Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 576,920:1 | +T | 6.1% | intergenic (+343/‑47) | gltX → / → cysE | Glutamate‑‑tRNA ligase/Serine acetyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 576,920 | 1 | . | T | 6.1% | 484.3 / 23.3 | 115 | intergenic (+343/‑47) | gltX/cysE | Glutamate‑‑tRNA ligase/Serine acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (41/67); new base T (4/3); total (45/70) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.30e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
TGATAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCAATCATTGAGGAGGAAATGATCTTGT > USA300TCH1516_ALE/576829‑577009 | tGATAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAAC‑ATACAAGTTGTa < 1:812603/91‑1 (MQ=255) gATAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAAC‑ATACAAGTTGTA‑t < 1:3953726/91‑1 (MQ=255) aTAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAAC‑ATACAAGTTGTA‑tt < 1:1420747/91‑2 (MQ=255) tAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑Tg < 1:928357/91‑1 (MQ=255) aaTTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCACCACTAAC‑ATACAAGTTGTA‑ttgt < 1:794550/91‑4 (MQ=37) aaTTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCACCACTAAC‑ATACAAGTTGTA‑ttgt < 1:796663/91‑4 (MQ=37) aaTTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCACCACTAAC‑ATACAAGTTGTA‑ttgt < 1:796894/91‑4 (MQ=37) tttGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTa > 1:467994/1‑91 (MQ=255) tGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAgt > 1:251085/1‑91 (MQ=255) tGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAgt < 1:3898590/91‑1 (MQ=255) tGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCACCACTAAC‑ATACAAGTTGTATTGTTAga < 1:530225/91‑2 (MQ=25) ggAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAgtg > 1:582646/1‑91 (MQ=255) ggAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAgtg > 1:583843/1‑91 (MQ=255) ggAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAgtg < 1:1877968/91‑1 (MQ=255) ggAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAgtg > 1:1448250/1‑91 (MQ=255) ggAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAgtg < 1:3017543/91‑1 (MQ=255) ggAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAgtg < 1:3018120/91‑1 (MQ=255) ggAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAgtg > 1:313718/1‑91 (MQ=255) gAAGCGCTAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTT‑TGTTAgtgg < 1:2080180/91‑1 (MQ=255) gAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAgtgg < 1:3943149/91‑1 (MQ=255) gAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAgtgg < 1:3930069/91‑1 (MQ=255) gAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAgtgg < 1:3943186/91‑1 (MQ=255) gAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAgtgg > 1:1070593/1‑91 (MQ=255) gAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAgtgg > 1:61863/1‑91 (MQ=255) gAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAgtgg > 1:1070572/1‑91 (MQ=255) gAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTAGAACCGTGCGGAAGCACCACTAAC‑ATACAAGTTGTATTGTTAgagg < 1:3313481/91‑4 (MQ=21) aaGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAgtggt < 1:853616/91‑1 (MQ=255) aaGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAgtggt < 1:514336/91‑1 (MQ=255) aGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAgtggtg > 1:941629/1‑91 (MQ=255) aGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAgtggtg > 1:1256827/1‑91 (MQ=255) aGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAgtggtg < 1:1737544/91‑1 (MQ=255) cgcCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCt < 1:659582/91‑1 (MQ=255) gcCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCtt < 1:3305641/91‑1 (MQ=255) gcCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACCTGTA‑TGTTAGTGGTGCtt < 1:1203474/91‑1 (MQ=255) ccAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCttt > 1:3405361/1‑91 (MQ=255) cAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCtttt < 1:1261554/91‑1 (MQ=255) cAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCtttt < 1:509659/91‑1 (MQ=255) gCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCtttttt > 1:939927/1‑91 (MQ=255) aaTATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGa > 1:3172128/1‑91 (MQ=255) atatTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGat > 1:905590/1‑91 (MQ=255) atatTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGat < 1:2905846/91‑1 (MQ=255) attattAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGatat < 1:2648095/91‑1 (MQ=255) attattAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGatat < 1:188949/91‑1 (MQ=255) attattAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGatat < 1:342201/91‑1 (MQ=255) ttattaATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATAtt < 1:2096710/91‑1 (MQ=255) ttattaATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATAtt < 1:2440183/91‑1 (MQ=255) aaTGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAAtt < 1:2927493/91‑1 (MQ=255) aTGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAAttt > 1:3278012/1‑91 (MQ=255) tGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTc < 1:3375016/91‑1 (MQ=255) tGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTc < 1:1025110/91‑1 (MQ=255) gTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCg > 1:856035/1‑91 (MQ=255) tATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCa > 1:2621816/1‑91 (MQ=255) tATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCa > 1:2622758/1‑91 (MQ=255) ttCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAgg > 1:939040/1‑91 (MQ=255) ttCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAgg < 1:1360387/91‑1 (MQ=255) gCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTAc > 1:1662852/1‑91 (MQ=255) tAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACtt < 1:198474/91‑1 (MQ=255) aaaTTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTc > 1:1863053/1‑91 (MQ=255) aaTTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCa < 1:3312540/91‑1 (MQ=255) tCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACATTACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTCTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAAtt > 1:3306414/1‑91 (MQ=255) gagTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATg > 1:3887480/1‑91 (MQ=255) gagTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATg > 1:3887525/1‑91 (MQ=255) gagTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATg > 1:809026/1‑91 (MQ=255) agTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGt > 1:3064817/1‑91 (MQ=255) agTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGt < 1:3164412/91‑1 (MQ=255) gTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTa < 1:3909779/91‑1 (MQ=255) gTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTa > 1:857514/1‑91 (MQ=255) ggAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTAtt < 1:3498737/91‑1 (MQ=255) gAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTAttt > 1:464855/1‑91 (MQ=255) gCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGt < 1:1020825/91‑1 (MQ=255) 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aaTACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCAATCATTGAggagga < 1:3691281/91‑1 (MQ=255) aaTACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCAAGCATTGAggagga < 1:3207581/91‑1 (MQ=255) tACAAGTTGTATTGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCAATCATTGAGGAGGaa > 1:2310622/1‑91 (MQ=255) tACAAGTTGTATTGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCAATCATTGAGGAGGaa > 1:2310875/1‑91 (MQ=255) tACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCAATCATTGAGGAGGaaa < 1:698411/91‑1 (MQ=255) aCAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCAATCATTGAGGAGGAAAt < 1:2224792/91‑1 (MQ=255) aCAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCAATCATTGAGGAGGAAAt < 1:2642359/91‑1 (MQ=255) aCAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCAATCATTGAGGAGGAAAt > 1:4093997/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |