Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 2,852,974:1 | +T | 11.4% | coding (91/1419 nt) | yflS → | Putative malate transporter YflS |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,852,974 | 1 | . | T | 11.4% | 372.4 / 47.3 | 105 | coding (91/1419 nt) | yflS | Putative malate transporter YflS |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (32/61); new base T (2/10); total (34/71) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.29e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.75e-01 |
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
TGGAAAACACGGTTAAATATCGTAAGTTTATACTCCCTATCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTG‑TGGATCCAACAGCATGGTATATGTTCGCAAT‑ATTCGTCGCGACAATCATTGCTTGTATTACACAACCGATGCCAATTGGGGCCGTCTCT > USA300TCH1516_ALE/2852885‑2853063 | tGGAAAACACGGTTAAATATCGTAAGTTTATACTCCCTATCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCtg‑t < 1:602242/91‑1 (MQ=255) tGGAAAACACGGTTAAATATCGTAAGTTTATACTCCCTATCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCtg‑t < 1:602509/91‑1 (MQ=255) ggAAAACACGGTTAAATATCGTAAGTTTATACTCCCTATCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCtg‑tg > 1:295828/1‑91 (MQ=255) ggAAAACACGGTTAAATATCGTAAGTTTATACTCCCTATCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCtg‑tg > 1:295872/1‑91 (MQ=255) ggAAAACACGGTTAAATATCGTAAGTTTATACTCCCTATCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCtg‑tg > 1:296220/1‑91 (MQ=255) ggAAAACACGGTTAAATATCGTAAGTTTATACTCCCTATCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCtg‑tg < 1:1425355/91‑1 (MQ=255) gAAAACACGGTTAAATATCGTAAGTTTATACTCCCTATCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTG‑Tgg > 1:2063948/1‑91 (MQ=255) gAAAACACGGTTAAATATCGTAAGTTTATACTCCCTATCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTG‑Tgg > 1:2063902/1‑91 (MQ=255) gAAAACACGGTTAAATATCGTAAGTTTATACTCCCTATCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTG‑Tgg > 1:3023468/1‑91 (MQ=255) aaaCACGGTTAAATATCGTAAGTTTATACTCCCTATCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTG‑TGGAt < 1:405414/91‑1 (MQ=255) aaaCACGGTTAAATATCGTAAGTTTATACTCCCTATCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTG‑TGGAt < 1:252360/91‑1 (MQ=255) acacGGTTAAATATCGTAAGTTTATACTCCCTATCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTGTTGGATc < 1:2097461/91‑1 (MQ=255) acacGGTTAAATATCGTAAGTTTATACTCCCTATCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTGTTGGATc < 1:769472/91‑1 (MQ=255) acacGGTTAAATATCGTAAGTTTATACTCCCTATCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTGTTGGATc < 1:3740153/91‑1 (MQ=255) acacGGTTAAATATCGTAAGTTTATACTCCCTATCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTG‑TGGATcc > 1:1938330/1‑91 (MQ=255) acacGGTTAAAGATCGTAAGTTTATACTCCCTATCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTGTTGGATc < 1:3759608/91‑1 (MQ=255) acGGTTAAATATCGTAAGTTTATACTCCCTATCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTGTTGGATCCa < 1:754294/91‑1 (MQ=255) cGGTTAAATATCGTAAGTTTATACTCCCTATCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTGTTGGATCCac < 1:3671867/91‑2 (MQ=255) cGGTTAAATATCGTAAGTTTATACTCCCTATCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTGTTGGATCCac < 1:4135238/91‑2 (MQ=255) ggTTAAATATCGTAAGTTTATACTCCCTATCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTGTTGGATCCaca < 1:3091209/91‑3 (MQ=255) ggTTAAATATCGTAAGTTTATACTCCCTATCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTG‑TGGATCCAACa < 1:2547816/91‑1 (MQ=255) gTTAAATATCGTAAGTTTATACTCCCTATCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTGTTGGATCCacag < 1:151689/91‑4 (MQ=255) gTTAAATATCGTAAGTTTATACTCCCTATCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTGTTGGATCCacag < 1:2476403/91‑4 (MQ=255) gTTAAATATCGTAAGTTTATACTCCCTATCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTG‑TGGATCCAACAg > 1:1312216/1‑91 (MQ=255) tatCGTAAGTTTATACTCCCTATCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTG‑TGGATCCAACAGCATGGt > 1:570819/1‑91 (MQ=255) atCGTAAGTTTATACTCCCTATCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTG‑TGGATCCAACAGCATGGta < 1:2696790/91‑1 (MQ=255) atCGTAAGTTTATACTCCCTATCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTG‑TGGATCCAACAGCATGGta < 1:3938357/91‑1 (MQ=255) tCGTAAGTTTATACTCCCTATCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTG‑TGGATCCAACAGCATGGtat > 1:1594862/1‑91 (MQ=255) tAAGTTTATACTCCCTATCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTG‑TGGATCCAACAGCATGGTATATg < 1:3835945/91‑1 (MQ=255) aaGTTTATACTCCCTATCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTG‑TGGATCCAACAGCATGGTATATGt < 1:2700041/91‑1 (MQ=255) gTTTATACTCCCTATCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTG‑TGGATCCAACAGCATGGTATATGTTc < 1:279492/91‑1 (MQ=255) tttATACTCCCTATCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTG‑TGGATCCAACAGCATGGTATATGTTCg < 1:2707031/91‑1 (MQ=255) tttATACTCCCTATCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTG‑TGGATCCAACAGCATGGTATATGTTCg > 1:2569864/1‑91 (MQ=255) ttATACTCCTTATCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTG‑TGGATCCAACAGCATGGTATATGTTCGc < 1:3732223/91‑1 (MQ=255) tatgCTCCCGATCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTG‑TGGATCCAACAGCATGGTATATGTTCGCa < 1:3727080/91‑1 (MQ=255) ataCTCCCTATCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTG‑TGGATCCAACAGCATGGTATATGTTCGCaa < 1:2591277/91‑1 (MQ=255) ataCTCCCTATCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTG‑TGGATCCAACAGCATGGTATATGTTCGCaa < 1:2594698/91‑1 (MQ=255) ataCTCCCTATCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTG‑TGGATCCAACAGCATGGTATATGTTCGCaa < 1:147607/91‑1 (MQ=255) taCTCCCTATCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTG‑TGGATCCAACAGCATGGTATATGTTCGCAat < 1:1024871/91‑1 (MQ=255) taCTCCCTATCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTG‑TGGATCCAACAGCATGGTATATGTTCGCAat < 1:2967738/91‑1 (MQ=255) ccTATCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTG‑TGGATCCAACAGCATGGTATATGTTCGCAAT‑ATtcg > 1:589574/1‑91 (MQ=255) cTATCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTG‑TGGATCCAACAGCATGGTATATGTTCGCAAT‑ATtcgt < 1:2483592/91‑1 (MQ=255) cTATCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTG‑TGGATCCAACAGCATGGTATATGTTCGCAAT‑ATtcgt < 1:2483616/91‑1 (MQ=255) aTCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTG‑TGGATCCAACAGCATGGTATATGTTCGCAAT‑ATtcgtcg < 1:2105933/91‑1 (MQ=255) tCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTG‑TGTATCCAACAGCATGGTATATGTTCGCAAT‑ATTCGTcgc < 1:707698/91‑1 (MQ=255) tCGTTGTAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTG‑TGGATCCAACAGCATGGTATATGTTCGCAAT‑ATTCGTcgc < 1:1767476/91‑1 (MQ=255) 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tAGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTG‑TGGATCCAACAGCATGGTATATGTTCGCAATGATT‑GTCGCGAcgaa < 1:1994546/91‑4 (MQ=255) aGGTCTCCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTG‑TGGATCCAACAGCATGGTATATGTTCGCAAT‑ATTCGTCGCGACAATc < 1:1230453/91‑1 (MQ=255) tctcCTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTG‑TGGATCCAACAGCATGGTATATGTTCGCAAT‑ATTCGTCGCGACAATCAtt < 1:2323803/91‑1 (MQ=255) ccTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTG‑TGGATCCAACAGCATGGTATATGTTCGCAAT‑ATTCGTCGCGACAATCATTGCt < 1:207477/91‑1 (MQ=255) cTTATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTG‑TGGATCCAACAGCATGGTATATGTTCGCAAT‑ATTCGTCGCGACAATCATTGCtt < 1:1159806/91‑1 (MQ=255) ttATTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTG‑TGGATCCAACAGCATGGTATATGTTCGCAAT‑ATTCGTCGCGACAATCATTGCTTg > 1:2584897/1‑91 (MQ=255) aTTTGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTG‑TGGATCCAACAGCATGGTATATGTTCGCAAT‑ATTCGTCGCGACAATCATTGCTTGTa > 1:727451/1‑91 (MQ=255) tttGGGCACTTACACCTTTTAAACCGGATGCTG‑TGGATCCAACAGCATGGTATATGTTCGCAAT‑ATTCGTCGCGACAATCATTGCTTGTAt > 1:2684611/1‑91 (MQ=255) 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cacCTTTTAAACCGGATGCTG‑TGGATCCAACAGCATGGTATATGTTCGCAAT‑ATTCGTCGCGACAATCATTGCTTGTATTACACAACCGAt > 1:2454591/1‑91 (MQ=255) acCTTTTAAACCGGATGCTG‑TGGATCCAACAGCATGGTATATGTTCGCAAT‑ATTCGTCGCGACAATCATTGCTTGTATTACACAACCGATg > 1:334189/1‑91 (MQ=255) acCTTTTAAACCGGATGCTG‑TGGATCCAACAGCATGGTATATGTTCGCAAT‑ATTCGTCGCGACAATCATTGCTTGTATTACACAACCGATg > 1:2813586/1‑91 (MQ=255) acCTTTTAAACCGGATGCTG‑TGGATCCAACAGCATGGTATATGTTCGCAAT‑ATTCGTCGCGACAATCATTGCTTGTATTACACAACCGATg < 1:1436216/91‑1 (MQ=255) acCTTTTAAACCGGATGCTG‑TGGATCCAACAGCATGGTATATGTTCGCAAT‑ATTCGTCGCGACAATCATTGCTTGTATTACACAACCGATg < 1:1436208/91‑1 (MQ=255) acCTGTTAAACCGGATGTTG‑TGGATCCAACAGCATTGTATATGTTCGCAAT‑ATTCGTCGCGACAATCATTGCTTGTATTACACAACCGATg < 1:2697916/91‑1 (MQ=255) ccTTTTAAACCGGATGCTG‑TGGATCCAACAGCATGGTATATGTTCGCAAT‑ATTCGTCGCGACAATCATTGCTTGTATTACACAACCGATGc < 1:735141/91‑1 (MQ=255) ccTTTTAAACCGGATGCTG‑TGGATCCAACAGCATGGTATATGTTCGCAAT‑ATTCGTCGCGACAATCATTGCTTGTATTACACAACCGATGc < 1:813731/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |