TTTAGTTTCTTTATTCTTATTTTTAAATTTTTCTAACCACATTTTGCTTCTCCCTCCTCAAAATTGGCAAAAAATAATAAGGGTAGGCATG‑CTACCCGGAAAATAATGATTATGACATAATTAATAGATTTATATCGTTTCTTTATAAGAAATATCGACATCCAAATGGAATTTCTCAG > USA300TCH1516_ALE/897123‑897301 | tttAGTTTCTTTATTCTTATTTTTAAATTTTTCTAACCACATTTTGCTTCTCCCTCCTCAAAATTGGCAAAAAATAATAAGGGTAGGCATg < 1:663396/91‑1 (MQ=255) tttAGTTTCTTTATTCTTATTTTTAAATTTTTCTAACCACATTTTGCTTCTCCCTCCTCAAAATTGGCAAAAAATAATAAGGGTAGGCATg < 1:1207671/91‑1 (MQ=255) tttAGTTTCTTTATTCTTATTTTTAAATTTTTCTAACCACATTTTGCTTCTCCCTCCTCAAAATTGGCAAAAAATAATAAGGGTA‑GCATG‑c < 1:2310463/91‑1 (MQ=255) ttAGTTTCTTTATTCTTATTTTTAAATTTTTCTAACCACATTTTGCTTCTCCCTCCTCAAAATTGGCAAAAAATAATAAGGGTA‑GCATG‑cc < 1:3959243/91‑2 (MQ=255) aGTTTCTTTATTCTTATTTTTAAATTTTTCTAACCACATTTTGCTTCTCCCTCCTCAAAATTGGCAAAAAATAATAAGGGTAGGCATG‑CTa > 1:3436492/1‑91 (MQ=255) gTTTCTTTATTCTTATTTTTAAATTTTTCTAACCACATTTTGCTTCTCCCTCCTCAAAATTGGCAAAAAATAATAAGGGTAGGCATG‑CTAc > 1:1269333/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |