Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 740,328:1 | +G | 12.5% | intergenic (+555/+33) | pitA_1 → / ← sle1_2 | Low‑affinity inorganic phosphate transporter 1/N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine amidase sle1 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 740,328 | 1 | . | G | 12.5% | 538.6 / 78.7 | 144 | intergenic (+555/+33) | pitA_1/sle1_2 | Low‑affinity inorganic phosphate transporter 1/N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine amidase sle1 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (54/72); new base G (5/13); total (59/85) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.07e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 151 total aligned reads displayed.
ATATGTATGATAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGCTGGAATTGTACGGTAGTTCATA > USA300TCH1516_ALE/740238‑740418 | atatGTATGATAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAAT‑TCACATCATGTGag < 1:871283/91‑2 (MQ=255) atatGTATGATAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAAT‑TCACATCATGTGag < 1:361210/91‑2 (MQ=255) tatgtatgATAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGa‑a < 1:2496679/91‑1 (MQ=255) atgtatgATAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑At < 1:2445943/91‑1 (MQ=255) tgtatgATAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑Att > 1:1474819/1‑91 (MQ=255) gtatgATAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTg < 1:528288/91‑1 (MQ=255) tatgATAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAAT‑TCACATCATGTGAGATTGc < 1:583048/91‑1 (MQ=38) atgATAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCt < 1:3122852/91‑1 (MQ=255) atgATAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAAT‑TCACATCATGTGAGATTGCt < 1:3458930/91‑1 (MQ=38) tgATAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAAT‑TCACATCATGTGAGATTGCTa < 1:3180990/91‑1 (MQ=37) gATAGGGAAGGGTGAGATAATTTTGTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAAT‑TCACATCATGTGAGATTGCTAg < 1:2426754/91‑1 (MQ=37) aTAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGt < 1:1823111/91‑1 (MQ=255) aTAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAAT‑TCACATCATGTGAGATTGCTAGt < 1:2782893/91‑1 (MQ=37) aGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAAT‑TCACATCATGTGAGATTGCTAGttt < 1:904744/91‑3 (MQ=25) aGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAAT‑TCACATCATGTGAGATTGCTAGttt < 1:2709021/91‑3 (MQ=25) aGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAAT‑TCACATCATGTGAGATTGCTAGttt < 1:1616696/91‑3 (MQ=37) aGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAAT‑TCACATCATGTGAGATTGCTAGttt < 1:3754769/91‑3 (MQ=25) gggAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAAT‑TCACATCATGTGAGATTGCTAGtttt < 1:3241231/91‑4 (MQ=25) ggAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAAT‑TCACATCATGTGAGATTGCTAGttttt < 1:2417784/91‑5 (MQ=25) aaGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTatatat < 1:254240/91‑1 (MQ=255) aaGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTatatat < 1:1445919/91‑1 (MQ=255) gggTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCa > 1:2237408/1‑91 (MQ=255) gggTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCa > 1:1740776/1‑91 (MQ=255) ggTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAg < 1:3103577/91‑1 (MQ=255) tGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTa < 1:2071490/91‑1 (MQ=255) tGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTa < 1:1258808/91‑1 (MQ=255) agaTAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACa > 1:867257/1‑91 (MQ=255) gaTAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACaa > 1:2924210/1‑91 (MQ=255) aTAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAat < 1:1451865/91‑1 (MQ=255) aaTTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAattt < 1:3019890/91‑1 (MQ=255) aaTTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAattt < 1:3019362/91‑1 (MQ=255) aTTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAattta > 1:1053167/1‑91 (MQ=255) aTTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAattta > 1:1052624/1‑91 (MQ=255) ttttttGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAatttat < 1:2037473/91‑1 (MQ=255) ttttttGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAatttat < 1:1343772/91‑1 (MQ=255) tttttGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAatttatt > 1:3095531/1‑91 (MQ=255) ttGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATttaa < 1:2047406/91‑1 (MQ=255) ttGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATttaa < 1:2427523/91‑1 (MQ=255) tGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATttaat > 1:1415411/1‑91 (MQ=255) tGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATttaat > 1:4063857/1‑91 (MQ=255) gTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATttaatt > 1:2926992/1‑91 (MQ=255) tACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATttaatta > 1:1014524/1‑91 (MQ=255) aCCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATttaattaa < 1:2096406/91‑1 (MQ=255) aCCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATttaattaa < 1:1505665/91‑1 (MQ=255) aCCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATttaattaa < 1:2460895/91‑1 (MQ=255) aaaaTGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATgg > 1:1318388/1‑91 (MQ=255) aaaaTGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATgg < 1:1057515/91‑1 (MQ=255) aaaTGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGa < 1:8573/91‑1 (MQ=255) aTGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATg < 1:2766517/91‑1 (MQ=255) aTGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATg > 1:2442591/1‑91 (MQ=255) aTGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATg < 1:2220052/91‑1 (MQ=255) tGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGa < 1:674384/91‑1 (MQ=255) tGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGa > 1:28316/1‑91 (MQ=255) aaTTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGc < 1:1937868/91‑1 (MQ=255) aaTTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGc > 1:113464/1‑91 (MQ=255) aaTTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGc > 1:3134636/1‑91 (MQ=255) aaTTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGc < 1:1938802/91‑1 (MQ=255) aaTTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATAGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGc > 1:3287651/1‑91 (MQ=255) aaTTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATAATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGc > 1:3500064/1‑91 (MQ=255) aTTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCa < 1:695592/91‑1 (MQ=255) aTTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCa < 1:694004/91‑1 (MQ=255) tttttttCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCAt > 1:597613/1‑91 (MQ=255) tttttttCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGACGTGA‑ATTGCTAGTCTATATCAGTACAACTTATTTAATTAATGGATGAGTGCAt > 1:3855402/1‑91 (MQ=255) ttttCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGc < 1:1998071/91‑1 (MQ=255) ttttCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGc < 1:1165537/91‑1 (MQ=255) tcagaaaTAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAg < 1:3270061/87‑1 (MQ=255) tCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAg < 1:2595443/91‑1 (MQ=255) cAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGa > 1:3957654/1‑91 (MQ=255) cAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGa < 1:3696760/91‑1 (MQ=255) cAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGa < 1:4114393/91‑1 (MQ=255) cAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATAGATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGa > 1:4154030/1‑91 (MQ=255) tAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTc < 1:649024/91‑1 (MQ=255) aaaaaaCTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCt < 1:1499558/91‑1 (MQ=255) aaaaaCTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTg > 1:1044386/1‑91 (MQ=255) aaaCTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGaa > 1:1082307/1‑91 (MQ=255) aaaCTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGaa > 1:3960139/1‑91 (MQ=255) aaCTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAg > 1:2423838/1‑91 (MQ=255) aaCTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAg > 1:1420096/1‑91 (MQ=255) aCTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGc < 1:1880243/91‑1 (MQ=255) cTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGCt < 1:1706128/91‑1 (MQ=255) cTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGCt < 1:2786332/91‑1 (MQ=255) cTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGCt < 1:1176992/91‑1 (MQ=255) aGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGCTgg > 1:2009592/1‑91 (MQ=255) gCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGCTGGa > 1:3642883/1‑91 (MQ=255) cAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGCTGGaa > 1:4109262/1‑91 (MQ=255) cAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGCTGGaa > 1:4110615/1‑91 (MQ=255) caattcACATCATGTGAGATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGCTGGaa > 1:2867762/5‑91 (MQ=38) aaTCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGCTGGAAt < 1:36183/91‑1 (MQ=255) ctcACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGCTGGAATTGt < 1:1758676/91‑1 (MQ=255) cacaTGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGCTGGAATTGTAc > 1:4035447/1‑91 (MQ=255) cacaTGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGCTGGAATTGTAc > 1:1156080/1‑91 (MQ=255) acaTCATGTGAGATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGCTGGAATTGTAc > 1:3256854/1‑91 (MQ=255) acaTCATGTGAGATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGCTGGAATTGTAc > 1:3256626/1‑91 (MQ=255) tgA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGCTGGAATTGTACGGTAGTTCa < 1:1426119/91‑1 (MQ=255) tgA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGCTGGAATTGTACGGTAGTTCa < 1:1475917/91‑1 (MQ=255) tgA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGCTGGAATTGTACGGTAGTTCa < 1:90331/91‑1 (MQ=255) tgA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATAAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGCTGGAATTGTACGGTAGTTCa < 1:594350/91‑1 (MQ=255) gA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGCTGGAATTGTACGGTAGTTCat > 1:3332286/1‑91 (MQ=255) gA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGCTGGAATTGTACGGTAGTTCat > 1:3332247/1‑91 (MQ=255) a‑aTTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGCTGGAATTGTACGGTAGTTCata < 1:2527090/91‑1 (MQ=255) | ATATGTATGATAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAAAAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGCTGGAATTGTACGGTAGTTCATA > USA300TCH1516_ALE/740238‑740418 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |