| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2614822 | 119 (1.210) | 5 (0.060) | 4/144 | NT | 4.1% | intergenic (‑152/+151) | USA300HOU_RS13485/radD | putative lipoprotein/Putative DNA repair helicase RadD |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2614871 | 125 (1.410) | intergenic (‑201/+102) | USA300HOU_RS13485/radD | putative lipoprotein/Putative DNA repair helicase RadD | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATAATATTAGAGGAAATTTTATGATTAAATCCTCGTGGATTTTAATTGTTAGTTGTATTTTTCACATATCAACATCACAAATTATTTAAAAAGCGCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2614725‑2614822‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aagcgcaaTTTATCTTAATTAATTAGTTGGTTAGGCCAATAAAAATTATAAAGATATTTGCGCTTTTTAAATAATTTGTGATGTTGATATGTGAAA < USA300TCH1516_ALE/2614871‑2614784 ATAATATTAGAGGAAATTTTATGATTAAATCCTCGTGGATTTTAATTGTTAGTTGTATTTTTCACATATCAACATCACAAATTATTTAAAA > 1:1600281/1‑91 TAATATTAGAGGAAATTTTATGATTAAATCCTCGTGGATTTTAATTGTTAGTTGTATTTTTCACATATCAACATCACAAATTATTTAAAAA > 1:1407276/1‑91 TAATATTAGAGGAAATTTTATGATTAAATCCTCGTGGATTTTAATTGTTAGTTGTATTTTTCACATATCAACATCACAAATTATTTAAAAA > 1:3670674/1‑91 AATATTAGAGGAAATTTTATGATTAAATCCTCGTGGATTTTAATTGTTAGTTGTATTTTTCACATATCAACATCACAAATTATTTAAAAAG > 1:4042629/1‑91 AATATTAGAGGAAATTTTATGATTAAATCCTCGTGGATTTTAATTGTTAGTTGTATTTTTCACATATCAACATCACAAATTATTTAAAAAG < 1:2998658/91‑1 ATATTAGAGGAAATTTTATGATTAAATCCTCGTGGATTTTAATTGTTAGTTGTATTTTTCACATATCAACATCACAAATTATTTAAAAAGC < 1:2790334/91‑1 ATATTAGAGGAAATTTTATGATTAAATCCTCGTGGATATTAATTGTTAGTTGTATTTTTCACATATCAACATCACAAATTATTTAAAAAGC > 1:3490569/1‑91 TATTAGAGGAAATTTTATGATTAAATCCTCGTGGATTTTAATTGTTAGTTGTATTTTTCACATATCAACATCACAAATTATTTAAAAAGCG < 1:178204/91‑1 TATTAGAGGAAATTTTATGATTAAATCCTCGTGGATTTTAATTGTTAGTTGTATTTTTCACATATCAACATCACAAATTATTTAAAAAGCG < 1:2681586/91‑1 ATTAGAGGAAATTTTATGATTAAATCCTCGTGGATTTTAATTGTTAGTTGTATTTTTCACATATCAACATCACAAATTATTTAAAAAGCGC < 1:2889724/91‑1 ATTAGAGGAAATTTTATGATTAAATCCTCGTGGATTTTAATTGTTAGTTGTATTTTTCACATATCAACATCACAAATTATTTAAAAAGCGC < 1:2140613/91‑1 ATTAGAGGAAATTTTATGATTAAATCCTCGTGGATTTTAATTGTTAGTTGTATTTTTCACATATCAACATCACAAATTATTTAAAAAGCGC > 1:2293966/1‑91 ATTAGAGGAAATTTTATGATTAAATCCTCGTGGATTTTAATTGTTAGTTGTATTTTTCACATATCAACATCACAAATTATTTAAAAAGCGC > 1:2600867/1‑91 TCACATATCTACATCACAAATTATTTAAAAAGCGCAATTTATCTTAATTAATTAGTTGGTTAGGCCAATTAAAATTATAAAGATATTTGCG < 1:4141725/91‑1 CACATATCAACATCACAAATTATTTAAAAAGCGCAATTTATCTTAATTAATTAGTTGGTTAGGCCAATAAAAATTATAAAGATATTTGCGC < 1:982439/91‑1 CATATCAACATCACAAATTATTTAAAAAGCGCAATTTATCTTAATTAATTAGTTGGTTAGGCCAATAAAAATTATAAAGATATTTGCGCTT < 1:518481/91‑1 TCAACATCACAAATTATTTAAAAAGCGCAATTTATCTTAATTAATTAGTTGGTTAGGCCAATAAAAATTATAAAGATATTTGCGCTTTTTA < 1:2834064/91‑1 TCAACATCACAAATTATTTAAAAAGCGCAATTTATCTTAATTAATTAGTTGGTTAGGCCAATAAAAATTATAAAGATATTTGCGCTTTTTA < 1:2834286/91‑1 AAGCGCAATTTATCTTAATTAATTAGTTGGTTAGGCCAATAAAAATTATAAAGATATTTGCGCTTTTTAAATAATTTGTGATGTTGATATG > 1:2781989/1‑91 AGCGCAATTTATCTTAATTAATTAGTTGGTTAGGCCAATAAAAATTATAAAGATATTTGCGCTTTTTAAATAATTTGTGATGTTGATATGT < 1:2723835/91‑1 AGCGCAATTTATCTTAATTAATTAGTTGGTTAGGCCAATAAAAATTATAAAGATATTTGCGCTTTTTAAATAATTTGTGATGTTGATATGT < 1:3891009/91‑1 AGCGCAATTTATCTTAATTAATTAGTTGGTTAGGCCAATAAAAATTATAAAGATATTTGCGCTTTTTAAATAATTTGTGATGTTGATATGT > 1:1612387/1‑91 AGCGCAATTTATCTTAATTAATTAGTTGGTTAGGCCAATAAAAATTATAAAGATATTTGCGCTTTTTAAATAATTTGTGATGTTGATATGT < 1:141275/91‑1 AGCGCAATTTATCTTAATTAATTAGTTAGTTAGGCCAATAAAAATTATAAAGATATTTGCGCTTTTTAAATAATTTGTGATGTTGATATGT < 1:494944/91‑1 GCGCAATTTATCTTAATTAATTAGTTGGTTAGGCCAATAAAAATTATAAAGATATTTGCGCTTTTTAAATAATTTGTGATGTTGATATGTG < 1:275385/91‑1 CGCAATTTATCTTAATTAATTAGTTGGTTAGGCCAATAAAAATTATAAAGATATTTGCGCTTTTTAAATAATTTGTGATGTTGATATGTGA < 1:2766049/91‑1 CGCAATTTATCTTAATTAATTAGTTGGTTAGGCCAATAAAAATTATAAAGATATTTGCGCTTTTTAAATAATTTGTGATGTTGATATGTGA < 1:91187/91‑1 GCAATTTATCTTAATTAATTAGTTGGTTAGGCCAATAAAAATTATAAAGATATTTGCGCTTTTTAAATAATTTGTGATGTTGATATGTGAA < 1:1308240/91‑1 GCAATTTATCTTAATTAATTAGTTGGTTAGGCCAATAAAAATTATAAAGATATTTGCGCTTTTTAAATAATTTGTGATGTTGATATGTGAA < 1:1308720/91‑1 CAATTTATCTTAATTAATTAGTTGGTTAGGCCAATAAAAATTATAAAGATATTTGCGCTTTTTAAATAATTTGTGATGTTGATATGTGAAA < 1:3036458/91‑1 CAATTTATCTTAATTAATTAGTTGGTTAGGCCAATAAAAATTATAAAGATATTTGCGCTTTTTAAATAATTTGTGATGTTGATATGTGAAA < 1:264308/91‑1 ATAATATTAGAGGAAATTTTATGATTAAATCCTCGTGGATTTTAATTGTTAGTTGTATTTTTCACATATCAACATCACAAATTATTTAAAAAGCGCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2614725‑2614822‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aagcgcaaTTTATCTTAATTAATTAGTTGGTTAGGCCAATAAAAATTATAAAGATATTTGCGCTTTTTAAATAATTTGTGATGTTGATATGTGAAA < USA300TCH1516_ALE/2614871‑2614784 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |